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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G001154

染色体: Chr07 坐标: 8648464-8652297 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G001154
名称SmilChr07G001154
描述uncharacterized SmilChr07G001154
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向8648464 - 8652297 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130992330
GeneID130992330
locus_tag-
NCBI NameLOC130992330
原始查询LOC130992330

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述Single hybrid motif superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820812]; symbol=AT3G15690; hit=AT3G15690; species=arabidopsis; confidence=high
产物Single hybrid motif superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820812]; symbol=AT3G15690; hit=AT3G15690; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT3G15690 (AT3G15690)
Single hybrid motif superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820812]
identity=52.5; qcov=1.01; evalue=1.82e-87; confidence=high
Rice-
-
GO-
KEGG-
PfamPF00364 (Biotin_lipoyl)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130992330

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Chloroplast 叶绿体 1.00000 XP_057772906.1
2 Chloroplast stroma 叶绿体基质 1.00000 XP_057772906.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057772906.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057772906.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057772906.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:8648883 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B44
Chr7:8649008 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr7:8649049 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B69
Chr7:8649363 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B19
Chr7:8650180 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr7:8650181 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr7:8650884 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B103,B122,B131,C59
Chr7:8650909 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057772906.1
274 aa
N
1
137
274
Biotin_lipoyl
C
PF00364 Biotin_lipoyl 207-261 aa
XP_057772907.1
273 aa
N
1
136
273
Biotin_lipoyl
C
PF00364 Biotin_lipoyl 206-260 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057772906.1 Pfam PF00364 Biotin_lipoyl Domain 207 261 2.1e-09 37.8 Biotin-requiring enzyme
XP_057772907.1 Pfam PF00364 Biotin_lipoyl Domain 206 260 2.1e-09 37.8 Biotin-requiring enzyme

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057916923.1
ATGCGCCAAGAAGGGAAAGAAGTCAATAAAAACGAAAGGCAAAAGGCCTAAAACAGATAAGCAACTCAAGAATTGGGCCCACTATATATCTCAGCTATGGCTCTCTTCTTCGTGAACATCGTCCGCTGCTCATACAGTGTTTCTCCGCCACCACGATTCTCTCTCTTCTCCATTTCCGAATGGCTGCGTGTGGTATTGGACCTTCAGGCATTAAGATAAAGAGCTTGGATTTGGGTTCTGTAAGTCCAAAATTAAGAACG...
XM_057916924.1
AAACGAAAGGCAAAAGGCCTAAAACAGATAAGCAACTCAAGAATTGGGCCCACTATATATCTCAGCTATGGCTCTCTTCTTCGTGAACATCGTCCGCTGCTCATACAGTGTTTCTCCGCCACCACGATTCTCTCTCTTCTCCATTTCCGAATGGCTGCGTGTGGTATTGGACCTTCAGGCATTAAGATAAAGAGCTTGGATTTGGGTTCTGTAAGTCCAAAATTAAGAACGCTGCAACCCTTGCATGGTTTGAGGACGCC...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC130992330
ATGGCTGCGTGTGGTATTGGACCTTCAGGCATTAAGATAAAGAGCTTGGATTTGGGTTCTGTAAGTCCAAAATTAAGAACGCTGCAACCCTTGCATGGTTTGAGGACGCCCAGGATTGTTCAATTTGATGGTTTAGTGTTGTTGCGTAGACCAAAGAAGTCGATTGTTGCATTTCGAGGCTCAGCTTTTGGGGATGATTCAAAAGCCAGTGTGGAAGACAATTCCATAGAAACTGTAGCAACTGATGCAGTCAGCCCACT...
LOC130992330
ATGGCTGCGTGTGGTATTGGACCTTCAGGCATTAAGATAAAGAGCTTGGATTTGGGTTCTGTAAGTCCAAAATTAAGAACGCTGCAACCCTTGCATGGTTTGAGGACGCCCAGGATTGTTCAATTTGATGGTTTAGTGTTGTTGCGTAGACCAAAGAAGTCGATTGTTGCATTTCGAGGCTCAGCTTTTGGGGATGATTCTGCAAAAGCCAGTGTGGAAGACAATTCCATAGAAACTGTAGCAACTGATGCAGTCAGCCC...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057772906.1
MAACGIGPSGIKIKSLDLGSVSPKLRTLQPLHGLRTPRIVQFDGLVLLRRPKKSIVAFRGSAFGDDSAKASVEDNSIETVATDAVSPLIPNAFEVESLLMVLCDTTSIAEFELKLGGFRLYVSRDLAEQSAPPQPPAPAPVMAHAVVETPALNGSVSSPSLALSRPVSSPGGVQSLLDKAADEGLVILQSPRVGYFKRSRTIKGKKAPPSCKEKDTVKEGQVLCYIEQLGGEIPVESDVSGEVVKILREDGDPVGYGDAL...
XP_057772907.1
MAACGIGPSGIKIKSLDLGSVSPKLRTLQPLHGLRTPRIVQFDGLVLLRRPKKSIVAFRGSAFGDDSKASVEDNSIETVATDAVSPLIPNAFEVESLLMVLCDTTSIAEFELKLGGFRLYVSRDLAEQSAPPQPPAPAPVMAHAVVETPALNGSVSSPSLALSRPVSSPGGVQSLLDKAADEGLVILQSPRVGYFKRSRTIKGKKAPPSCKEKDTVKEGQVLCYIEQLGGEIPVESDVSGEVVKILREDGDPVGYGDALI...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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