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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G000872

染色体: Chr01 坐标: 18594111-18595148 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G000872
名称SmilChr01G000872
描述uncharacterized SmilChr01G000872
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向18594111 - 18595148 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130992349
GeneID130992349
locus_tag-
NCBI NameLOC130992349
原始查询LOC130992349

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
PfamPF13650 (Asp_protease_2)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130992349

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057772969.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.80000 XP_057772969.1
3 Nucleus 细胞核 0.20000 XP_057772969.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057772969.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057772969.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:18594137 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B114,C25
Chr1:18594207 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B105,B34,C50,C82,D4
Chr1:18594238 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B32,C50,C69
Chr1:18594256 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B55,C1
Chr1:18594292 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B115
Chr1:18594348 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B47,B55,C1
Chr1:18594354 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B47
Chr1:18594363 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A7,B61,B67,C41,C60
Chr1:18594369 T TG 1bp_insertion frameshift_variant 2 B119,C13
Chr1:18594369 T TG 1bp_insertion CDS_variant 2 B119,C13
Chr1:18594385 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A7,C41
Chr1:18594393 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A7,C41

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057772969.1
197 aa
N
1
98
197
Asp_protease_2
C
PF13650 Asp_protease_2 63-153 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057772969.1 Pfam PF13650 Asp_protease_2 Domain 63 153 2.2e-05 25.8 Aspartyl protease

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057916986.1
ATGGCACAACAACAAGTAAAATTCCAGCAGGAAACCCAAAAGTTCATGATGGAGACAAGGGGAGGAATGCAGAATGTAAATGCCCAACTGTCACATCTTGCCCAAGCAGTAGCTCGCCTGGAAAGCAAACAGGGGGAACTTCCTGCCCAAGTGGAGGTAAAGAAAGTAAATGCTGTGACACTCAGGAACGGAACCATGAAGGTGGATAAGGCAATGCTCGACTTCGGGGCATCCATTAATGTTATGCCTTTGTCTATGTA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130992349
ATGGCACAACAACAAGTAAAATTCCAGCAGGAAACCCAAAAGTTCATGATGGAGACAAGGGGAGGAATGCAGAATGTAAATGCCCAACTGTCACATCTTGCCCAAGCAGTAGCTCGCCTGGAAAGCAAACAGGGGGAACTTCCTGCCCAAGTGGAGGTAAAGAAAGTAAATGCTGTGACACTCAGGAACGGAACCATGAAGGTGGATAAGGCAATGCTCGACTTCGGGGCATCCATTAATGTTATGCCTTTGTCTATGTA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057772969.1
MAQQQVKFQQETQKFMMETRGGMQNVNAQLSHLAQAVARLESKQGELPAQVEVKKVNAVTLRNGTMKVDKAMLDFGASINVMPLSMYQDLEIGQLKPTRVVIQLANRSNVYPEGILEDVLVKVEELIFPADFYILDMGKSKARDPVMLLGRPFLKTVRTRIDCDTGKLICQFEGEQVTFDIYNAMKHPADTDKGILN

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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