Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr07G001119`

染色体: Chr07 坐标: 8292733-8294079 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr07G001119`
名称	SmilChr07G001119
描述	uncharacterized SmilChr07G001119
染色体 / SeqID	Chr07 / NC_080393.1
坐标与链方向	8292733 - 8294079 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130992292`
GeneID	`130992292`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130992292`
原始查询	`LOC130992292`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述	Tetratricopeptide repeat (TPR)-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832142]; symbol=AT5G20190; hit=AT5G20190; species=arabidopsis; confidence=medium
产物	Tetratricopeptide repeat (TPR)-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832142]; symbol=AT5G20190; hit=AT5G20190; species=arabidopsis; confidence=medium
Arabidopsis	`AT5G20190` (AT5G20190) Tetratricopeptide repeat (TPR)-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832142] identity=39.5; qcov=0.989; evalue=4.71e-52; confidence=medium
Rice	`Os06g0606700` (P0029C06.12) - identity=55.6; qcov=0.528; evalue=9.6e-49; confidence=medium
GO	GO:0005515 (protein binding)
KEGG	-
Pfam	-
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130992292

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	0.60000	`XP_057772842.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.60000	`XP_057772842.1`
3	Cytosol	细胞质基质	0.60000	`XP_057772842.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057772842.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057772842.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr7:8293237`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B110,B72,C14
`Chr7:8293321`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr7:8293337`	`TG`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	7	A5,A8,B25,B28,C45,C46,D1
`Chr7:8293343`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B110,C14
`Chr7:8293376`	`C`	`CT`	1bp_insertion	frameshift_variant	2	B80,C62
`Chr7:8293376`	`C`	`CT`	1bp_insertion	CDS_variant	2	B80,C62
`Chr7:8293571`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B110,B72,C14
`Chr7:8293576`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B69,C87
`Chr7:8293586`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A15,B135,B94,C63
`Chr7:8293623`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B14
`Chr7:8293640`	`C`	`CG`	1bp_insertion	frameshift_variant	7	B134,B53,B77,B97,C28,C42,C82
`Chr7:8293726`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A6,B49,B61

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中，此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057916859.1
AATTCTGTCGCCATCAAACCCCCTTATAAAATCCCCACCATTCTCCTTCAGTCTCCATAAGTATAACCATCTCTTGTCTTTACTAACCAAAACAATTAACAATTCTAAAGAAATGCTGCTGAGGAGCGCATCGTCGCCAATTCTGAATTCATGGATACACAATTCGACAACCGGGTCGTCGCCCGAGCCCGAATCCCTGCTCCAGCTGACGAGGACTCGTTCCTTCTCCATGTCGATGTCGTCTGAGGACGGGATCGGCC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130992292
ATGCTGCTGAGGAGCGCATCGTCGCCAATTCTGAATTCATGGATACACAATTCGACAACCGGGTCGTCGCCCGAGCCCGAATCCCTGCTCCAGCTGACGAGGACTCGTTCCTTCTCCATGTCGATGTCGTCTGAGGACGGGATCGGCCGGGTCACACCCACCCGATCCGAGGCGGATCCGGCGAAGCGCTCCTCGCGGGTGCCGAAGCCGGCGAGGGTCAAGCAGGAGGTGGGGCCCAGCGCCCTCTCGACGGCGGCGCA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057772842.1
MLLRSASSPILNSWIHNSTTGSSPEPESLLQLTRTRSFSMSMSSEDGIGRVTPTRSEADPAKRSSRVPKPARVKQEVGPSALSTAAQERETAPQTLVVGGGVGGCGGGGVCGGGRGSGSQDPGSWPGRESTDVYYEMMIQANPGNALLLGNYARFLKEVRGDLGKAEEYCERAILANPSDGNVLSLYADLIWQTQRDATRAEAYFHQAVETHPNDCYVLASYARFLWDAEDEEEEEEEEQVNDLYEKRNNLPSNFFQEGA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器