当前解析结果
SmilChr07G000945| 统一新 Gene ID | SmilChr07G000945 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr07G000945 |
| 描述 | reticulon-like protein B5 |
| 染色体 / SeqID | Chr07 / NC_080393.1 |
| 坐标与链方向 | 6733971 - 6736343 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130992160 |
|---|---|
| GeneID | 130992160 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130992160 |
| 原始查询 | LOC130992160 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | reticulon-like protein B5 |
| 产物 | reticulon-like protein B5 |
| Arabidopsis | AT4G11220 (BTI2)VIRB2-interacting protein 2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:826724] identity=49.3; qcov=0.7; evalue=2.21e-72; confidence=high |
| Rice | Os01g0736900- identity=51.5; qcov=0.703; evalue=3.01e-75; confidence=high |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF02453 (Reticulon) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130992160 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Endoplasmic reticulum | 内质网 | 1.00000 | XP_057772672.1 |
| 2 | Endoplasmic reticulum membrane | 内质网膜 | 1.00000 | XP_057772672.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057772672.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057772672.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057772672.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr7:6734266 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B140,C83,D7 |
Chr7:6734326 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B33,B53 |
Chr7:6734458 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | A4 |
Chr7:6734661 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C83 |
Chr7:6734718 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D10 |
Chr7:6734740 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B117 |
Chr7:6734866 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C50 |
Chr7:6735574 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A5,C38,C51 |
Chr7:6735778 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | A4 |
Chr7:6735845 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B131 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057772672.1PF02453
Reticulon 104-258 aa
XP_057772673.1PF02453
Reticulon 104-258 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057772672.1 |
Pfam | PF02453 |
Reticulon | Family | 104 | 258 | 2.4e-47 | 161.5 | Reticulon |
XP_057772673.1 |
Pfam | PF02453 |
Reticulon | Family | 104 | 258 | 2.4e-47 | 161.5 | Reticulon |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
2 records
下载 cDNA FASTA2 records
下载 CDS FASTA2 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。