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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G000965

染色体: Chr07 坐标: 6966219-6972036 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G000965
名称SmilChr07G000965
描述nucleobase-ascorbate transporter 6
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向6966219 - 6972036 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130992130
GeneID130992130
locus_tag-
NCBI NameLOC130992130
原始查询LOC130992130

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述nucleobase-ascorbate transporter 6
产物nucleobase-ascorbate transporter 6
ArabidopsisAT5G62890 (AT5G62890)
Xanthine/uracil permease family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836409]
identity=84.2; qcov=1; evalue=0; confidence=high
RiceOs02g0741800
-
identity=78.6; qcov=0.987; evalue=0; confidence=high
GOGO:0009506 (plasmodesma); GO:0016020 (membrane); GO:0022857 (transmembrane transporter activity); GO:0055085 (transmembrane transport)
KEGG-
PfamPF00860 (Xan_ur_permease)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130992130

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057772623.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057772623.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057772623.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057772623.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057772623.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:6966451 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B139,C73
Chr7:6966499 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B121,C87
Chr7:6966763 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr7:6966769 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B133,B25,B90,B92,D8
Chr7:6967054 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B93
Chr7:6967341 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A23,B103,C41,C86,C87
Chr7:6967386 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B100,B118
Chr7:6967606 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B121,C27,C87
Chr7:6967630 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D6
Chr7:6968736 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C36
Chr7:6970079 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B63,B86
Chr7:6970096 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A19,C20

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057772623.1
530 aa
N
1
265
530
Xan_ur_permease
C
PF00860 Xan_ur_permease 38-440 aa
XP_057772625.1
530 aa
N
1
265
530
Xan_ur_permease
C
PF00860 Xan_ur_permease 38-440 aa
XP_057772626.1
530 aa
N
1
265
530
Xan_ur_permease
C
PF00860 Xan_ur_permease 38-440 aa
XP_057772627.1
530 aa
N
1
265
530
Xan_ur_permease
C
PF00860 Xan_ur_permease 38-440 aa
XP_057772628.1
530 aa
N
1
265
530
Xan_ur_permease
C
PF00860 Xan_ur_permease 38-440 aa
XP_057772629.1
530 aa
N
1
265
530
Xan_ur_permease
C
PF00860 Xan_ur_permease 38-440 aa
XP_057772630.1
530 aa
N
1
265
530
Xan_ur_permease
C
PF00860 Xan_ur_permease 38-440 aa
XP_057772631.1
530 aa
N
1
265
530
Xan_ur_permease
C
PF00860 Xan_ur_permease 38-440 aa
XP_057772632.1
530 aa
N
1
265
530
Xan_ur_permease
C
PF00860 Xan_ur_permease 38-440 aa
XP_057772633.1
530 aa
N
1
265
530
Xan_ur_permease
C
PF00860 Xan_ur_permease 38-440 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057772623.1 Pfam PF00860 Xan_ur_permease Family 38 440 3.8e-67 227.4 Permease family
XP_057772625.1 Pfam PF00860 Xan_ur_permease Family 38 440 3.8e-67 227.4 Permease family
XP_057772626.1 Pfam PF00860 Xan_ur_permease Family 38 440 3.8e-67 227.4 Permease family
XP_057772627.1 Pfam PF00860 Xan_ur_permease Family 38 440 3.8e-67 227.4 Permease family
XP_057772628.1 Pfam PF00860 Xan_ur_permease Family 38 440 3.8e-67 227.4 Permease family
XP_057772629.1 Pfam PF00860 Xan_ur_permease Family 38 440 3.8e-67 227.4 Permease family
XP_057772630.1 Pfam PF00860 Xan_ur_permease Family 38 440 3.8e-67 227.4 Permease family
XP_057772631.1 Pfam PF00860 Xan_ur_permease Family 38 440 3.8e-67 227.4 Permease family
XP_057772632.1 Pfam PF00860 Xan_ur_permease Family 38 440 3.8e-67 227.4 Permease family
XP_057772633.1 Pfam PF00860 Xan_ur_permease Family 38 440 3.8e-67 227.4 Permease family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

10 records

下载 cDNA FASTA
XM_057916648.1
AATAAATTTTGTATTCGCAGTTGTTAACACTGTTATCCTCTGCAAGAAAGCATATGTAATTGCAGGGAAAGGAAACAAACAACGCACGAAAGGAAAAGAGAAAAGGAGAACATTAAACAAAGCATTAAACAACCCTTTATTAAAGATTCTTCTCAGCATATTGAAGATTAGAAGAAGCAAGAAATGGCAGGCGGAGGTCCAGCACCGAAGGCCGACGAGCCAGCGCCGCACCCGCCGAAAGATCAGCTTCCCAATGTTTC...
XM_057916647.1
TAACACTGTTATCCTCTGCAAGAAAGCATATGTAATTGCAGGGAAAGGAAACAAACAACGCACGAAAGGAAAAGAGAAAAGGAGAACATTAAACAAAGCATTAAACAACCCTTTATTAAAGATTCTTCTCAGCGTATGTTTTTCCTTTCTTTACCATTTTTCTTTTTCTAGCTAGTGAGAGAAGGCAAGCAAGAGAGAGAAAAGAAGGGCTTGACAGTACACAAGCTTTGCTCGGGGCAGATATTGAAGATTAGAAGAAG...

CDS

10 records

下载 CDS FASTA
LOC130992130
ATGGCAGGCGGAGGTCCAGCACCGAAGGCCGACGAGCCAGCGCCGCACCCGCCGAAAGATCAGCTTCCCAATGTTTCTTTCTGCATTACCAGCCCTCCTCCATGGCCGGAGGCGATCCTTCTTGGGTTCCAACATTATCTGGTAATGCTTGGCACGACGGTCATCATACCCACTGCCCTGGTTCCCCAAATGGGTGGAGGAAACGAGGAGAAAGCAAAAGTTATTCAGACGCTATTGTTCGTTTCGGGGTTGAACACGCT...
LOC130992130
ATGGCAGGCGGAGGTCCAGCACCGAAGGCCGACGAGCCAGCGCCGCACCCGCCGAAAGATCAGCTTCCCAATGTTTCTTTCTGCATTACCAGCCCTCCTCCATGGCCGGAGGCGATCCTTCTTGGGTTCCAACATTATCTGGTAATGCTTGGCACGACGGTCATCATACCCACTGCCCTGGTTCCCCAAATGGGTGGAGGAAACGAGGAGAAAGCAAAAGTTATTCAGACGCTATTGTTCGTTTCGGGGTTGAACACGCT...

Protein

10 records

下载 Protein FASTA
XP_057772623.1
MAGGGPAPKADEPAPHPPKDQLPNVSFCITSPPPWPEAILLGFQHYLVMLGTTVIIPTALVPQMGGGNEEKAKVIQTLLFVSGLNTLLQTWFGTRLPVVIGGSYTFVAPTISIILSGRWNDPDPVSRFKKIMRATQGALIVASTIQIVLGFSGLWRNVARFLSPLSAVPLVALAGFGLYEFGFPGVAKCIEIGLPMLIVIVLFSQYLVHLVKPGKNILDRFAVIFSVVIVWIYAHLLTVGGAYDGKSPKTQASCRTDRAG...
XP_057772625.1
MAGGGPAPKADEPAPHPPKDQLPNVSFCITSPPPWPEAILLGFQHYLVMLGTTVIIPTALVPQMGGGNEEKAKVIQTLLFVSGLNTLLQTWFGTRLPVVIGGSYTFVAPTISIILSGRWNDPDPVSRFKKIMRATQGALIVASTIQIVLGFSGLWRNVARFLSPLSAVPLVALAGFGLYEFGFPGVAKCIEIGLPMLIVIVLFSQYLVHLVKPGKNILDRFAVIFSVVIVWIYAHLLTVGGAYDGKSPKTQASCRTDRAG...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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