同源 qcov 为最佳单个 HSP 在查询序列上的坐标跨度/序列长度;置信度是规则分级,不是已验证的正交关系。

Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及有 accession 序列支持的文献基因名查询;未闭环名称仅提供候选导航。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G001045

染色体: Chr07 坐标: 7640341-7644122 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G001045
名称SmilChr07G001045
描述plastidic ATP/ADP-transporter-like
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向7640341 - 7644122 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130992215
GeneID130992215
locus_tag-
NCBI NameLOC130992215
原始查询LOC130992215

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述plastidic ATP/ADP-transporter-like
产物plastidic ATP/ADP-transporter-like
ArabidopsisAT1G80300 (NTT1)
nucleotide transporter 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:844370]
identity=77.0; qcov=0.993; evalue=0.0; confidence=high
RiceOs02g0208100 (OsNTT2)
-
identity=83.84; qcov=0.803; evalue=0.0; confidence=high
GOGO:0005471 (ATP:ADP antiporter activity); GO:0006862 (nucleotide transport); GO:0016020 (membrane)
KEGG-
PfamPF03219 (TLC)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130992215

打开注释模块

非零投票定位候选(最多五项)

Rank定位位置中文五折投票比例Protein ID
1 Chloroplast 叶绿体 1.00000 XP_057772748.1
2 Chloroplast membrane 叶绿体膜 1.00000 XP_057772748.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:7641196 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A2,B131,B56,B96,C14
Chr7:7641775 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B104,B23,B4,C27,C44
Chr7:7642511 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A11,B44,B57,C32,C68
Chr7:7642934 A ATT 2bp_insertion frameshift_variant 2 B59,C17
Chr7:7642934 A ATT 2bp_insertion CDS_variant 2 B59,C17
Chr7:7642948 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B123,B128,B136,B32,B91
Chr7:7643157 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr7:7643165 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr7:7643203 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C4
Chr7:7643237 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 17 A8,B100,B11,B139,B48,B57,B69,B72,B76,B79,C2,C23,C28,C38,C40,C43,C44
Chr7:7643291 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B122,B5,C32,C85,C87
Chr7:7643676 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B44,D11

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057772748.1
604 aa
N
1
302
604
TLC
C
PF03219 TLC 98-568 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057772748.1 Pfam PF03219 TLC Family 98 568 4.5e-202 672.9 TLC ATP/ADP transporter

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057916765.1
ACGGATGATCTTACCAGATATAGCAAGAAAAATCCAAGAAATTAGAACTATAAACAAGAAAGGGTACACGCACAAAATTTGCTACAATCCAACAACCAAATTTGACGGAAAATATCACTAGGCATAGATCAATGTTGCTTGGTCAATATAAAGCATCATTCTTGGCTGTATCTGCGCTTTCTTCACATGATTCTCTTGCACTTTTAGTTGGATCCTATTAAAGATCCCACTCCCTTATGATTGCTACACTCAACGCCTCC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
lcl|NC_080393.1_cds_XP_057772748.1_35764
ATGCAAGCTGTTTTACAATCAAAAGGGCTTCTTTCCTTGCCCTCAAACCACAAAACCAGAGCTTTCATCTCTCAACCCTCATGTGATTTGAGGTACAGATTCAATCCCATAAATTCTTTGTCCAAATCAATAACACTTAACAAAAGCTCTCTTTCTCCAAATGGGTTCTCAAAAATTCCGTCCAAACCTCAGCTGGTTCTCCAAAACAATAGAAATTACCATGTCTGTCGAGCTGAGGCAGCTGCATCATCAGCTGATGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057772748.1
MQAVLQSKGLLSLPSNHKTRAFISQPSCDLRYRFNPINSLSKSITLNKSSLSPNGFSKIPSKPQLVLQNNRNYHVCRAEAAASSADGQPLFGERESPKFMGLELVTLKKIIPLGMMFFCILFNYTILRDTKDVLVVTAKGSSAEIIPFLKTWVNLPMAVGFMLLYTKLANVLSKQALFYTVIFPFIAFFGAFGFVFYPMSSYIHPTALADNLLNILGPRFLGPLAILRIWSFCLFYVMAELWGSVVVSVLFWGFANQITT...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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