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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G001009

染色体: Chr07 坐标: 7341748-7343745 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G001009
名称SmilChr07G001009
描述uncharacterized protein At2g34160-like
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向7341748 - 7343745 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130992196
GeneID130992196
locus_tag-
NCBI NameLOC130992196
原始查询LOC130992196

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述Alba DNA/RNA-binding protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817977]; symbol=AT2G34160; hit=AT2G34160; species=arabidopsis; confidence=medium
产物Alba DNA/RNA-binding protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817977]; symbol=AT2G34160; hit=AT2G34160; species=arabidopsis; confidence=medium
ArabidopsisAT2G34160 (AT2G34160)
Alba DNA/RNA-binding protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817977]
identity=74.4; qcov=0.953; evalue=6.7e-40; confidence=medium
RiceOs06g0602600
-
identity=81.9; qcov=0.837; evalue=7.48e-39; confidence=medium
GOGO:0003723 (RNA binding); GO:0005634 (nucleus)
KEGG-
PfamPF01918 (Alba)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130992196

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057772727.1
2 Nucleus 细胞核 0.80000 XP_057772727.1
3 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057772727.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057772727.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057772727.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:7343737 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 3 B106,B131,B15
Chr7:7343737 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B106,B131,B15

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057772727.1
86 aa
N
1
43
86
Alba
C
PF01918 Alba 2-39 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057772727.1 Pfam PF01918 Alba Domain 2 39 3e-08 34.0 Alba

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057916744.1
GGTATATGCAGCAACACAGTGAGGTGGAGCTTTCCGGACTTGGCATGGCAATCTCAACAGTTGTCTCAGTTGCTGAAATTCTGAAGAACAATGGATTTGCTGTTGAGAAGAAAATCATGACATCCACCGTGGAGATAAAGGATGATTCTCGGGGAAGGCCCGTCCAAAAAGCCAAGATTGAAGTAGTACTTGGGAAAACAGCAAATTTTGATGAGTTAATGGCCGTGGCGCAAGAGGGTAGGGAGAATGGAAATGATGAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130992196
ATGCAGCAACACAGTGAGGTGGAGCTTTCCGGACTTGGCATGGCAATCTCAACAGTTGTCTCAGTTGCTGAAATTCTGAAGAACAATGGATTTGCTGTTGAGAAGAAAATCATGACATCCACCGTGGAGATAAAGGATGATTCTCGGGGAAGGCCCGTCCAAAAAGCCAAGATTGAAGTAGTACTTGGGAAAACAGCAAATTTTGATGAGTTAATGGCCGTGGCGCAAGAGGGTAGGGAGAATGGAAATGATGAAGAATA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057772727.1
MQQHSEVELSGLGMAISTVVSVAEILKNNGFAVEKKIMTSTVEIKDDSRGRPVQKAKIEVVLGKTANFDELMAVAQEGRENGNDEE

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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