当前解析结果
SmilChr07G000958| 统一新 Gene ID | SmilChr07G000958 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr07G000958 |
| 描述 | cytochrome b561 and DOMON domain-containing protein At3g07570 |
| 染色体 / SeqID | Chr07 / NC_080393.1 |
| 坐标与链方向 | 6899734 - 6903034 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130992148 |
|---|---|
| GeneID | 130992148 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130992148 |
| 原始查询 | LOC130992148 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | cytochrome b561 and DOMON domain-containing protein At3g07570 |
| 产物 | cytochrome b561 and DOMON domain-containing protein At3g07570 |
| Arabidopsis | AT3G07570 (AT3G07570)Cytochrome b561/ferric reductase transmembrane with DOMON related domain-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819948] identity=52.6; qcov=0.949; evalue=1.05e-129; confidence=high |
| Rice | Os01g0895300- identity=40.8; qcov=0.989; evalue=3.32e-98; confidence=medium |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF03188 (Cytochrom_B561); PF03351 (DOMON) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130992148 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cell membrane | 细胞膜 | 1.00000 | XP_057772660.1 |
| 2 | Vesicle | 囊泡 | 0.40000 | XP_057772660.1 |
| 3 | Vacuole | 液泡 | 0.20000 | XP_057772660.1 |
| 4 | Endosome | 内体 | 0.20000 | XP_057772660.1 |
| 5 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057772660.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr7:6900499 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B85 |
Chr7:6900516 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C50,D6 |
Chr7:6901906 |
C |
CG |
1bp_insertion | frameshift_variant | 1 | B95 |
Chr7:6901906 |
C |
CG |
1bp_insertion | CDS_variant | 1 | B95 |
Chr7:6901964 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B93 |
Chr7:6901988 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B68 |
Chr7:6902056 |
GTT |
G |
2bp_deletion | frameshift_variant | 124 | A1,A14,A15,A16,A19,A2,A20,A21,A22,A4,A7,B1,B10,B100,B101,B103,B106,B109,B112,B115,B117,B118,B119,B12,B122,B123,B125,B128,B13,B133,B134,B135,B136,B137,B139,B16,B17,B18,B19,B20,B21,B23,B24,B27,B28,B3,B32,B33,B35,B38,B39,B4,B41,B49,B5,B54,B55,B56,B58,B59,B6,B60,B62,B65,B68,B7,B71,B73,B77,B78,B79,B8,B81,B82,B87,B9,B90,B92,B94,B95,B96,B97,B99,C1,C11,C15,C17,C19,C2,C21,C22,C25,C27,C29,C3,C30,C36,C37,C39,C4,C43,C45,C47,C48,C49,C52,C53,C54,C60,C64,C66,C67,C69,C7,C73,C74,C75,C78,C80,C81,C82,D3,D6,D7 |
Chr7:6902146 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A13,D8 |
Chr7:6902660 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B136 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057772660.1PF03351
DOMON 71-123 aa
PF03188
Cytochrom_B561 214-334 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057772660.1 |
Pfam | PF03351 |
DOMON | Domain | 71 | 123 | 1e-09 | 39.4 | DOMON domain |
XP_057772660.1 |
Pfam | PF03188 |
Cytochrom_B561 | Family | 214 | 334 | 1e-06 | 29.8 | Eukaryotic cytochrome b561 |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。