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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G003485

染色体: Chr01 坐标: 53414664-53416992 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G003485
名称SmilChr01G003485
描述putative receptor-like protein kinase At3g47110
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向53414664 - 53416992 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130992232
GeneID130992232
locus_tag-
NCBI NameLOC130992232
原始查询LOC130992232

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述putative receptor-like protein kinase At3g47110
产物putative receptor-like protein kinase At3g47110
ArabidopsisAT3G47570 (AT3G47570)
Leucine-rich repeat protein kinase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:823911]
identity=45.8; qcov=1; evalue=1.16e-180; confidence=high
RiceOs02g0215500
-
identity=45.5; qcov=1; evalue=0; confidence=high
GOGO:0004672 (protein kinase activity); GO:0005515 (protein binding); GO:0005524 (ATP binding); GO:0006468 (protein phosphorylation)
KEGG-
PfamPF00069 (Pkinase); PF00560 (LRR_1); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr); PF13516 (LRR_6); PF13855 (LRR_8)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130992232

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057772770.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057772770.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057772770.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057772770.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057772770.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:53414869 AC A 1bp_deletion frameshift_variant 1 C25
Chr1:53414869 AC A 1bp_deletion CDS_variant 1 C25
Chr1:53415369 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C55
Chr1:53415413 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A2,C48
Chr1:53415431 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B66
Chr1:53415571 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 1 C48
Chr1:53415571 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C48
Chr1:53415589 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B20
Chr1:53415769 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C48
Chr1:53415796 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A20
Chr1:53415881 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C71
Chr1:53416003 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B30,B44,B55,B76,B94

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057772770.1
641 aa
N
1
320
641
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_8
LRR_6
LRR_1
LRR_8
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF00560 LRR_1 22-43 aa PF00560 LRR_1 45-67 aa PF00560 LRR_1 70-91 aa PF13855 LRR_8 73-128 aa PF13516 LRR_6 90-106 aa PF00560 LRR_1 93-111 aa PF13855 LRR_8 116-176 aa PF00560 LRR_1 117-139 aa PF00560 LRR_1 141-163 aa PF00560 LRR_1 165-187 aa PF00560 LRR_1 190-209 aa PF00069 Pkinase 327-544 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 330-546 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057772770.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 22 43 5.3e-29 94.7 Leucine Rich Repeat
XP_057772770.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 45 67 5.3e-29 94.7 Leucine Rich Repeat
XP_057772770.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 70 91 5.3e-29 94.7 Leucine Rich Repeat
XP_057772770.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 73 128 9.1e-23 80.5 Leucine rich repeat
XP_057772770.1 Pfam PF13516 LRR_6 Repeat 90 106 5.3e-07 29.9 Leucine Rich repeat
XP_057772770.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 93 111 5.3e-29 94.7 Leucine Rich Repeat
XP_057772770.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 116 176 9.1e-23 80.5 Leucine rich repeat
XP_057772770.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 117 139 5.3e-29 94.7 Leucine Rich Repeat
XP_057772770.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 141 163 5.3e-29 94.7 Leucine Rich Repeat
XP_057772770.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 165 187 5.3e-29 94.7 Leucine Rich Repeat
XP_057772770.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 190 209 5.3e-29 94.7 Leucine Rich Repeat
XP_057772770.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 327 544 2.9e-36 125.9 Protein kinase domain
XP_057772770.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 330 546 5.2e-38 131.5 Protein tyrosine and serine/threonine kinase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057916787.1
GGAGGGGAGGAGCAGAGGATTTGAGCTTCGTCGCCTCATTGAAGAACGCTACAAACTTAGCTAGTTTAGGCCTAGATGGAAACAGCTTTGGTGGGGTGCTGCCTCCTGCATTTTGGAACCTCTCCACCACCATTTCAAGGATGTTCTTGAGCCAGAATCAGATCTCCGGCACTATTCCAGACGACATGGGGAAGTTTGTCGAGCTGCAGGATCTAAGGGTGAACAATAACAGATTCTTAGGCATGATCCCTTCTAGCATA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130992232
ATGTTCTTGAGCCAGAATCAGATCTCCGGCACTATTCCAGACGACATGGGGAAGTTTGTCGAGCTGCAGGATCTAAGGGTGAACAATAACAGATTCTTAGGCATGATCCCTTCTAGCATAGGACGCCTTCGAAATCTGCAGTTCTTGGACTTGTCTGGCAACGATTTCTCGAGCAGAATCCCCTCTACTATTGGAAATTTGAGCCTTCTGCTTTATATGTATCTCTCTTACAACAATCTTGGCAGTTTTATACCATCAAG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057772770.1
MFLSQNQISGTIPDDMGKFVELQDLRVNNNRFLGMIPSSIGRLRNLQFLDLSGNDFSSRIPSTIGNLSLLLYMYLSYNNLGSFIPSSIGNCQKLLELNLSRNGLTGSLPKEVVSIPSLRSMDLSQNQLNSTLPAEIGSLKNLEYFNVSRNGLVGSVPNSVGGCVKLEFLDLQGNSLRGNIPSSLSALRGLRVLDLSRNRFDGLVPEYLAEFTLLALNLSFNDLEGALPQGGVFNNASAVSVAGNPKLCGGVPELRLPKCN...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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