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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G000928

染色体: Chr07 坐标: 6622350-6624231 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G000928
名称SmilChr07G000928
描述uncharacterized SmilChr07G000928
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向6622350 - 6624231 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130992186
GeneID130992186
locus_tag-
NCBI NameLOC130992186
原始查询LOC130992186

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述Glycine-rich protein family [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:3771473]; symbol=AT5G49350; hit=AT5G49350; species=arabidopsis; confidence=low
产物Glycine-rich protein family [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:3771473]; symbol=AT5G49350; hit=AT5G49350; species=arabidopsis; confidence=low
ArabidopsisAT5G49350 (AT5G49350)
Glycine-rich protein family [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:3771473]
identity=35.8; qcov=0.447; evalue=1.02e-07; confidence=low
Rice-
-
GO-
KEGG-
PfamPF24865 (DUF7731)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130992186

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Secreted 分泌到胞外 1.00000 XP_057772716.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057772716.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057772716.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057772716.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057772716.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:6622563 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr7:6623137 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A16,A25,B71,C39,C50
Chr7:6623165 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A21,B1,B101,B34,D11
Chr7:6623447 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B91
Chr7:6623477 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B140
Chr7:6623495 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B33,B53
Chr7:6623496 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A18,C76
Chr7:6623522 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B10
Chr7:6623541 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057772716.1
150 aa
N
1
75
150
DUF7731
C
PF24865 DUF7731 45-134 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057772716.1 Pfam PF24865 DUF7731 Domain 45 134 1.9e-23 83.0 Domain of unknown function (DUF7731)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057916733.1
GTCCCATAGTCCCATGGGTTTTATCAACTGTGTGTGTGTCTCCAGCTTATGTAGGTAGCTATAACGACGTTAGTTCTTGTTTATGTCACAGATATCTATGTAATCTAAGGAGCATATCCCATTTTATTAGACTCCTTGTTTATGGATATCAATCCTATATATGTATATGAGCGCAGGGTACAACACCTTAAAGCTTCATCGAAATGGCACATCGGCAACGGCAGATTCTCGGCCACGCTGCAACCTCTCTTGCCGTATTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130992186
ATGGCACATCGGCAACGGCAGATTCTCGGCCACGCTGCAACCTCTCTTGCCGTATTTCTCTTTATTGCAATTTTCCTTCCCCATGCAACAGCAGAAGACAAACTCAACCCCGTAACCAATCAGAATTTAAACCCTACCCAGGCTTGGAGGAGTTCTGAATATTGCATGCAGAATATCTCGGCACCGTGTCAAACGGGCCTGAAGAACTACACCCTAACCTCGACTGGGTGGCTGAACGTCACCGCTGCTGCCGGCCCCAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057772716.1
MAHRQRQILGHAATSLAVFLFIAIFLPHATAEDKLNPVTNQNLNPTQAWRSSEYCMQNISAPCQTGLKNYTLTSTGWLNVTAAAGPKFCEAGGCADHTRAVLLCLKHVKRDYWFANRATVQDLYDTIDDGCKNGGTGFTGVSKYGSHLPN

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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