Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr07G001114`

染色体: Chr07 坐标: 8266267-8268440 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr07G001114`
名称	SmilChr07G001114
描述	ubiquitin-conjugating enzyme E2 32-like
染色体 / SeqID	Chr07 / NC_080393.1
坐标与链方向	8266267 - 8268440 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130992288`
GeneID	`130992288`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130992288`
原始查询	`LOC130992288`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	ubiquitin-conjugating enzyme E2 32-like
产物	ubiquitin-conjugating enzyme E2 32-like
Arabidopsis	`AT3G17000` (UBC32) ubiquitin-conjugating enzyme 32 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820956] identity=61.8; qcov=1.08; evalue=4.57e-133; confidence=high
Rice	`Os03g0308000` (OsUBC45) - identity=59; qcov=1.05; evalue=1.18e-119; confidence=high
GO	-
KEGG	smil04120 (Ubiquitin mediated proteolysis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil04141 (Protein processing in endoplasmic reticulum - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF00179 (UQ_con)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130992288

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Endoplasmic reticulum	内质网	1.00000	`XP_057772837.1`
2	Endoplasmic reticulum membrane	内质网膜	1.00000	`XP_057772837.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057772837.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057772837.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057772837.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr7:8266550`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104
`Chr7:8266620`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C52
`Chr7:8266627`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B11,B17,B6,C21,C67
`Chr7:8266795`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C76,C77
`Chr7:8267010`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A7,B110,B72,C14
`Chr7:8268019`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B73
`Chr7:8268087`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B97,C32,C68,C8

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057772837.1

294 aa

147

294

UQ_con

PF00179 UQ_con 15-126 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057772837.1`	Pfam	`PF00179`	UQ_con	Domain	15	126	7.4e-20	71.7	Ubiquitin-conjugating enzyme

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057916854.1
ATACAGTAATCACAAAAACCAGGGTATCAAAAGCGTTTGTGAGAAAAATAAGGTACCAAAAGCGTTCTAGTTTTTTTTTTTTTCGAGGAAAAAAGAAAAGCGTTCTAGTAGAAACTGCTAAATGCTTGAGCGTTAAAGTAAGCAATCAACCAGCCTATGAAATCCTAACACGTAAGCACATCCCGACAGATGACGTGTCCCCCGCCTCTCTCTCTCCTCTTCACATAACTTATCCATCAGAGTGGAATTGAATCAAAAGT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130992288
ATGGCGGAAGATAAGTACAATAGGAAGAATCCGGCGGTGAAGCGGATTCTGCAGGAGGTCAAAGAGATGCAATCCAATCCTTCCGATGACTTTATGAGCCTGCCTCTCGAGGAGAATATATTTGAATGGCAGTTTGCGATCAGGGGTCCTAGAGATTCGGAGTTTGAGGGAGGAATATACCATGGAAGAATTCAGCTGCCTGCTGAATATCCTTTCAAGCCACCTTCATTCATGCTGCTCACGCCGAATGGTAGGTTTGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057772837.1
MAEDKYNRKNPAVKRILQEVKEMQSNPSDDFMSLPLEENIFEWQFAIRGPRDSEFEGGIYHGRIQLPAEYPFKPPSFMLLTPNGRFETQTKICLSISNHHPEHWQPSWSVRTALVAMIAFMPTSPNGALGSLDYTKEERRALAIKSRDAAPRFGSTERQKLIDEIHEYMLSKALPVPEDAVVQTGNEESEEGQQTPNQDVEAATETEPQLAEDDDIVQEPNITPPNGYVAAESSNPVPANEQQLLQKPETRAPKQADDRL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器