Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr07G001200`

染色体: Chr07 坐标: 9115439-9116950 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr07G001200`
名称	SmilChr07G001200
描述	gibberellin 3-beta-dioxygenase 1
染色体 / SeqID	Chr07 / NC_080393.1
坐标与链方向	9115439 - 9116950 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130992375`
GeneID	`130992375`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130992375`
原始查询	`LOC130992375`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	gibberellin 3-beta-dioxygenase 1
产物	gibberellin 3-beta-dioxygenase 1
Arabidopsis	`AT1G15550` (GA3OX1) gibberellin 3-oxidase 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838125] identity=59.9; qcov=0.918; evalue=3.75e-138; confidence=high
Rice	`Os01g0177400` (D18) - identity=41.1; qcov=0.937; evalue=3.44e-83; confidence=medium
GO	GO:0009416 (response to light stimulus); GO:0009686 (gibberellin biosynthetic process); GO:0016707 (gibberellin 3-beta-dioxygenase activity)
KEGG	smil00904 (Diterpenoid biosynthesis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01110 (Biosynthesis of secondary metabolites - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF03171 (2OG-FeII_Oxy); PF14226 (DIOX_N)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130992375

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	0.80000	`XP_057772958.1`
2	Cytosol	细胞质基质	0.80000	`XP_057772958.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057772958.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057772958.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057772958.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr7:9115870`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B44
`Chr7:9116417`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B66,C83
`Chr7:9116554`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C15
`Chr7:9116575`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B112

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057772958.1

364 aa

182

364

DIOX_N

2OG-FeII_Oxy

PF14226 DIOX_N 46-147 aa PF03171 2OG-FeII_Oxy 201-299 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057772958.1`	Pfam	`PF14226`	DIOX_N	Family	46	147	4.7e-19	69.9	non-haem dioxygenase in morphine synthesis N-terminal
`XP_057772958.1`	Pfam	`PF03171`	2OG-FeII_Oxy	Domain	201	299	9.2e-34	116.5	2OG-Fe(II) oxygenase superfamily

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057916975.1
ACAATGAGTAGTCACCATCCCCTCCTCGTCTATATATACACAACACACACATCTCCCTTCTCCCTACATCACATTTTCTTCCCACTACAAAACCCAGCCCTACACCTCCTCCTAGCTACGAACATACACACAAACTGGCCTCTATATAAATTATCGTCAAACAGAAAGAAAGAAAGAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGAGAAGCCAAAGCATGCCTTCAATAACACTCTCCGATGCCCACAAATTTCTTGACCTCAACTCT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130992375
ATGCCTTCAATAACACTCTCCGATGCCCACAAATTTCTTGACCTCAACTCTTTCAAGGAGCTCCCGGACACCCATGCATGGACGTCGCAGCTCGACGACGGCAGCGGCAGCTGCGACGGCGCGGATCCCGATGCTGTCCCCATCATCGATCTGAGTGACGGCGGCGCCAAGGAGCTGATAGGCCATGCATGCAAGACCTGGGGCGTGTTCCAAGTCATCAACCACGACGTTCCCAAATTCCTGCTCGACGAGATCGAGCT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057772958.1
MPSITLSDAHKFLDLNSFKELPDTHAWTSQLDDGSGSCDGADPDAVPIIDLSDGGAKELIGHACKTWGVFQVINHDVPKFLLDEIELAGKGLFSLPMHQKLKAARGADGVSGYGVARISSFFPKLMWSEGFTIAGSPADHARQLWPHDHHKFCDTVEEYQKAMKKLAGRVMWLILGSLGVSEDDVKWASPKKDGFQGGCAALQLNSYPACPDPDRAMGLAAHTDSTILTILHQSNTKGLQVLREGGKRWTTVPPQPGALV...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器