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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G001145

染色体: Chr07 坐标: 8600036-8610154 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G001145
名称SmilChr07G001145
描述uncharacterized SmilChr07G001145
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向8600036 - 8610154 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130992319
GeneID130992319
locus_tag-
NCBI NameLOC130992319
原始查询LOC130992319

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述hydrolases, acting on ester bond [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:822352]; symbol=AT3G27325; hit=AT3G27325; species=arabidopsis; confidence=high
产物hydrolases, acting on ester bond [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:822352]; symbol=AT3G27325; hit=AT3G27325; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT3G27325 (AT3G27325)
hydrolases, acting on ester bond [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:822352]
identity=60.7; qcov=0.96; evalue=0; confidence=high
RiceOs09g0266400
-
identity=57; qcov=0.955; evalue=0; confidence=high
GOGO:0016788 (hydrolase activity, acting on ester bonds)
KEGGsmil00563 (Glycosylphosphatidylinositol (GPI)-anchor biosynthesis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF07819 (PGAP1)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130992319

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Endoplasmic reticulum 内质网 1.00000 XP_057772877.1
2 Endoplasmic reticulum membrane 内质网膜 1.00000 XP_057772877.1
3 Golgi apparatus 高尔基体 0.40000 XP_057772877.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057772877.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057772877.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:8601053 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C60
Chr7:8601104 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C60
Chr7:8601922 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr7:8601945 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr7:8602677 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C5
Chr7:8602808 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B103
Chr7:8602924 TGA T 2bp_deletion frameshift_variant 99 A1,A14,A16,A20,A22,A25,A4,A5,A9,B103,B105,B106,B107,B11,B118,B119,B12,B121,B127,B128,B129,B135,B137,B138,B15,B16,B17,B19,B2,B21,B24,B31,B32,B38,B41,B45,B48,B5,B53,B54,B55,B6,B60,B62,B69,B7,B71,B72,B73,B75,B79,B85,B87,B88,B9,B92,B99,C10,C12,C13,C16,C17,C19,C2,C21,C22,C25,C26,C28,C3,C34,C37,C38,C42,C43,C44,C5,C50,C51,C56,C57,C59,C6,C61,C62,C63,C67,C7,C71,C74,C76,C77,C79,C80,C82,C87,D2,D6,D7
Chr7:8602929 T TCA 2bp_insertion frameshift_variant 96 A1,A14,A16,A25,A4,A5,A9,B103,B105,B106,B107,B11,B118,B119,B12,B121,B127,B128,B129,B135,B137,B138,B15,B16,B17,B2,B21,B24,B31,B32,B38,B41,B45,B48,B5,B53,B54,B55,B6,B60,B62,B69,B7,B71,B72,B73,B75,B79,B85,B87,B88,B9,B92,B99,C10,C12,C13,C16,C17,C19,C2,C21,C22,C25,C26,C28,C3,C34,C37,C38,C42,C43,C44,C5,C50,C51,C56,C57,C59,C6,C61,C62,C63,C67,C7,C71,C74,C76,C77,C79,C80,C82,C87,D2,D6,D7
Chr7:8603326 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B6,C35,C67,C77
Chr7:8603915 TCA T 2bp_deletion frameshift_variant 1 D8
Chr7:8603915 TCA T 2bp_deletion CDS_variant 1 D8
Chr7:8603978 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B78,B82,C4

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057772877.1
1102 aa
N
1
551
1102
PGAP1
C
PF07819 PGAP1 88-354 aa
XP_057772878.1
1102 aa
N
1
551
1102
PGAP1
C
PF07819 PGAP1 88-354 aa
XP_057772879.1
1101 aa
N
1
550
1101
PGAP1
C
PF07819 PGAP1 88-354 aa
XP_057772880.1
1101 aa
N
1
550
1101
PGAP1
C
PF07819 PGAP1 88-354 aa
XP_057772881.1
1100 aa
N
1
550
1100
PGAP1
C
PF07819 PGAP1 88-354 aa
XP_057772882.1
1094 aa
N
1
547
1094
PGAP1
C
PF07819 PGAP1 88-354 aa
XP_057772883.1
1093 aa
N
1
546
1093
PGAP1
C
PF07819 PGAP1 88-354 aa
XP_057772884.1
1093 aa
N
1
546
1093
PGAP1
C
PF07819 PGAP1 88-354 aa
XP_057772885.1
1092 aa
N
1
546
1092
PGAP1
C
PF07819 PGAP1 88-354 aa
XP_057772887.1
957 aa
N
1
478
957
PGAP1
C
PF07819 PGAP1 88-354 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057772877.1 Pfam PF07819 PGAP1 Domain 88 354 2.7e-83 280.0 PGAP1-like alpha/beta domain
XP_057772878.1 Pfam PF07819 PGAP1 Domain 88 354 2.7e-83 280.0 PGAP1-like alpha/beta domain
XP_057772879.1 Pfam PF07819 PGAP1 Domain 88 354 2.7e-83 280.0 PGAP1-like alpha/beta domain
XP_057772880.1 Pfam PF07819 PGAP1 Domain 88 354 2.7e-83 280.0 PGAP1-like alpha/beta domain
XP_057772881.1 Pfam PF07819 PGAP1 Domain 88 354 2.7e-83 280.0 PGAP1-like alpha/beta domain
XP_057772882.1 Pfam PF07819 PGAP1 Domain 88 354 2.7e-83 280.0 PGAP1-like alpha/beta domain
XP_057772883.1 Pfam PF07819 PGAP1 Domain 88 354 2.7e-83 280.0 PGAP1-like alpha/beta domain
XP_057772884.1 Pfam PF07819 PGAP1 Domain 88 354 2.7e-83 280.0 PGAP1-like alpha/beta domain
XP_057772885.1 Pfam PF07819 PGAP1 Domain 88 354 2.7e-83 280.0 PGAP1-like alpha/beta domain
XP_057772887.1 Pfam PF07819 PGAP1 Domain 88 354 2.1e-83 280.4 PGAP1-like alpha/beta domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

10 records

下载 cDNA FASTA
XM_057916904.1
ATTTTCCCGTAGGCTTTTAAGAATTTAATGAAAATTTAAACGCCATTTTTTGATCTTTGAAATGATTCAAACTGAATTTCTTCCATTACTGAGTGAAAATCTCTTTATCTGATCACCTTGCCTCTCCCATCCCCACAGAGCCTGCTGTTCTCCACTACTTCTCAGCTGGATCTCACACTTCGAGGATGGGAACTTCTTTCTGATGCTGGTGATTAAAGATTGGATTTTCGAGGATGGGGCTTAGAGATAGTGTGGACATG...
XM_057916899.1
TCCCGTAGGCTTTTAAGAATTTAATGAAAATTTAAACGCCATTTTTTGATCTTTGAAATGATTCAAACTGAATTTCTTCCATTACTGAGTGAAAATCTCTTTATCTGATCACCTTGCCTCTCCCATCCCCACAGAGCCTGCTGTTCTCCACTACTTCTCAGCTGGATCTCACACTTCGAGGATGGGAACTTCTTTCTGATGCTGGTGATTAAAGATTGGATTTTCGAGGATGGGGCTTAGAGATAGTGTGGACATGAAAG...

CDS

10 records

下载 CDS FASTA
LOC130992319
ATGGGGCTTAGAGATAGTGTGGACATGAAAGCGCTCAGAGCGAAGTTCAGAGTAGCAACTGTGGTTATAATATCCATATGCATTGGGCTTATGGGGGTTTATTATCTGTTGAAGCCAGTTGTAAATGGTTGTGTGATGACGTATATGTACCCGACATACATTCCTATCCCCACGCCGAAGAATGTGTCGACAACAAAATATGGGTTATTTTTGTACCATGAAGGCTGGAGAAAGATTGATTATGATGATCACCTTAAGAA...
LOC130992319
ATGGGGCTTAGAGATAGTGTGGACATGAAAGCGCTCAGAGCGAAGTTCAGAGTAGCAACTGTGGTTATAATATCCATATGCATTGGGCTTATGGGGGTTTATTATCTGTTGAAGCCAGTTGTAAATGGTTGTGTGATGACGTATATGTACCCGACATACATTCCTATCCCCACGCCGAAGAATGTGTCGACAACAAAATATGGGTTATTTTTGTACCATGAAGGCTGGAGAAAGATTGATTATGATGATCACCTTAAGAA...

Protein

10 records

下载 Protein FASTA
XP_057772877.1
MGLRDSVDMKALRAKFRVATVVIISICIGLMGVYYLLKPVVNGCVMTYMYPTYIPIPTPKNVSTTKYGLFLYHEGWRKIDYDDHLKKINGVPVLFIPGNGGSYKQVRSIGAESDRAYQGGPLEWNSNQAYPQLGEGVDIDLNNILLPSQYTSMLDWYAVDLEGEHSAMDGRILQEHSEYVVYAIHTILDLYKEAHDARAKGRPPKSVILVGHSMGGFVARAAVVHPHLRKFAVETILTLSTPHQSPPVALQPSLGHYYAQ...
XP_057772878.1
MGLRDSVDMKALRAKFRVATVVIISICIGLMGVYYLLKPVVNGCVMTYMYPTYIPIPTPKNVSTTKYGLFLYHEGWRKIDYDDHLKKINGVPVLFIPGNGGSYKQVRSIGAESDRAYQGGPLEWNSNQAYPQLGEGVDIDLNNILLPSQYTSMLDWYAVDLEGEHSAMDGRILQEHSEYVVYAIHTILDLYKEAHDARAKGRPPKSVILVGHSMGGFVARAAVVHPHLRKFAVETILTLSTPHQSPPVALQPSLGHYYAQ...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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