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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G000931

染色体: Chr07 坐标: 6636604-6638743 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G000931
名称SmilChr07G000931
描述putative pentatricopeptide repeat-containing protein At1g12700, mitochondrial
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向6636604 - 6638743 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130992120
GeneID130992120
locus_tag-
NCBI NameLOC130992120
原始查询LOC130992120

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述putative pentatricopeptide repeat-containing protein At1g12700, mitochondrial
产物putative pentatricopeptide repeat-containing protein At1g12700%2C mitochondrial
ArabidopsisAT1G12700 (RPF1)
RNA processing FACTOR [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837825]
identity=38.1; qcov=0.837; evalue=4.65e-133; confidence=medium
RiceOs08g0107800
-
identity=30.4; qcov=0.921; evalue=5.59e-82; confidence=low
GOGO:0005515 (protein binding)
KEGG-
PfamPF01535 (PPR); PF12854 (PPR_1); PF13041 (PPR_2); PF13812 (PPR_3); PF17177 (PPR_long)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130992120

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 0.80000 XP_057772612.1
2 Chloroplast 叶绿体 0.40000 XP_057772612.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057772612.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057772612.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057772612.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:6636717 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A14,B140,B69
Chr7:6636721 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A14,B66
Chr7:6636731 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A14,B79,C36
Chr7:6636732 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B107
Chr7:6636863 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B140,B69,C58
Chr7:6636888 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B104,C37,D11
Chr7:6636922 G GT 1bp_insertion frameshift_variant 3 B107,B76,C27
Chr7:6636922 G GT 1bp_insertion CDS_variant 3 B107,B76,C27
Chr7:6636949 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B125,B140
Chr7:6636953 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B140
Chr7:6636963 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A1
Chr7:6636990 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057772612.1
618 aa
N
1
309
618
PPR_3
PPR_2
PPR_3
PPR_1
PPR_2
PPR
PPR_1
PPR_3
PPR_2
PPR
PPR_1
PPR_3
PPR_2
PPR_long
PPR_1
PPR_2
PPR
PPR_3
PPR_1
PPR_2
PPR
PPR_3
PPR_1
PPR_2
PPR
PPR_1
PPR
PPR_3
PPR_1
PPR_2
PPR
PPR_long
PPR_1
PPR
PPR_2
PPR_3
PPR_1
PPR_2
PPR
PPR_1
PPR_2
PPR
PPR_2
PPR
C
PF13812 PPR_3 84-123 aa PF13041 PPR_2 95-143 aa PF13812 PPR_3 161-193 aa PF12854 PPR_1 162-194 aa PF13041 PPR_2 165-211 aa PF01535 PPR 168-193 aa PF12854 PPR_1 195-223 aa PF13812 PPR_3 195-242 aa PF13041 PPR_2 198-246 aa PF01535 PPR 200-226 aa PF12854 PPR_1 230-258 aa PF13812 PPR_3 231-277 aa PF13041 PPR_2 232-281 aa PF17177 PPR_long 249-363 aa PF12854 PPR_1 265-296 aa PF13041 PPR_2 267-316 aa PF01535 PPR 270-298 aa PF13812 PPR_3 292-349 aa PF12854 PPR_1 299-331 aa PF13041 PPR_2 302-339 aa PF01535 PPR 305-333 aa PF13812 PPR_3 334-386 aa PF12854 PPR_1 335-363 aa PF13041 PPR_2 337-386 aa PF01535 PPR 340-369 aa PF12854 PPR_1 369-397 aa PF01535 PPR 376-404 aa PF13812 PPR_3 402-452 aa PF12854 PPR_1 404-436 aa PF13041 PPR_2 408-455 aa PF01535 PPR 410-437 aa PF17177 PPR_long 426-521 aa PF12854 PPR_1 440-471 aa PF01535 PPR 446-475 aa PF13041 PPR_2 450-490 aa PF13812 PPR_3 466-525 aa PF12854 PPR_1 473-504 aa PF13041 PPR_2 477-525 aa PF01535 PPR 480-510 aa PF12854 PPR_1 508-541 aa PF13041 PPR_2 514-561 aa PF01535 PPR 515-545 aa PF13041 PPR_2 548-586 aa PF01535 PPR 550-580 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057772612.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 84 123 4.1e-62 206.9 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057772612.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 95 143 4.2e-138 450.1 PPR repeat family
XP_057772612.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 161 193 4.1e-62 206.9 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057772612.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 162 194 5e-114 372.4 PPR repeat
XP_057772612.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 165 211 4.2e-138 450.1 PPR repeat family
XP_057772612.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 168 193 1.6e-85 276.2 PPR repeat
XP_057772612.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 195 223 5e-114 372.4 PPR repeat
XP_057772612.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 195 242 4.1e-62 206.9 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057772612.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 198 246 4.2e-138 450.1 PPR repeat family
XP_057772612.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 200 226 1.6e-85 276.2 PPR repeat
XP_057772612.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 230 258 5e-114 372.4 PPR repeat
XP_057772612.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 231 277 4.1e-62 206.9 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057772612.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 232 281 4.2e-138 450.1 PPR repeat family
XP_057772612.1 Pfam PF17177 PPR_long Repeat 249 363 6.1e-27 95.1 Pentacotripeptide-repeat region of PRORP
XP_057772612.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 265 296 5e-114 372.4 PPR repeat
XP_057772612.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 267 316 4.2e-138 450.1 PPR repeat family
XP_057772612.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 270 298 1.6e-85 276.2 PPR repeat
XP_057772612.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 292 349 4.1e-62 206.9 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057772612.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 299 331 5e-114 372.4 PPR repeat
XP_057772612.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 302 339 4.2e-138 450.1 PPR repeat family
XP_057772612.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 305 333 1.6e-85 276.2 PPR repeat
XP_057772612.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 334 386 4.1e-62 206.9 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057772612.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 335 363 5e-114 372.4 PPR repeat
XP_057772612.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 337 386 4.2e-138 450.1 PPR repeat family
XP_057772612.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 340 369 1.6e-85 276.2 PPR repeat
XP_057772612.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 369 397 5e-114 372.4 PPR repeat
XP_057772612.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 376 404 1.6e-85 276.2 PPR repeat
XP_057772612.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 402 452 4.1e-62 206.9 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057772612.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 404 436 5e-114 372.4 PPR repeat
XP_057772612.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 408 455 4.2e-138 450.1 PPR repeat family
XP_057772612.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 410 437 1.6e-85 276.2 PPR repeat
XP_057772612.1 Pfam PF17177 PPR_long Repeat 426 521 6.1e-27 95.1 Pentacotripeptide-repeat region of PRORP
XP_057772612.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 440 471 5e-114 372.4 PPR repeat
XP_057772612.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 446 475 1.6e-85 276.2 PPR repeat
XP_057772612.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 450 490 4.2e-138 450.1 PPR repeat family
XP_057772612.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 466 525 4.1e-62 206.9 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057772612.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 473 504 5e-114 372.4 PPR repeat
XP_057772612.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 477 525 4.2e-138 450.1 PPR repeat family
XP_057772612.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 480 510 1.6e-85 276.2 PPR repeat
XP_057772612.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 508 541 5e-114 372.4 PPR repeat
XP_057772612.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 514 561 4.2e-138 450.1 PPR repeat family
XP_057772612.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 515 545 1.6e-85 276.2 PPR repeat
XP_057772612.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 548 586 4.2e-138 450.1 PPR repeat family
XP_057772612.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 550 580 1.6e-85 276.2 PPR repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057916629.1
CTACACTCACTGCCGCCGCCCCACCCTCACTCACAGTCGCCCCAGCGCGCCGCCTTCACAGAAACCGCCTCCCTTCGCCCTTCTCTCCCTTCACCGCCTTCACATGCACCGCCTCCCCCACCTTCCAAACATAAAGAAATCCACTCGACAATAGTCGAATTTTAGCTGCCATGGATTTGGAAAGAATTATGTTCAATTCTTCATTGAAATCTTTCACTTTCGACATTGCTTCTCTACATTTTCACTCATTTCCTATACCC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130992120
ATGGATTTGGAAAGAATTATGTTCAATTCTTCATTGAAATCTTTCACTTTCGACATTGCTTCTCTACATTTTCACTCATTTCCTATACCCAGATCCAATTTTGGTAATGTCAGCCACAAAATCCAAATGAGGCACTTTTCCCGCAAACCCAGATCCAATTTTGATAATGTCAGCCACCGAATGAGCCAACTTTCCGGCAAACCCAGATTCGATTTCGGATCTCTGCGTGAGCCAGATGATGCTATAGCTCTATTTGAGGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057772612.1
MDLERIMFNSSLKSFTFDIASLHFHSFPIPRSNFGNVSHKIQMRHFSRKPRSNFDNVSHRMSQLSGKPRFDFGSLREPDDAIALFEEMVRMHPRPSVIDFNKCLTAVVKMKQYSVALHLFDKMLRSDVPVDHYSLSIAINCCCGLKRPDCGFAILGSFFKLGHEPDVVTFTTLIRGLMLVGKIVEAAKLLEKMSVEANVVTYSTVLNGLCKAGHTFEALDLLRLWEKGSCKPDVIGYSTIIDRPCKDGMVDNALQLFSTL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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