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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G001165

染色体: Chr07 坐标: 8719011-8724129 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G001165
名称SmilChr07G001165
描述uncharacterized SmilChr07G001165
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向8719011 - 8724129 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130992340
GeneID130992340
locus_tag-
NCBI NameLOC130992340
原始查询LOC130992340

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os02g0197800; species=rice; confidence=low
产物hit=Os02g0197800; species=rice; confidence=low
ArabidopsisAT3G27340 (AT3G27340)
Myb domain protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:822355]
identity=61.8; qcov=0.39; evalue=6.31e-29; confidence=low
RiceOs02g0197800
-
identity=67.1; qcov=0.436; evalue=1.99e-34; confidence=low
GOGO:0005740 (mitochondrial envelope); GO:0005751 (GO:0005751); GO:0006123 (mitochondrial electron transport, cytochrome c to oxygen)
KEGG-
PfamPF06155 (GBBH-like_N)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130992340

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057772919.1
2 Mitochondrion matrix 线粒体基质 0.60000 XP_057772919.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057772921.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057772921.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057772921.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:8719959 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B10,B125,B140
Chr7:8720169 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B1,B101,B48
Chr7:8720466 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B49
Chr7:8720480 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr7:8720527 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C26
Chr7:8721445 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C46,C68
Chr7:8721539 C CTT 2bp_insertion frameshift_variant 11 A11,B107,B29,B45,B76,B83,C27,C47,C5,C59,C86
Chr7:8721540 TC T 1bp_deletion frameshift_variant 30 A11,A6,A8,A9,B100,B118,B122,B130,B18,B21,B23,B33,B35,B49,B61,B74,B77,B8,B95,B97,C3,C30,C5,C53,C54,C64,C65,C66,C85,D1
Chr7:8721542 TC T 1bp_deletion frameshift_variant 29 A11,A6,A8,A9,B100,B118,B122,B130,B18,B21,B23,B33,B35,B49,B61,B74,B77,B8,B95,B97,C3,C30,C53,C54,C64,C65,C66,C85,D1
Chr7:8723550 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B101,B12,B55
Chr7:8723736 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A20,C11,C75,C86
Chr7:8723825 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B14

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057772919.1
239 aa
N
1
120
239
GBBH-like_N
C
PF06155 GBBH-like_N 132-209 aa
XP_057772920.1
239 aa
N
1
120
239
GBBH-like_N
C
PF06155 GBBH-like_N 132-209 aa
XP_057772921.1
202 aa
N
1
101
202
GBBH-like_N
C
PF06155 GBBH-like_N 132-191 aa
XP_057772922.1
200 aa
N
1
100
200
GBBH-like_N
C
PF06155 GBBH-like_N 93-170 aa
XP_057772924.1
195 aa
N
1
98
195
GBBH-like_N
C
PF06155 GBBH-like_N 132-193 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057772919.1 Pfam PF06155 GBBH-like_N Domain 132 209 3.2e-19 70.2 Gamma-butyrobetaine hydroxylase-like, N-terminal
XP_057772920.1 Pfam PF06155 GBBH-like_N Domain 132 209 3.2e-19 70.2 Gamma-butyrobetaine hydroxylase-like, N-terminal
XP_057772921.1 Pfam PF06155 GBBH-like_N Domain 132 191 2.4e-09 38.5 Gamma-butyrobetaine hydroxylase-like, N-terminal
XP_057772922.1 Pfam PF06155 GBBH-like_N Domain 93 170 3.3e-19 70.1 Gamma-butyrobetaine hydroxylase-like, N-terminal
XP_057772924.1 Pfam PF06155 GBBH-like_N Domain 132 193 7.6e-10 40.1 Gamma-butyrobetaine hydroxylase-like, N-terminal

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

6 records

下载 cDNA FASTA
XR_009091272.1
GTTAGATCCGAGGTTAATGTAAGGGCAACACACGTGCGACAGTCTCCACGCGTGTGAGTCAACCGCGCGATTTGCAAATTGAGCCACCCTACTCCTCACTTTGCCCTGCCCAACGCCTCCTCTCTCACTCTTCTTCTTCTGCTTCTCCTGCTCCTCTTGCATTCCCCCTTTCTACGACTATTCTTTCTAGAGAGAGAAACAGGCTGTCCTCGATCAAAGGGGGAGACCTTAGATCACATCCCACAACACAATCGGATCCG...
XM_057916937.1
GTTAGATCCGAGGTTAATGTAAGGGCAACACACGTGCGACAGTCTCCACGCGTGTGAGTCAACCGCGCGATTTGCAAATTGAGCCACCCTACTCCTCACTTTGCCCTGCCCAACGCCTCCTCTCTCACTCTTCTTCTTCTGCTTCTCCTGCTCCTCTTGCATTCCCCCTTTCTACGACTATTCTTTCTAGAGAGAGAAACAGGCTGTCCTCGATCAAAGGGGGAGACCTTAGATCACATCCCACAACACAATCGGATCCG...

CDS

5 records

下载 CDS FASTA
LOC130992340
ATGTTCAGAAGGCTTGCTGTCCGGCTCCGCACTCTCGCCCCGCCCCGATCCGCTTCCAAGATCGCCCAATTCTCCGTCGGATCTTCCACACCTTCGGAGAATGTTGTCCGTTCGCTCCCCGTTTTTTCTCGCCACTTCTCTTCTGAATCCGGGAATGTGCCTAAAAAGGTGGAGGATATAGTGCCGATTGCTACTGGTCATGAGCGCGAAGAGCTTGAGGCCGAGCTTGAAGGAAGGGACATTCTGGAAATTAACCATCC...
LOC130992340
ATGTTCAGAAGGCTTGCTGTCCGGCTCCGCACTCTCGCCCCGCCCCGATCCGCTTCCAAGATCGCCCAATTCTCCGTCGGATCTTCCACACCTTCGGAGAATGTTGTCCGTTCGCTCCCCGTTTTTTCTCGCCACTTCTCTTCTGAATCCGGGAATGTGCCTAAAAAGGTGGAGGATATAGTGCCGATTGCTACTGGTCATGAGCGCGAAGAGCTTGAGGCCGAGCTTGAAGGAAGGGACATTCTGGAAATTAACCATCC...

Protein

5 records

下载 Protein FASTA
XP_057772919.1
MFRRLAVRLRTLAPPRSASKIAQFSVGSSTPSENVVRSLPVFSRHFSSESGNVPKKVEDIVPIATGHEREELEAELEGRDILEINHPSGPFGTKRERERVGMMGRTLNSAIRCVQTVAECPHLTKLSLHAPKSVEVEFDNGSAYNLSAEYLRVYSPAVDSKIRSVGGEKVIAGRRDVGIMSAEPVGNYGVRLLFDDLHKTGIFTWDYFYYLGSNKLSLMRNYIGTLKKHGLSRDPRIRK
XP_057772920.1
MFRRLAVRLRTLAPPRSASKIAQFSVGSSTPSENVVRSLPVFSRHFSSESGNVPKKVEDIVPIATGHEREELEAELEGRDILEINHPSGPFGTKRERERVGMMGRTLNSAIRCVQTVAECPHLTKLSLHAPKSVEVEFDNGSAYNLSAEYLRVYSPAVDSKIRSVGGEKVIAGRRDVGIMSAEPVGNYGVRLLFDDLHKTGIFTWDYFYYLGSNKLSLMRNYIGTLKKHGLSRDPRIRK

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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