当前解析结果
SmilChr07G001217| 统一新 Gene ID | SmilChr07G001217 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr07G001217 |
| 描述 | NDR1/HIN1-like protein 6 |
| 染色体 / SeqID | Chr07 / NC_080393.1 |
| 坐标与链方向 | 9317142 - 9318553 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130992394 |
|---|---|
| GeneID | 130992394 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130992394 |
| 原始查询 | LOC130992394 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | NDR1/HIN1-like protein 6 |
| 产物 | NDR1/HIN1-like protein 6 |
| Arabidopsis | AT2G01080 (AT2G01080)Late embryosis abundant (LEA) hydroxyproline-rich glycoprotein family [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:814636] identity=28.8; qcov=0.716; evalue=5.51e-08; confidence=low |
| Rice | Os03g0262700- identity=29.2; qcov=0.838; evalue=6.33e-11; confidence=low |
| GO | GO:0005886 (plasma membrane) |
| KEGG | - |
| Pfam | - |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130992394 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cell membrane | 细胞膜 | 1.00000 | XP_057772988.1 |
| 2 | Vacuole | 液泡 | 0.40000 | XP_057772988.1 |
| 3 | Vacuole membrane | 液泡膜 | 0.40000 | XP_057772988.1 |
| 4 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057772988.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057772988.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr7:9317247 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A7,B140,B72 |
Chr7:9317321 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | A18,B1,B101,B48,C30 |
Chr7:9317325 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A7,B140,B72 |
Chr7:9317357 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B100,C2 |
Chr7:9317727 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B31,B71,C60 |
Chr7:9317729 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B100,C2 |
Chr7:9317764 |
CA |
C |
1bp_deletion | frameshift_variant | 2 | B121,C42 |
Chr7:9317764 |
CA |
C |
1bp_deletion | CDS_variant | 2 | B121,C42 |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
2 records
下载 cDNA FASTA2 records
下载 CDS FASTA2 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。