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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G001069

染色体: Chr07 坐标: 7868246-7870667 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G001069
名称SmilChr07G001069
描述uncharacterized SmilChr07G001069
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向7868246 - 7870667 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130992237
GeneID130992237
locus_tag-
NCBI NameLOC130992237
原始查询LOC130992237

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述structural molecules protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:28717438]; symbol=AT1G79985; hit=AT1G79985; species=arabidopsis; confidence=high
产物structural molecules protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:28717438]; symbol=AT1G79985; hit=AT1G79985; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT1G79985 (AT1G79985)
structural molecules protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:28717438]
identity=68.4; qcov=1; evalue=7.68e-76; confidence=high
RiceOs01g0593600
-
identity=65.1; qcov=1; evalue=8.06e-66; confidence=high
GOGO:0000139 (Golgi membrane); GO:0005802 (trans-Golgi network); GO:0006895 (Golgi to endosome transport); GO:0034067 (protein localization to Golgi apparatus); GO:0043001 (Golgi to plasma membrane protein transport)
KEGG-
PfamPF09801 (SYS1)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130992237

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Endoplasmic reticulum 内质网 0.80000 XP_057772775.1
2 Endoplasmic reticulum membrane 内质网膜 0.80000 XP_057772775.1
3 Vesicle 囊泡 0.60000 XP_057772775.1
4 Golgi apparatus 高尔基体 0.40000 XP_057772775.1
5 Endosome 内体 0.20000 XP_057772775.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:7869203 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C3
Chr7:7869241 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C85
Chr7:7869928 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A25,A5,B71,C38,C51
Chr7:7869953 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr7:7870094 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B26,C85

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057772775.1
152 aa
N
1
76
152
SYS1
C
PF09801 SYS1 5-145 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057772775.1 Pfam PF09801 SYS1 Family 5 145 7.6e-42 143.6 Integral membrane protein S linking to the trans Golgi network

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057916792.1
CGAAAATTTAATGATAAATTCTGTTACTCTTCTTAAGCAAAAAATCATTGCAATTGGTCTTGGAAACTCATTTTCGTACAAACATTTAACATTTGGAGTCTTGACATATAATCTTTTGATTAAATTCGAATGTCGTTTACCGGAAAAAAAAAATGTAATGATGAGTGTATTAAACAATGATTTCGAATTCATAACCTCTTCAGTCTTCATATTAGACAATTGTTTTCAAATTTTACATTATTTTCGTCGATTGAGTGGAG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130992237
ATGTTCTATGGCGCGGCGGCGTGGGATCCGTGGTTAATAGTGGCGCAAATTGTGTGTCTTCAATGCCTGTACTACCTTAGTCTAGGGTTATTCCTCTCGATTCTCGTAGGTCCCCGCGTGTCGAAGATGAGCCTGGTGTATTTCTTCGATTTCGCCACGGTTACTGCTTCCGCAGCTACTGGTTGGTGCGTTATCGCTTCCATTTTTCTCAGCTCTATTGCCGGAGCTGGAGTTTTGGTCTATTTAGTTGAAAGAGCAAG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057772775.1
MFYGAAAWDPWLIVAQIVCLQCLYYLSLGLFLSILVGPRVSKMSLVYFFDFATVTASAATGWCVIASIFLSSIAGAGVLVYLVERASKCFDFSATLYIIHLFICLLYGGWPSSVTWWVVNITGLAVMALLSECLCMKRESRDIPVGRYRSNV

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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