Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr07G001005`

染色体: Chr07 坐标: 7321879-7326145 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr07G001005`
名称	SmilChr07G001005
描述	ABC transporter G family member 11-like
染色体 / SeqID	Chr07 / NC_080393.1
坐标与链方向	7321879 - 7326145 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130992124`
GeneID	`130992124`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130992124`
原始查询	`LOC130992124`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	ABC transporter G family member 11-like
产物	ABC transporter G family member 11-like
Arabidopsis	`AT1G17840` (ABCG11) white-brown complex-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838363] identity=67.6; qcov=0.98; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os10g0494300` (ABCG26) - identity=66.8; qcov=0.992; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0005524 (ATP binding); GO:0016020 (membrane); GO:0016887 (ATP hydrolysis activity); GO:0140359 (ABC-type transporter activity)
KEGG	smil02010 (ABC transporters - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil04981 (Folate transport and metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF00005 (ABC_tran); PF01061 (ABC2_membrane); PF19055 (ABC2_membrane_7)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130992124

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cell membrane	细胞膜	0.80000	`XP_057772618.1`
2	Vacuole	液泡	0.60000	`XP_057772618.1`
3	Vacuole membrane	液泡膜	0.60000	`XP_057772618.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057772618.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057772618.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr7:7322001`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A1,B56,B96,C85
`Chr7:7322128`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B72
`Chr7:7322180`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B47,B68,B88,C24,C82
`Chr7:7322203`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C72
`Chr7:7322234`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D4
`Chr7:7322267`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B68
`Chr7:7322485`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B108,B14,B22,B77,C63
`Chr7:7322643`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B108,B77,C63
`Chr7:7322790`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C77
`Chr7:7322839`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B108,B77,C63
`Chr7:7322849`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104
`Chr7:7322876`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	C11,C3,C69,D1

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057772618.1

593 aa

296

593

ABC_tran

ABC2_membrane_7

ABC2_membrane

PF00005 ABC_tran 40-191 aa PF19055 ABC2_membrane_7 220-275 aa PF01061 ABC2_membrane 355-559 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057772618.1`	Pfam	`PF00005`	ABC_tran	Domain	40	191	6.8e-25	89.0	ABC transporter
`XP_057772618.1`	Pfam	`PF19055`	ABC2_membrane_7	Family	220	275	6.1e-11	42.5	ABC-2 type transporter
`XP_057772618.1`	Pfam	`PF01061`	ABC2_membrane	Domain	355	559	2e-35	123.0	ABC-2 type transporter

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057916635.1
AGAAATACGGAAGTTTTAGATTAATGGGAGAAGGAATACCATTTAAAAATGGAGAGTATTCTAATTCTGGTGTAGGTTCATAGGTAAAAACTCTAACGGCAATGATGGGGCACATGAACTATGGTGGGACAATGTCGGAGACTGCATCTGCATGCAACCTTGCGTGGAAGGATTTGACTGTAACGATCGCCCTCAACAACGCCAAAACACACACAATTCTCAACCAACTCTCTGGCTATGCTCACCCACGAACCTTAACA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130992124
ATGATGGGGCACATGAACTATGGTGGGACAATGTCGGAGACTGCATCTGCATGCAACCTTGCGTGGAAGGATTTGACTGTAACGATCGCCCTCAACAACGCCAAAACACACACAATTCTCAACCAACTCTCTGGCTATGCTCACCCACGAACCTTAACAGCCCTCATCGGACCTTCCGGCTCCGGCAAAACCACGCTGCTCGACGCCTTATCCGGCCGCCTTGCCCCCAACGCCTTCCTCTCCGGTGCCATTCTCCTCAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057772618.1
MMGHMNYGGTMSETASACNLAWKDLTVTIALNNAKTHTILNQLSGYAHPRTLTALIGPSGSGKTTLLDALSGRLAPNAFLSGAILLNGRKANLSFGTVAYVTQDESLLGTLTVRETIAYSARFRLPDRMSWSEKCEIIDSTILEMGLQDCANTVIGNWHLRGISGGERRRVSIALEILMRPRLLFLDEPTSGLDSAAAFFVTQTLRGLAKHNRTVIASFHQPSSEVFELFDKLCLLSRGTTVYFGEASKADEFFAGAGFP...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器