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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G001012

染色体: Chr07 坐标: 7359648-7361295 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G001012
名称SmilChr07G001012
描述glyoxylase I 4-like
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向7359648 - 7361295 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130992176
GeneID130992176
locus_tag-
NCBI NameLOC130992176
原始查询LOC130992176

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述glyoxylase I 4-like
产物glyoxylase I 4-like
ArabidopsisAT1G15380 (GLYI4)
Lactoylglutathione lyase / glyoxalase I family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838107]
identity=66; qcov=0.853; evalue=2.14e-74; confidence=high
RiceOs05g0171900 (OsGLYI6)
-
identity=56.7; qcov=0.826; evalue=1.84e-64; confidence=high
GO-
KEGG-
PfamPF00903 (Glyoxalase)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130992176

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057772706.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057772706.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057772706.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057772706.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057772706.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:7359843 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B14
Chr7:7359901 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B20
Chr7:7361086 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B118,B41,C10,C53

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057772706.1
190 aa
N
1
95
190
Glyoxalase
C
PF00903 Glyoxalase 15-133 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057772706.1 Pfam PF00903 Glyoxalase Domain 15 133 1.8e-07 32.3 Glyoxalase/Bleomycin resistance protein/Dioxygenase superfamily

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057916723.1
ATCCCTTATCTAACTCCTTCAATCCCCTATTCTCTTCTCTTCTCTCCTCTCATTCTAATTCTTTTTGTTGGATCTTATCCATTTAATTAGGTAGTTGATCAGTTTTGGCAGCTTCAGTTTCATCAAGATTTCGAAAATTAATTTTCTTCGAGTGTCATCTCTGTGAAAAAGCAAATTAAAGATGCAGGTGGAGAAGAAGAGAAACGTGTTGCAACTGTCATCGTTGAACCACATTTCTCTTGTCTGCAAATCAGTGGATG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130992176
ATGCAGGTGGAGAAGAAGAGAAACGTGTTGCAACTGTCATCGTTGAACCACATTTCTCTTGTCTGCAAATCAGTGGATGAAACCAATTATTTCTATATAAATGTTCTTGGATTTGTGCCTGTCAAGAGGCCTGCCGCTTTGAATTTTCCAGGGGCATGGCTGGTTGGTCATGGGATAGGAATACATCTACTACAATCAGAAATTCCAGAAAACTTGCCAAAGAAAACTGTGATTAATACCAAAGATAGTCACATTTCATT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057772706.1
MQVEKKRNVLQLSSLNHISLVCKSVDETNYFYINVLGFVPVKRPAALNFPGAWLVGHGIGIHLLQSEIPENLPKKTVINTKDSHISFQCENMGMVEKKLGEMGIDWVRQRVEEGGIYMDQLFFHDPDGFMIEICNCESIPIIPLDSKMHMICPHPPLKQIRVQPQQIRALVPRIGPKILSEGGEIIIPNN

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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