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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G001021

染色体: Chr07 坐标: 7420753-7425421 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G001021
名称SmilChr07G001021
描述uncharacterized SmilChr07G001021
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向7420753 - 7425421 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130992163
GeneID130992163
locus_tag-
NCBI NameLOC130992163
原始查询LOC130992163

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述Single hybrid motif superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:841699]; symbol=AT1G52670; hit=AT1G52670; species=arabidopsis; confidence=high
产物Single hybrid motif superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:841699]; symbol=AT1G52670; hit=AT1G52670; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT1G52670 (AT1G52670)
Single hybrid motif superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:841699]
identity=59.7; qcov=0.728; evalue=7.68e-78; confidence=high
Rice-
-
GO-
KEGG-
PfamPF00364 (Biotin_lipoyl)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130992163

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Chloroplast 叶绿体 1.00000 XP_057772681.1
2 Chloroplast stroma 叶绿体基质 1.00000 XP_057772681.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057772681.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057772681.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057772681.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:7421264 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr7:7422592 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D6
Chr7:7422799 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A10,A18,B126,B46,C83
Chr7:7422876 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C4
Chr7:7422897 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B115,B12,B41,C10,C42
Chr7:7423121 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B3,C15,C72
Chr7:7423766 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr7:7424820 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B53,C62

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057772681.1
276 aa
N
1
138
276
Biotin_lipoyl
C
PF00364 Biotin_lipoyl 210-264 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057772681.1 Pfam PF00364 Biotin_lipoyl Domain 210 264 2e-08 34.7 Biotin-requiring enzyme

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XR_009091250.1
AAAATAAATGACAAAACGGGATCTAGTTCTTCGTTAACATCGTTTGCGGAAAGCTTAAAAATCTGAACACATCAGTCACTTCTGCTGCTGCTCATCCACCTCCGCCACCATCGCCACAATTCTCTTATCAACTTATCATCACTTTCTCATGGCTGCGTGTGGTTTAGGGACTTCAACCCTTACAGTTGCAAACTTGGAGCTGGGCTTTGTTATACCCAAATTGAGCAATTTGCAAACTTTGTGTGGTTTGAGGGCTCGAA...
XM_057916698.1
AATTTTAAACTTTTTATAAAATTATCCATATTCTAAAACAAGACAGAAAAATAAATGACAAAACGGGATCTAGTTCTTCGTTAACATCGTTTGCGGAAAGCTTAAAAATCTGAACACATCAGTCACTTCTGCTGCTGCTCATCCACCTCCGCCACCATCGCCACAATTCTCTTATCAACTTATCATCACTTTCTCATGGCTGCGTGTGGTTTAGGGACTTCAACCCTTACAGTTGCAAACTTGGAGCTGGGCTTTGTTAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130992163
ATGGCTGCGTGTGGTTTAGGGACTTCAACCCTTACAGTTGCAAACTTGGAGCTGGGCTTTGTTATACCCAAATTGAGCAATTTGCAAACTTTGTGTGGTTTGAGGGCTCGAAAATTTGTCCAATTTAATGATCTGGCACTGTCACATAATTCAAAGAAAGCTATATTGATTAGGTGCCGGAGTTCGAATTCCGAGGCTGGGCCTGATTCCACTACCAATTTGGAGAACAATCCTGAAGAAAGTCTGTCATCTGATGTGCC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057772681.1
MAACGLGTSTLTVANLELGFVIPKLSNLQTLCGLRARKFVQFNDLALSHNSKKAILIRCRSSNSEAGPDSTTNLENNPEESLSSDVPSTYVPNPFEVESLLTVLCDTKSIMQFELKLGEFQLHVTRESAEQSAPPQAPVPAPVAAHAAPETPGSDNSELSPPLALAKSSSFSGRVQTLLDKAADEGLAILQSPRVGYFRRSRTIKGKRAPPSCKEKDTVKEGQVLCYIEQLGGEIPVESDISGEVVRILKEDGDPVGYGD...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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