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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G000956

染色体: Chr07 坐标: 6876232-6882258 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G000956
名称SmilChr07G000956
描述ribonuclease 2-like
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向6876232 - 6882258 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130992161
GeneID130992161
locus_tag-
NCBI NameLOC130992161
原始查询LOC130992161

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述ribonuclease 2-like
产物ribonuclease 2-like
ArabidopsisAT2G39780 (RNS2)
ribonuclease 2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818563]
identity=59.4; qcov=0.821; evalue=7.48e-101; confidence=high
RiceOs01g0897200 (OsRNS2)
-
identity=50.4; qcov=0.835; evalue=3.09e-84; confidence=high
GOGO:0003723 (RNA binding); GO:0005576 (extracellular region); GO:0006401 (RNA catabolic process); GO:0033897 (ribonuclease T2 activity)
KEGG-
PfamPF00445 (Ribonuclease_T2)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130992161

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Vacuole 液泡 0.80000 XP_057772674.1
2 Cell wall 细胞壁 0.20000 XP_057772674.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057772674.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057772674.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057772674.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:6876485 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B87,D5
Chr7:6876566 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B68
Chr7:6876572 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B115,B20,B65,C52
Chr7:6876587 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C33,C46
Chr7:6876632 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B140
Chr7:6877879 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B125
Chr7:6881039 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B125,B81,B93
Chr7:6881518 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B140

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057772674.1
285 aa
N
1
142
285
Ribonuclease_T2
C
PF00445 Ribonuclease_T2 52-239 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057772674.1 Pfam PF00445 Ribonuclease_T2 Domain 52 239 9.9e-47 160.2 Ribonuclease T2 family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057916691.1
TATTTGAGGGGAATACAAAATTATTAGAGAAGCATTAACTAACCAACCAACTCTGCATCTGCAATAACAGTCCAAAAGTCATGGACTCTCGCCTTAAATAAACATCTCCGTGGGCGTGGAGACTCATTTCATCACGCAATTCAAACGCACCATTCTCACGCAACACGATCATGCCTTCTCTCCTCACCGCGCTGCTCAAATTCGCAACCCGATCCCTAATTTTTGCAGTGGTTCTATGGATTGGACTAATTTACGTCGCG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130992161
ATGCCTTCTCTCCTCACCGCGCTGCTCAAATTCGCAACCCGATCCCTAATTTTTGCAGTGGTTCTATGGATTGGACTAATTTACGTCGCGGAAGCTAATGGCGGCGACGTTGAAGGACAATTGCTGCTGAGAGGAGTTAGCGAGCAGAGAGTGTTCGACTACTTCAAGCTCGCTCTCCAATGGCCGGGCACCTACTGCCGCAAAACTAGTAAATGTTGTGCCCAAAATGGCTGCTGTCGAGGGTCAAATAGCCCGACGGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057772674.1
MPSLLTALLKFATRSLIFAVVLWIGLIYVAEANGGDVEGQLLLRGVSEQRVFDYFKLALQWPGTYCRKTSKCCAQNGCCRGSNSPTGFTIHGLWADYNDGTWPSCCSGKKFDATQIATLRNALYKYWPTLSCSDSKNCYGGKGLFWEHEVEKHGTCAASVTGDEYNYFVTTLNLYFKYNVTEFLADEGYVASNSEKYPVGGIISAIQNAFQATPEVECSGDALEEIYLCFDKTFKPRDCEIKTTTNSGIVTSSTCPSYVS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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