当前解析结果
SmilChr07G000938| 统一新 Gene ID | SmilChr07G000938 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr07G000938 |
| 描述 | MLO-like protein 1 |
| 染色体 / SeqID | Chr07 / NC_080393.1 |
| 坐标与链方向 | 6691886 - 6697347 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130992132 |
|---|---|
| GeneID | 130992132 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130992132 |
| 原始查询 | LOC130992132 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | MLO-like protein 1 |
| 产物 | MLO-like protein 1 |
| Arabidopsis | AT4G02600 (MLO1)Seven transmembrane MLO family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828229] identity=73; qcov=0.945; evalue=0; confidence=high |
| Rice | Os01g0888600 (OsMLO5)- identity=64.1; qcov=0.953; evalue=0; confidence=high |
| GO | GO:0006952 (defense response); GO:0016020 (membrane) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF03094 (Mlo) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130992132 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cell membrane | 细胞膜 | 1.00000 | XP_057772636.1 |
| 2 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057772636.1 |
| 3 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057772636.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057772636.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057772636.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr7:6692192 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B62,B90,B92,C21 |
Chr7:6692209 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B136 |
Chr7:6692225 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B25,C16 |
Chr7:6692308 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C60 |
Chr7:6692325 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B2 |
Chr7:6692350 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B13 |
Chr7:6692511 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 127 | A11,A13,A14,A2,A20,A21,A22,A25,A5,A6,A7,A9,B10,B100,B103,B104,B107,B109,B11,B110,B112,B113,B114,B115,B118,B119,B120,B123,B126,B128,B129,B13,B130,B131,B132,B133,B134,B140,B15,B16,B17,B2,B20,B24,B25,B3,B31,B33,B34,B35,B36,B39,B4,B40,B41,B43,B45,B48,B50,B51,B54,B58,B61,B65,B68,B75,B77,B78,B79,B8,B81,B82,B85,B89,B9,B91,B92,B93,B96,B97,C11,C12,C13,C14,C15,C16,C18,C19,C23,C27,C29,C3,C30,C31,C36,C38,C4,C40,C42,C43,C44,C45,C47,C49,C51,C52,C53,C55,C57,C59,C6,C64,C66,C69,C71,C72,C79,C81,C83,C86,C87,D2,D3,D5,D6,D7,D9 |
Chr7:6692904 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B107,B18,B23,C53,C54 |
Chr7:6693722 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D11 |
Chr7:6695841 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B40,B47 |
Chr7:6695868 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D7 |
Chr7:6695881 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D11 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057772636.1PF03094
Mlo 9-472 aa
XP_057772637.1PF03094
Mlo 9-463 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057772636.1 |
Pfam | PF03094 |
Mlo | Family | 9 | 472 | 1.6e-185 | 617.9 | Mlo family |
XP_057772637.1 |
Pfam | PF03094 |
Mlo | Family | 9 | 463 | 3.7e-190 | 633.1 | Mlo family |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
2 records
下载 cDNA FASTA2 records
下载 CDS FASTA2 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。