Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr07G001073`

染色体: Chr07 坐标: 7898667-7902573 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr07G001073`
名称	SmilChr07G001073
描述	pyridoxal 5'-phosphate synthase-like subunit PDX1.2
染色体 / SeqID	Chr07 / NC_080393.1
坐标与链方向	7898667 - 7902573 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130992247`
GeneID	`130992247`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130992247`
原始查询	`LOC130992247`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	pyridoxal 5'-phosphate synthase-like subunit PDX1.2
产物	pyridoxal 5'-phosphate synthase-like subunit PDX1.2
Arabidopsis	`AT3G16050` (PDX1.2) pyridoxine biosynthesis 1.2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820850] identity=70.3; qcov=0.987; evalue=9.98e-161; confidence=high
Rice	`Os07g0100200` (OsPDX1.3a) - identity=64.3; qcov=1; evalue=3.15e-138; confidence=high
GO	GO:0006520 (amino acid metabolic process); GO:0008615 (pyridoxine biosynthetic process); GO:0016843 (amine-lyase activity); GO:0042823 (pyridoxal 5'-phosphate biosynthetic process)
KEGG	smil00750 (Vitamin B6 metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01240 (Biosynthesis of cofactors - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF01680 (SOR_SNZ); PF05690 (ThiG)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130992247

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytosol	细胞质基质	0.80000	`XP_057772782.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.60000	`XP_057772782.1`
3	Chloroplast	叶绿体	0.20000	`XP_057772782.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057772782.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057772782.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr7:7899446`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A3,C33,D5
`Chr7:7899606`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C23
`Chr7:7899921`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C79
`Chr7:7899948`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B10,C11,C46,C69,D4

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057772782.1

307 aa

154

307

SOR_SNZ

ThiG

PF01680 SOR_SNZ 23-225 aa PF05690 ThiG 213-269 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057772782.1`	Pfam	`PF01680`	SOR_SNZ	Domain	23	225	1.3e-87	293.6	SOR/SNZ family
`XP_057772782.1`	Pfam	`PF05690`	ThiG	Domain	213	269	2.3e-07	31.1	Thiazole biosynthesis protein ThiG

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057916799.1
AAAATTATAAACAACTTTGATTTCTTTCTTTATAGTTGTAAATACATTGAAATAAAATCATGAGAAAGTTAAGTATTTTTCCTTCATTATATTAGAGTGGAATATGCCAAGTATTGGGTATTTGGATTTATTTAAGTGAAGCTACAGTTGGCAAATTTAAGAGACTAATAAACTATCTAAGACAAGATTAAGGCTTAATTCCCACTAATCTCTGATTTTGATTCCACTCTTCGTTCCGGCAAATCGTCGAACATTCTACA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130992247
ATGGCCGACGACCACGCCGTCACGCTTTACAGCAGCGCCGCCATTACTGACGCCAAGAAGAATCCCTTCTCTCTCAAAGTCGGCATGGCGCAGATGCTCCGCGGCGGCGCCATCGTGGAGGTCACCACCCTGGATCAAGCTAAAACCGCGGAGTCCGCCGGCGCCTGCTGCGTGATCGTCTCCGATCCGCCGCCGCCGCGTGGCGGGATCTCACGCATGGCGGATCCATCGCTGATCAAGGAAATCAAGCAGGCGCTGTC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057772782.1
MADDHAVTLYSSAAITDAKKNPFSLKVGMAQMLRGGAIVEVTTLDQAKTAESAGACCVIVSDPPPPRGGISRMADPSLIKEIKQALSIPVMAKARVGHFVEAQILEQIGVDYIDESEALGVADENHFINKHNFGVTFVCGCRDLGEALRRVREGSAMIRTQGEINGLGNVAETVRSVRKVMGEIRVLNNMDEDEVFAFAKRIEAPYDIVAQAKQMGRLPVVHFAAGGIATPADAALMMQLGCDGVFLGLEVFDCDDPYKR...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器