Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G001019

染色体: Chr07 坐标: 7409846-7412418 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G001019
名称SmilChr07G001019
描述probable receptor-like protein kinase At1g49730
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向7409846 - 7412418 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130992151
GeneID130992151
locus_tag-
NCBI NameLOC130992151
原始查询LOC130992151

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述probable receptor-like protein kinase At1g49730
产物probable receptor-like protein kinase At1g49730
ArabidopsisAT1G49730 (AT1G49730)
Protein kinase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:841396]
identity=33.5; qcov=0.917; evalue=8.95e-56; confidence=low
RiceOs04g0689400
-
identity=38.6; qcov=0.775; evalue=1.84e-57; confidence=medium
GOGO:0004672 (protein kinase activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0005886 (plasma membrane); GO:0006468 (protein phosphorylation)
KEGG-
PfamPF00069 (Pkinase); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130992151

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057772663.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057772663.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057772663.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057772663.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057772663.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:7410234 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B103,B93,C86,C87
Chr7:7410255 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A21,B124,B128,B29,C15
Chr7:7410294 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr7:7410348 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C83
Chr7:7410354 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B103,B93,C86,C87
Chr7:7410405 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A1,A2,B106,C45,C78
Chr7:7410408 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C83
Chr7:7411436 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr7:7411511 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C52
Chr7:7411569 GC G 1bp_deletion frameshift_variant 1 B74
Chr7:7411569 GC G 1bp_deletion CDS_variant 1 B74
Chr7:7411631 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B136,B137,B20,C20,C3

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057772663.1
374 aa
N
1
187
374
PK_Tyr_Ser-Thr
Pkinase
C
PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 91-293 aa PF00069 Pkinase 91-354 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057772663.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 91 293 3.3e-34 119.1 Protein tyrosine and serine/threonine kinase
XP_057772663.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 91 354 4e-36 125.5 Protein kinase domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057916680.1
TTTTTTTAATTATTATGAAAAAACAGATCTATGCATTAGTAGACTTCAAATTAATTTTGTTAGAGTTTTTTAGTAGTAGCTAGCTAGGGACTATAAGAACAAGTCTATTCATAGTATTTTAATTGAATATGAGACTAGCTAGTTAGAGAGGAAAAAACAAATAGAATTGCCCTTGGTCTATATAACTTTTTTATTTATTTATTTTGAGGGAAGGTCTATATAACTTTGGTTAAGAGAATACTTGAATCGCTCGGACTGTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130992151
ATGTGGTTTCTTGGTTTCTCCACATCAAACCGAAGAAGCTATTTGGTAATGGGCGCGATCGCAATGGTGATCATCCTCACCGTCATTGTAAGGAAATGGGCAATCTACCTGGAGTCGAACGATCGTAGATCGTCGGGCAAGATTGTGGATAAGAGCGACGTAGATCACTCGCTGCAGGGGAATCAGAAGGCAAGAGTCCGTCCCTGTGCTTCGTCGATAAGGACGTACGCCCTCGAGGAGCTCAAGGTGGCGACGAGCGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057772663.1
MWFLGFSTSNRRSYLVMGAIAMVIILTVIVRKWAIYLESNDRRSSGKIVDKSDVDHSLQGNQKARVRPCASSIRTYALEELKVATSDFRIRIGVGATSYVYLAELGDGRFGAVKRVLEERGGSQKMFLDEVSVLLRISHPNLVGLLGFCLEKGEQLLLLEYVPNKSLFDRMHTRQGHYSGTLTWQNRVSVALDIAYALDYLHSVADPPVIHRDIKSSNVLLINDDHAKLADFGLCKLGSHAQRAHTPIAVKGSLGYIDTI...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器