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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G001219

染色体: Chr07 坐标: 9322637-9332891 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G001219
名称SmilChr07G001219
描述uncharacterized SmilChr07G001219
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向9322637 - 9332891 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130992396
GeneID130992396
locus_tag-
NCBI NameLOC130992396
原始查询LOC130992396

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述nucleolar protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842684]; symbol=AT1G63810; hit=AT1G63810; species=arabidopsis; confidence=high
产物nucleolar protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842684]; symbol=AT1G63810; hit=AT1G63810; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT1G63810 (AT1G63810)
nucleolar protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842684]
identity=57.1; qcov=1; evalue=0; confidence=high
RiceOs12g0166500
-
identity=49.8; qcov=0.385; evalue=1.27e-133; confidence=low
GOGO:0006364 (rRNA processing); GO:0006409 (tRNA export from nucleus); GO:0032040 (small-subunit processome); GO:0032545 (CURI complex); GO:0034456 (UTP-C complex)
KEGGsmil03008 (Ribosome biogenesis in eukaryotes - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF03813 (Nrap); PF17403 (Nrap_D2); PF17404 (Nrap_D3); PF17405 (Nrap_D4); PF17406 (Nrap_D5); PF17407 (Nrap_D6)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130992396

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057772992.1
2 Nucleolus 核仁 0.80000 XP_057772992.1
3 Nucleoplasm 核质 0.20000 XP_057772992.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057772992.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057772992.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:9324680 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C32,C68
Chr7:9327341 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B35
Chr7:9328740 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A11,B136,B40
Chr7:9328743 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C34
Chr7:9328870 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A24,C18,C71
Chr7:9330317 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B1,B68
Chr7:9330502 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B3,B77,C7
Chr7:9330557 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B35
Chr7:9331330 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C52
Chr7:9331728 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B69
Chr7:9331929 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A18,B104,B42,B84,C25
Chr7:9332385 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C39

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057772992.1
1049 aa
N
1
524
1049
Nrap
Nrap_D2
Nrap_D3
Nrap_D4
Nrap_D5
Nrap_D6
C
PF03813 Nrap 58-229 aa PF17403 Nrap_D2 235-376 aa PF17404 Nrap_D3 382-536 aa PF17405 Nrap_D4 563-707 aa PF17406 Nrap_D5 737-900 aa PF17407 Nrap_D6 903-1011 aa
XP_057772993.1
1049 aa
N
1
524
1049
Nrap
Nrap_D2
Nrap_D3
Nrap_D4
Nrap_D5
Nrap_D6
C
PF03813 Nrap 58-229 aa PF17403 Nrap_D2 235-376 aa PF17404 Nrap_D3 382-536 aa PF17405 Nrap_D4 563-707 aa PF17406 Nrap_D5 737-900 aa PF17407 Nrap_D6 903-1011 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057772992.1 Pfam PF03813 Nrap Domain 58 229 1.7e-47 162.3 Nrap protein domain 1
XP_057772992.1 Pfam PF17403 Nrap_D2 Domain 235 376 1.1e-30 107.2 Nrap protein PAP/OAS-like domain
XP_057772992.1 Pfam PF17404 Nrap_D3 Domain 382 536 6.6e-27 95.3 Nrap protein domain 3
XP_057772992.1 Pfam PF17405 Nrap_D4 Domain 563 707 7.3e-43 147.0 Nrap protein nucleotidyltransferase domain 4
XP_057772992.1 Pfam PF17406 Nrap_D5 Domain 737 900 7.4e-49 166.4 Nrap protein PAP/OAS1-like domain 5
XP_057772992.1 Pfam PF17407 Nrap_D6 Domain 903 1011 1.2e-09 39.1 Nrap protein domain 6
XP_057772993.1 Pfam PF03813 Nrap Domain 58 229 1.7e-47 162.3 Nrap protein domain 1
XP_057772993.1 Pfam PF17403 Nrap_D2 Domain 235 376 1.1e-30 107.2 Nrap protein PAP/OAS-like domain
XP_057772993.1 Pfam PF17404 Nrap_D3 Domain 382 536 6.6e-27 95.3 Nrap protein domain 3
XP_057772993.1 Pfam PF17405 Nrap_D4 Domain 563 707 7.3e-43 147.0 Nrap protein nucleotidyltransferase domain 4
XP_057772993.1 Pfam PF17406 Nrap_D5 Domain 737 900 7.4e-49 166.4 Nrap protein PAP/OAS1-like domain 5
XP_057772993.1 Pfam PF17407 Nrap_D6 Domain 903 1011 1.2e-09 39.1 Nrap protein domain 6

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057917009.1
CAATGAATCCGGCCCGCCCCGGACACTAGTTTGTAAAAGAGGGAGAAAAATACTACTGTTACCGCCAAACTTAAAACCCCCTGCCCTTAAGCCCTAATTATTCTGCTGTGCCCTTTAAACTCGCCGGCCGCTGCAAACTCCAACACCACCGCCGTCGCCGAGTCCACTCACAATCCCACGACTATCGTTGGTGGTCGCCTCATCCGTACTCCGGCGTCTCTAGTCCTTTCTTCCACTCAATTTTCCACTCCACCAGGTAT...
XM_057917010.1
GACACTAGTTTGTAAAAGAGGGAGAAAAATACTACTGTTACCGCCAAACTTAAAACCCCCTGCCCTTAAGCCCTAATTATTCTGCTGTGCCCTTTAAACTCGCCGGCCGCTGCAAACTCCAACACCACCGCCGTCGCCGAGTCCACTCACAATCCCACGACTATCGTTGGTGGTCGCCTCATCCGTACTCCGGCGTCTCTAGTCCTTTCTTCCACTCAATTTTCCACTCCACCAGCATTGTTTTAGGGTATCACTTTCCC...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC130992396
ATGGCTTCTGGAGCAGAAACTTACGAAGATGCCACCAATTTGAAGTTGAGAGAGCTGTTGAAGGAGGTGCAGTTGGACTACTCTCCAGAAAATACTTCAATTGTAGACAGCTTCGTTTCAGCCATCAGAGATGCTGTTGATAGCATCCCTGACGGCCTTCCGGTTACAGCAGATGTTGCACCAGGGTTTGTTCAAGATGTTGGTGCTGATAAAGTAGAGTTCAAGTTCAGGAAGCCAAAGTCAGTAGAAGTTGGAGGGAG...
LOC130992396
ATGGCTTCTGGAGCAGAAACTTACGAAGATGCCACCAATTTGAAGTTGAGAGAGCTGTTGAAGGAGGTGCAGTTGGACTACTCTCCAGAAAATACTTCAATTGTAGACAGCTTCGTTTCAGCCATCAGAGATGCTGTTGATAGCATCCCTGACGGCCTTCCGGTTACAGCAGATGTTGCACCAGGGTTTGTTCAAGATGTTGGTGCTGATAAAGTAGAGTTCAAGTTCAGGAAGCCAAAGTCAGTAGAAGTTGGAGGGAG...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057772992.1
MASGAETYEDATNLKLRELLKEVQLDYSPENTSIVDSFVSAIRDAVDSIPDGLPVTADVAPGFVQDVGADKVEFKFRKPKSVEVGGSYSFQCIARPDVNVDLLLRLPKECFHEKDYLNYRYHAKRFLYLCIIKEHLKSSPLIQGVEWSAFHNEARKPVLVVYPTVRLSNNIAFSVKIIPTAPSIFTLSKLSFERNNIRSLNQATPKYNNSILEDMVIEENAEFVKRTFKGCKELGEALILLKVWARKGSLFVHDCLSGFL...
XP_057772993.1
MASGAETYEDATNLKLRELLKEVQLDYSPENTSIVDSFVSAIRDAVDSIPDGLPVTADVAPGFVQDVGADKVEFKFRKPKSVEVGGSYSFQCIARPDVNVDLLLRLPKECFHEKDYLNYRYHAKRFLYLCIIKEHLKSSPLIQGVEWSAFHNEARKPVLVVYPTVRLSNNIAFSVKIIPTAPSIFTLSKLSFERNNIRSLNQATPKYNNSILEDMVIEENAEFVKRTFKGCKELGEALILLKVWARKGSLFVHDCLSGFL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

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