Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr07G001048`

染色体: Chr07 坐标: 7654018-7654697 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr07G001048`
名称	SmilChr07G001048
描述	uncharacterized SmilChr07G001048
染色体 / SeqID	Chr07 / NC_080393.1
坐标与链方向	7654018 - 7654697 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130992218`
GeneID	`130992218`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130992218`
原始查询	`LOC130992218`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述	OsRPA1; symbol=OsRPA1; hit=Os03g0214100; species=rice; confidence=low
产物	OsRPA1; symbol=OsRPA1; hit=Os03g0214100; species=rice; confidence=low
Arabidopsis	`AT5G08020` (RPA70B) RPA70-kDa subunit B [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830696] identity=36; qcov=0.632; evalue=1.18e-09; confidence=low
Rice	`Os03g0214100` (OsRPA1) - identity=34.8; qcov=0.654; evalue=1.11e-10; confidence=low
GO	-
KEGG	-
Pfam	-
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130992218

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057772751.1`
2	Chromosome	染色体	0.80000	`XP_057772751.1`
3	Telomere	端粒	0.20000	`XP_057772751.1`
4	Cytoplasm	细胞质	0.20000	`XP_057772751.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057772751.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr7:7654139`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B57
`Chr7:7654158`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C24,C85
`Chr7:7654203`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A20,B39,C22,C30
`Chr7:7654214`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	1	B140
`Chr7:7654214`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B140
`Chr7:7654233`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B46,C78,C85
`Chr7:7654320`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B11,B14,B22,C22,C5
`Chr7:7654328`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B11,B14,C22
`Chr7:7654353`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C7
`Chr7:7654360`	`AGT`	`A`	2bp_deletion	frameshift_variant	7	B106,B49,B82,C61,C77,C8,C9
`Chr7:7654419`	`AT`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	4	B11,C29,C85,D4
`Chr7:7654419`	`AT`	`A`	1bp_deletion	CDS_variant	4	B11,C29,C85,D4

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中，此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057916768.1
TATTGTCGCGTTATATTACGTTAAATGAGATGTTATATATACATAATTTTATTATTTTTATTGTAGGATATATAATATTCAACAATGACGACAATCGAAACTCTGCAAGTAAATGAAAGATCATTTACAATTGCATTGAAGGCTTTGAGAATAGGCCACGAAATAAATTGTGGACCTAATTTAAGCACAAAAATCTGGAAATTGATAATGGTTGACAAAGAGGGTGTCCAAATTGGAGTGACAATGTTCAATAATGAAAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130992218
ATGACGACAATCGAAACTCTGCAAGTAAATGAAAGATCATTTACAATTGCATTGAAGGCTTTGAGAATAGGCCACGAAATAAATTGTGGACCTAATTTAAGCACAAAAATCTGGAAATTGATAATGGTTGACAAAGAGGGTGTCCAAATTGGAGTGACAATGTTCAATAATGAAATAAGCAAATTTGGAAAAAAGTTTGAATCCAACAAAACGTATTTAATCTCTAATGGAGAGGTTAGAAACGTTAATACTATGTATCC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057772751.1
MTTIETLQVNERSFTIALKALRIGHEINCGPNLSTKIWKLIMVDKEGVQIGVTMFNNEISKFGKKFESNKTYLISNGEVRNVNTMYPSIHREKEIILNRYSDIKEAFDEIEYKIPYNFVEFNDVEQKLDKEEEFGK

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器