当前解析结果
SmilChr07G001157| 统一新 Gene ID | SmilChr07G001157 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr07G001157 |
| 描述 | acetylajmalan esterase-like |
| 染色体 / SeqID | Chr07 / NC_080393.1 |
| 坐标与链方向 | 8668484 - 8670119 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130992332 |
|---|---|
| GeneID | 130992332 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130992332 |
| 原始查询 | LOC130992332 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | acetylajmalan esterase-like |
| 产物 | acetylajmalan esterase-like |
| Arabidopsis | AT5G03980 (AT5G03980)SGNH hydrolase-type esterase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830277] identity=39.4; qcov=0.952; evalue=2.49e-63; confidence=medium |
| Rice | Os11g0521000 (OsGELP111)- identity=42; qcov=0.961; evalue=6.59e-78; confidence=medium |
| GO | GO:0016788 (hydrolase activity, acting on ester bonds) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00657 (Lipase_GDSL) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130992332 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Secreted | 分泌到胞外 | 0.60000 | XP_057772908.1 |
| 2 | Vacuole | 液泡 | 0.40000 | XP_057772908.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057772908.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057772908.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057772908.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr7:8668571 |
A |
AT |
1bp_insertion | stop_gained,frameshift_variant | 8 | A25,B113,B130,B4,B69,C18,C3,D1 |
Chr7:8668703 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B87,C20 |
Chr7:8668706 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A18,C38,C51 |
Chr7:8668714 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A2,B96 |
Chr7:8668733 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B111,C25,C30,C7,C84 |
Chr7:8668749 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B104 |
Chr7:8668782 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B100,B102,B65,C16 |
Chr7:8668799 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B100,B102,B104,B20,C16 |
Chr7:8668810 |
C |
CG |
1bp_insertion | frameshift_variant | 9 | B100,B102,B104,B20,B26,B65,B92,C16,C79 |
Chr7:8668852 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A21,B122 |
Chr7:8668854 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B100,B102,B104,B26,C79 |
Chr7:8668885 |
G |
GC |
1bp_insertion | frameshift_variant | 17 | B102,B104,B109,B119,B122,B132,B26,B28,B36,B59,B74,B77,B87,C13,C58,C79,D7 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057772908.1PF00657
Lipase_GDSL 31-342 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057772908.1 |
Pfam | PF00657 |
Lipase_GDSL | Family | 31 | 342 | 1.5e-18 | 68.5 | GDSL-like Lipase/Acylhydrolase |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。