当前解析结果
SmilChr07G000990| 统一新 Gene ID | SmilChr07G000990 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr07G000990 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr07G000990 |
| 染色体 / SeqID | Chr07 / NC_080393.1 |
| 坐标与链方向 | 7213980 - 7216668 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130992175 |
|---|---|
| GeneID | 130992175 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130992175 |
| 原始查询 | LOC130992175 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | Adenine nucleotide alpha hydrolases-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:841318]; symbol=AT1G48960; hit=AT1G48960; species=arabidopsis; confidence=high |
| 产物 | Adenine nucleotide alpha hydrolases-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:841318]; symbol=AT1G48960; hit=AT1G48960; species=arabidopsis; confidence=high |
| Arabidopsis | AT1G48960 (AT1G48960)Adenine nucleotide alpha hydrolases-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:841318] identity=52.38; qcov=1.0; evalue=1.15e-71; confidence=high |
| Rice | Os01g0303800- identity=28.57; qcov=0.694; evalue=8.52e-08; confidence=low |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00582 (Usp) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130992175 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | 五折投票比例 | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.60000 | XP_057772705.1 |
| 2 | Cell membrane | 细胞膜 | 0.40000 | XP_057772705.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.20000 | XP_057772705.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr7:7214752 |
CA |
C |
1bp_deletion | frameshift_variant | 17 | A20,B105,B106,B108,B118,B34,B38,B67,C13,C30,C47,C56,C78,C81,C83,C85,D6 |
Chr7:7214771 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B17,B29 |
Chr7:7214820 |
GA |
G |
1bp_deletion | frameshift_variant | 91 | A15,A19,A20,A3,A8,B103,B106,B109,B11,B112,B117,B118,B120,B123,B130,B134,B136,B139,B17,B24,B25,B29,B32,B33,B34,B38,B40,B42,B43,B50,B53,B55,B56,B57,B58,B6,B61,B69,B73,B76,B77,B78,B8,B80,B84,B89,B9,B95,B97,B98,B99,C13,C16,C20,C22,C24,C25,C27,C3,C32,C38,C39,C4,C40,C42,C43,C44,C47,C50,C51,C53,C58,C59,C61,C62,C63,C64,C67,C7,C71,C76,C78,C81,C82,C83,C85,C87,D2,D5,D6,D7 |
Chr7:7214883 |
A |
ACG |
2bp_insertion | frameshift_variant | 4 | A20,C13,C4,C85 |
Chr7:7214883 |
A |
ACG |
2bp_insertion | CDS_variant | 4 | A20,C13,C4,C85 |
Chr7:7216014 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B77,C63 |
Chr7:7216022 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B108 |
Chr7:7216334 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B125,C28,C43,C47,D3 |
Chr7:7216385 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | A4 |
Chr7:7216418 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D11 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057772705.1PF00582
Usp 2-136 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057772705.1 |
Pfam | PF00582 |
Usp | Domain | 2 | 136 | 9.2e-14 | 52.9 | Universal stress protein family |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。