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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G001196

染色体: Chr07 坐标: 9089926-9091345 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G001196
名称SmilChr07G001196
描述probable 2-oxoglutarate-dependent dioxygenase AOP1
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向9089926 - 9091345 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130992373
GeneID130992373
locus_tag-
NCBI NameLOC130992373
原始查询LOC130992373

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述probable 2-oxoglutarate-dependent dioxygenase AOP1
产物probable 2-oxoglutarate-dependent dioxygenase AOP1
ArabidopsisAT1G52820 (AT1G52820)
2-oxoglutarate (2OG) and Fe(II)-dependent oxygenase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:841715]
identity=59.5; qcov=1.02; evalue=1.96e-140; confidence=high
RiceOs08g0417100
-
identity=33.2; qcov=0.997; evalue=1.6e-63; confidence=low
GOGO:0051213 (dioxygenase activity)
KEGG-
PfamPF03171 (2OG-FeII_Oxy); PF14226 (DIOX_N)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130992373

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057772955.1
2 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057772955.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057772955.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057772955.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057772955.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:9090182 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C32,C68
Chr7:9090204 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B7,B76,B94,C12,C28
Chr7:9090232 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 12 B115,B127,B44,B91,B93,C11,C33,C63,C65,C67,C69,D11
Chr7:9090254 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B65,C6
Chr7:9090269 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B103
Chr7:9090288 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B107,C22,C26,C4
Chr7:9090297 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B103
Chr7:9090310 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B117,B135
Chr7:9090319 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B117,B135
Chr7:9090366 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A6,B38,B39,C14,C7
Chr7:9090398 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B107,B122,C22,C26
Chr7:9090405 C CA 1bp_insertion frameshift_variant 3 B85,C64,C66

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057772955.1
336 aa
N
1
168
336
DIOX_N
2OG-FeII_Oxy
C
PF14226 DIOX_N 8-85 aa PF03171 2OG-FeII_Oxy 163-283 aa
XP_057772956.1
311 aa
N
1
156
311
DIOX_N
2OG-FeII_Oxy
C
PF14226 DIOX_N 8-85 aa PF03171 2OG-FeII_Oxy 163-258 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057772955.1 Pfam PF14226 DIOX_N Family 8 85 1.3e-13 52.3 non-haem dioxygenase in morphine synthesis N-terminal
XP_057772955.1 Pfam PF03171 2OG-FeII_Oxy Domain 163 283 4.1e-20 72.7 2OG-Fe(II) oxygenase superfamily
XP_057772956.1 Pfam PF14226 DIOX_N Family 8 85 1.2e-13 52.5 non-haem dioxygenase in morphine synthesis N-terminal
XP_057772956.1 Pfam PF03171 2OG-FeII_Oxy Domain 163 258 1.6e-23 83.6 2OG-Fe(II) oxygenase superfamily

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057916973.1
CACACAAATTAAACCATACTCAAATCAACAATCAAGTTAGAATTGAACTAGACTAATTATCACAAATAGAAAAGTATAATATACCATGTCAATGATTTGGATATGCTGTACACAATACACCCAATAGTACCCAAGTTTTTGTGTTAAAAGTGATAGCTTGGGATTCAATTTCCACCTTGTGCTATAAATGCCTCTACAAATTGGACAATTAATCATGAAGCACAAAAAGAAAAGGGAAAGCAGCCAAGGAAAATGGGTTC...
XM_057916972.1
CTAATTATCACAAATAGAAAAGTATAATATACCATGTCAATGATTTGGATATGCTGTACACAATACACCCAATAGTACCCAAGTTTTTGTGTTAAAAGTGATAGCTTGGGATTCAATTTCCACCTTGTGCTATAAATGCCTCTACAAATTGGACAATTAATCATGAAGCACAAAAAGAAAAGGGAAAGCAGCCAAGGAAAATGGGTTCTGTAACGATGAAGCTACCGATCATAGATTTCTCCAACCTCAAAAACCAACGT...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC130992373
ATGGGTTCTGTAACGATGAAGCTACCGATCATAGATTTCTCCAACCTCAAAAACCAACGTGAAACCTGGGAATCAACGAAAGCCCAAGTCCGGCAAGCCTTAGAAGAATACGGCTGCTTCGAAGCCACATTCGATCACATTCCTCCTCATCTCCTCAAATCAGTTATTCATGAAACCAAACAACTCTTCGATCTCCCTTTACCCATCAAACTACGCAACAGGTCCAACAAACCCTACCATGGCTACGTCGGTCAGTACTC...
LOC130992373
ATGGGTTCTGTAACGATGAAGCTACCGATCATAGATTTCTCCAACCTCAAAAACCAACGTGAAACCTGGGAATCAACGAAAGCCCAAGTCCGGCAAGCCTTAGAAGAATACGGCTGCTTCGAAGCCACATTCGATCACATTCCTCCTCATCTCCTCAAATCAGTTATTCATGAAACCAAACAACTCTTCGATCTCCCTTTACCCATCAAACTACGCAACAGGTCCAACAAACCCTACCATGGCTACGTCGGTCAGTACTC...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057772955.1
MGSVTMKLPIIDFSNLKNQRETWESTKAQVRQALEEYGCFEATFDHIPPHLLKSVIHETKQLFDLPLPIKLRNRSNKPYHGYVGQYSMVPLYESLGIADALSPGEIEAFAALMWAQGNPSFSKSVESFSEKLSELDKIVRKMVVESLGLEKYMDEHMDSTNYLIRLQKYDRPRSHETELGLSSHTDKNIVTILYQNEINGLEVLTKDGHWFTSQPSPNSFVVMIGESFSVSFLNQLAWYGTLKKYTVKLMNWVQAWTNGR...
XP_057772956.1
MGSVTMKLPIIDFSNLKNQRETWESTKAQVRQALEEYGCFEATFDHIPPHLLKSVIHETKQLFDLPLPIKLRNRSNKPYHGYVGQYSMVPLYESLGIADALSPGEIEAFAALMWAQGNPSFSKSVESFSEKLSELDKIVRKMVVESLGLEKYMDEHMDSTNYLIRLQKYDRPRSHETELGLSSHTDKNIVTILYQNEINGLEVLTKDGHWFTSQPSPNSFVVMIGESFSAWTNGRLHAPYHKVMMSGDEARYSIGLFSVP...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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