当前解析结果
SmilChr07G001189| 统一新 Gene ID | SmilChr07G001189 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr07G001189 |
| 描述 | diphthamide biosynthesis protein 4-like |
| 染色体 / SeqID | Chr07 / NC_080393.1 |
| 坐标与链方向 | 9033118 - 9034561 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130992365 |
|---|---|
| GeneID | 130992365 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130992365 |
| 原始查询 | LOC130992365 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | diphthamide biosynthesis protein 4-like |
| 产物 | diphthamide biosynthesis protein 4-like |
| Arabidopsis | AT1G71000 (AT1G71000)Chaperone DnaJ-domain superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843439] identity=54.4; qcov=0.743; evalue=4.77e-42; confidence=medium |
| Rice | Os01g0606900 (OsDjC10)- identity=54.4; qcov=0.683; evalue=9.69e-37; confidence=medium |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00226 (DnaJ) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130992365 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057772948.1 |
| 2 | Cytoplasm | 细胞质 | 1.00000 | XP_057772948.1 |
| 3 | Cytosol | 细胞质基质 | 1.00000 | XP_057772948.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057772948.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057772948.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr7:9033413 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B11,B135 |
Chr7:9033615 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B11,B135 |
Chr7:9034223 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B11,B135 |
Chr7:9034302 |
T |
TG |
1bp_insertion | frameshift_variant | 6 | A18,B42,B43,B82,B84,C25 |
Chr7:9034319 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D11 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057772948.1PF00226
DnaJ 13-78 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057772948.1 |
Pfam | PF00226 |
DnaJ | Domain | 13 | 78 | 4.1e-24 | 85.2 | DnaJ domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。