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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G001120

染色体: Chr07 坐标: 8329205-8330054 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G001120
名称SmilChr07G001120
描述EPIDERMAL PATTERNING FACTOR-like protein 6
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向8329205 - 8330054 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130992293
GeneID130992293
locus_tag-
NCBI NameLOC130992293
原始查询LOC130992293

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述EPIDERMAL PATTERNING FACTOR-like protein 6
产物EPIDERMAL PATTERNING FACTOR-like protein 6
ArabidopsisAT2G30370 (CHAL)
allergen-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817587]
identity=40.8; qcov=0.676; evalue=4.08e-10; confidence=low
RiceOs02g0756100
-
identity=29.7; qcov=1.06; evalue=1.4e-09; confidence=low
GOGO:0010052 (guard cell differentiation); GO:0010374 (stomatal complex development)
KEGG-
PfamPF17181 (EPF)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130992293

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Secreted 分泌到胞外 1.00000 XP_057772843.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057772843.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057772843.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057772843.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057772843.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:8329558 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A19,B26,B64,D9
Chr7:8329582 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B130

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057772843.1
105 aa
N
1
52
105
EPF
C
PF17181 EPF 45-105 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057772843.1 Pfam PF17181 EPF Family 45 105 4.1e-21 75.4 Epidermal patterning factor proteins

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057916860.1
CGCAGAGTGATGGAAAAACAACATTTTTCCGAAAGGAGAAAGAGAAATTAAACATTGTTTTCTGTGTGAGATGGCAATTAAAATTGGAAGAGGGGCATGACATGAATATCATTTCTCTAACACTACTGTAAACTGTCCTGTCCCTCATTCTCCACACAGTGCTCAACTTTGTCTTCAAATGCATAAACACAGGCAGCCCCATTCATTTTTCCACACTTGCACAATCACATAACACTTTTCCTCATGGCTCTATCAAGAAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130992293
ATGGCTCTATCAAGAAACCACAACCACCTCTTCCTCACTTTTGCACTCACATCCATCTTCCTTTCCTCTCTCGCACCTTCATCAGGTGGGATGATTAGGGCATCGCCAGATGAGGAGGAGTTGAGGAAGATGGTGTTGGGATCAAGGCCGCCTGCTTGCGTCAACAGGTGCATGAGTTGCAGGCCGTGCGAGGCTACTTTGGTAATTCCGCCCCACCGGACCACCATCAAATGGGAAAAATCATCTCACAGAGAAGATGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057772843.1
MALSRNHNHLFLTFALTSIFLSSLAPSSGGMIRASPDEEELRKMVLGSRPPACVNRCMSCRPCEATLVIPPHRTTIKWEKSSHREDDSYYLLSWKCRCGNKLYQP

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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