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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G001100

染色体: Chr07 坐标: 8116164-8119408 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G001100
名称SmilChr07G001100
描述E3 ubiquitin-protein ligase KEG-like
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向8116164 - 8119408 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130992273
GeneID130992273
locus_tag-
NCBI NameLOC130992273
原始查询LOC130992273

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述E3 ubiquitin-protein ligase KEG-like
产物E3 ubiquitin-protein ligase KEG-like
ArabidopsisAT4G32250 (AT4G32250)
Protein kinase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829358]
identity=51.1; qcov=0.91; evalue=0; confidence=high
RiceOs06g0639500
-
identity=53.2; qcov=0.994; evalue=0; confidence=high
GOGO:0004672 (protein kinase activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0006468 (protein phosphorylation)
KEGG-
PfamPF00069 (Pkinase); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130992273

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytosol 细胞质基质 0.40000 XP_057772819.1
2 Cell membrane 细胞膜 0.40000 XP_057772819.1
3 Chloroplast membrane 叶绿体膜 0.20000 XP_057772819.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057772819.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057772819.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:8116476 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B10,D4
Chr7:8116596 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D7
Chr7:8116701 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C83
Chr7:8116714 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C5
Chr7:8116829 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B59
Chr7:8116951 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C33,C46
Chr7:8117264 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C1
Chr7:8117266 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B65
Chr7:8117381 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B3,C14,C15,C73,C85
Chr7:8117452 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr7:8117462 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C42
Chr7:8117604 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B51

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057772819.1
630 aa
N
1
315
630
PK_Tyr_Ser-Thr
Pkinase
C
PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 42-307 aa PF00069 Pkinase 45-306 aa
XP_057772820.1
630 aa
N
1
315
630
PK_Tyr_Ser-Thr
Pkinase
C
PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 42-307 aa PF00069 Pkinase 45-306 aa
XP_057772821.1
630 aa
N
1
315
630
PK_Tyr_Ser-Thr
Pkinase
C
PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 42-307 aa PF00069 Pkinase 45-306 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057772819.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 42 307 9.2e-25 88.1 Protein tyrosine and serine/threonine kinase
XP_057772819.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 45 306 1.2e-22 81.3 Protein kinase domain
XP_057772820.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 42 307 9.2e-25 88.1 Protein tyrosine and serine/threonine kinase
XP_057772820.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 45 306 1.2e-22 81.3 Protein kinase domain
XP_057772821.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 42 307 9.2e-25 88.1 Protein tyrosine and serine/threonine kinase
XP_057772821.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 45 306 1.2e-22 81.3 Protein kinase domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA
XM_057916838.1
ACAAAAGTGAGAATATTGTAGTAGTATTTTTTTTTTCTTAGAAGTTGAGGGTTCTCATATAGAAGAAAAAATGGTCCACAGTTGTCGGTGTTCACTTGACGGTGAGGGGGAATGGCTGAACAAATTTCACCGGTAGTCCATTTTGATTTTGAACTTTATGATGGAGATCCTGATCAGTTAAGAACTGTTGACGCTACTCCTGCGCTGCCCAACTCATATATTGATCCTGCATCATTGAAACTCAAATACAGGATTGGCCA...
XM_057916837.1
GGTCCACAGTTGTCGGTGTTCACTTGACGGGTACGCCTCACTGACTGCGACTGCTTCTTCTTCTTCTTCTTCCTCTTCCCCACTTCTCTCTCTTGAGGGGGAATGGCTGAACAAATTTCACCGGTAGTCCATTTTGATTTTGAACTTTATGATGGAGATCCTGATCAGTTAAGAACTGTTGACGCTACTCCTGCGCTGCCCAACTCATATATTGATCCTGCATCATTGAAACTCAAATACAGGATTGGCCACGGACTGTT...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA
LOC130992273
ATGGCTGAACAAATTTCACCGGTAGTCCATTTTGATTTTGAACTTTATGATGGAGATCCTGATCAGTTAAGAACTGTTGACGCTACTCCTGCGCTGCCCAACTCATATATTGATCCTGCATCATTGAAACTCAAATACAGGATTGGCCACGGACTGTTTGGTGATGTTTGGGTAGCCACACATCATCAATCAGGAACAGACTATGATCAGTATCATGAAGTTGTGGTTAAGATGTTGCATTCAATAAAGGAGGGTCACGA...
LOC130992273
ATGGCTGAACAAATTTCACCGGTAGTCCATTTTGATTTTGAACTTTATGATGGAGATCCTGATCAGTTAAGAACTGTTGACGCTACTCCTGCGCTGCCCAACTCATATATTGATCCTGCATCATTGAAACTCAAATACAGGATTGGCCACGGACTGTTTGGTGATGTTTGGGTAGCCACACATCATCAATCAGGAACAGACTATGATCAGTATCATGAAGTTGTGGTTAAGATGTTGCATTCAATAAAGGAGGGTCACGA...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA
XP_057772819.1
MAEQISPVVHFDFELYDGDPDQLRTVDATPALPNSYIDPASLKLKYRIGHGLFGDVWVATHHQSGTDYDQYHEVVVKMLHSIKEGHEKEFLHRFEELWRNSKSKKLQGVCWLHGISIISGKICIALKSYEGSIGDRMAQMNGGKLSLADVLRYGIELAKDIQQLHQIGLLVLNLKPNNFLLDERDHVVLGDFGIPYLLLGIPWRDPQVAVRLGTLNYMAPEQWRPGVRGPISYETDSWGFGCSIIEMLTGSPPWLGRSPE...
XP_057772820.1
MAEQISPVVHFDFELYDGDPDQLRTVDATPALPNSYIDPASLKLKYRIGHGLFGDVWVATHHQSGTDYDQYHEVVVKMLHSIKEGHEKEFLHRFEELWRNSKSKKLQGVCWLHGISIISGKICIALKSYEGSIGDRMAQMNGGKLSLADVLRYGIELAKDIQQLHQIGLLVLNLKPNNFLLDERDHVVLGDFGIPYLLLGIPWRDPQVAVRLGTLNYMAPEQWRPGVRGPISYETDSWGFGCSIIEMLTGSPPWLGRSPE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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