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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G001249

染色体: Chr07 坐标: 9603929-9632230 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G001249
名称SmilChr07G001249
描述purine permease 3-like
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向9603929 - 9632230 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130992424
GeneID130992424
locus_tag-
NCBI NameLOC130992424
原始查询LOC130992424

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述purine permease 3-like
产物purine permease 3-like
ArabidopsisAT1G28220 (PUP3)
purine permease 3 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:839716]
identity=59.7; qcov=0.912; evalue=4.01e-148; confidence=high
RiceOs09g0467400 (OsPUP3)
-
identity=60.1; qcov=0.887; evalue=7.59e-135; confidence=high
GOGO:0015211 (purine nucleoside transmembrane transporter activity); GO:0016020 (membrane)
KEGG-
PfamPF00892 (EamA); PF16913 (PUNUT)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130992424

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057773031.1
2 Vacuole 液泡 0.40000 XP_057773031.1
3 Vacuole membrane 液泡膜 0.20000 XP_057773031.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057773031.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057773031.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:9604054 C CA 1bp_insertion frameshift_variant 1 B8
Chr7:9604054 C CA 1bp_insertion CDS_variant 1 B8
Chr7:9604379 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C15,C76
Chr7:9604386 G GTA 2bp_insertion frameshift_variant 1 C15
Chr7:9604386 G GTA 2bp_insertion CDS_variant 1 C15
Chr7:9604407 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C5
Chr7:9631466 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B9,C75
Chr7:9631610 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B82
Chr7:9631929 CCG C 2bp_deletion frameshift_variant 1 A8
Chr7:9631929 CCG C 2bp_deletion CDS_variant 1 A8
Chr7:9631932 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A8

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057773031.1
362 aa
N
1
181
362
PUNUT
EamA
C
PF16913 PUNUT 16-333 aa PF00892 EamA 63-156 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057773031.1 Pfam PF16913 PUNUT Family 16 333 3.5e-114 382.1 Purine nucleobase transmembrane transport
XP_057773031.1 Pfam PF00892 EamA Domain 63 156 4.7e-07 30.9 EamA-like transporter family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057917048.1
TATATATATATACTACAGTTGTCCGAGTCTCCAGATCCCCGAGATTGAGGTAATCATTCAACAGGAAAATATATTTCCCCTATAACAAGGGAGAATTATTAACAGAAAAGAAAGTAAACAAACTGCAGTATTTATAAAATGGAAGAGAACCAAAGCAGCAGCGCCGCCGCCATGAAAAAGGTTTATCTGATAATCAACTGCCTCATACTCGCCGTCGGCAACTGCGGCGGGCCCCTCATCATGCGCCTCTACTTCGTCCG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130992424
ATGGAAGAGAACCAAAGCAGCAGCGCCGCCGCCATGAAAAAGGTTTATCTGATAATCAACTGCCTCATACTCGCCGTCGGCAACTGCGGCGGGCCCCTCATCATGCGCCTCTACTTCGTCCGCGGCGGGAAGCGGATCTGGTTCTCCAGCTGGCTCGAGACCGGCGGCTGGCCCGTCACCCTCATCCCGCTCCTCGTGGCCTACACGCGCCGCCGCGGCACGGATACGCGGCTCTTCTTCATGCGGCCGCGCGTGTTCGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057773031.1
MEENQSSSAAAMKKVYLIINCLILAVGNCGGPLIMRLYFVRGGKRIWFSSWLETGGWPVTLIPLLVAYTRRRGTDTRLFFMRPRVFAAAAVIGTMTGLDDYMYAYGVARLPVSTSSLIIATQLAFTAAFAFVLVRQRFTAYTVNSVVLLTLGAVVLGLHTSGDRPEGESNREYLMGFFLTLLAAGLYGLILPLIELTYKRANQPLTYTLVMEIQLVMCFFATAFCTVGMIVNKDFQAISREAKAFELGETRYYVVAVCSA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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