当前解析结果
SmilChr01G003446| 统一新 Gene ID | SmilChr01G003446 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr01G003446 |
| 描述 | L-ascorbate oxidase homolog |
| 染色体 / SeqID | Chr01 / NC_080387.1 |
| 坐标与链方向 | 53027289 - 53033056 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130992377 |
|---|---|
| GeneID | 130992377 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130992377 |
| 原始查询 | LOC130992377 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | L-ascorbate oxidase homolog |
| 产物 | L-ascorbate oxidase homolog |
| Arabidopsis | AT1G76160 (sks5)SKU5 similar 5 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843948] identity=79.6; qcov=0.852; evalue=0; confidence=high |
| Rice | Os06g0678800- identity=69.8; qcov=0.834; evalue=0; confidence=high |
| GO | GO:0005507 (copper ion binding); GO:0016491 (oxidoreductase activity) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00394 (Cu-oxidase); PF07731 (Cu-oxidase_2); PF07732 (Cu-oxidase_3) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130992377 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Secreted | 分泌到胞外 | 1.00000 | XP_057772963.1 |
| 2 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057772963.1 |
| 3 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057772963.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057772963.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057772963.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr1:53027429 |
TA |
T |
1bp_deletion | frameshift_variant | 2 | B53,B77 |
Chr1:53027429 |
TA |
T |
1bp_deletion | CDS_variant | 2 | B53,B77 |
Chr1:53027435 |
CA |
C |
1bp_deletion | frameshift_variant | 50 | A13,A3,A8,B112,B12,B125,B136,B138,B22,B28,B29,B38,B42,B43,B51,B53,B54,B58,B61,B73,B76,B77,B9,B90,B91,B92,B94,B96,C10,C24,C27,C3,C30,C33,C4,C41,C45,C49,C5,C50,C53,C55,C57,C61,C64,C72,C73,C82,C84,D5 |
Chr1:53027610 |
CCT |
C |
2bp_deletion | frameshift_variant | 64 | A2,A22,A23,A24,A25,A6,A7,A8,A9,B100,B102,B104,B105,B107,B110,B119,B122,B123,B126,B128,B137,B14,B15,B16,B21,B23,B26,B3,B31,B34,B38,B39,B4,B41,B6,B63,B70,B72,B75,B8,B81,B89,B98,C12,C14,C21,C25,C28,C29,C31,C35,C36,C38,C39,C40,C47,C56,C7,C77,C79,C83,C86,C9,D9 |
Chr1:53027756 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A23,B32,C37 |
Chr1:53029586 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A10,B24 |
Chr1:53029703 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B4 |
Chr1:53029778 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | A20,B2,B47,C16,C65 |
Chr1:53029802 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B47,C16,C65 |
Chr1:53031168 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C59 |
Chr1:53031246 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D11 |
Chr1:53031594 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C82 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057772963.1PF07732
Cu-oxidase_3 116-230 aa
PF00394
Cu-oxidase 243-380 aa
PF07731
Cu-oxidase_2 462-599 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057772963.1 |
Pfam | PF07732 |
Cu-oxidase_3 | Domain | 116 | 230 | 2.7e-37 | 128.2 | Multicopper oxidase |
XP_057772963.1 |
Pfam | PF00394 |
Cu-oxidase | Domain | 243 | 380 | 4.7e-44 | 151.0 | Multicopper oxidase |
XP_057772963.1 |
Pfam | PF07731 |
Cu-oxidase_2 | Domain | 462 | 599 | 6.3e-33 | 114.2 | Multicopper oxidase |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。