Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr07G001258`

染色体: Chr07 坐标: 9692028-9694297 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr07G001258`
名称	SmilChr07G001258
描述	mitochondrial arginine transporter BAC2-like
染色体 / SeqID	Chr07 / NC_080393.1
坐标与链方向	9692028 - 9694297 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130992429`
GeneID	`130992429`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130992429`
原始查询	`LOC130992429`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	mitochondrial arginine transporter BAC2-like
产物	mitochondrial arginine transporter BAC2-like
Arabidopsis	`AT1G79900` (BAC2) Mitochondrial substrate carrier family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:844329] identity=69.1; qcov=1.01; evalue=2.87e-137; confidence=high
Rice	`Os01g0225000` - identity=63; qcov=1.07; evalue=3.38e-124; confidence=high
GO	GO:0022857 (transmembrane transporter activity); GO:0055085 (transmembrane transport)
KEGG	-
Pfam	PF00153 (Mito_carr)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130992429

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Mitochondrion	线粒体	1.00000	`XP_057773035.1`
2	Mitochondrion membrane	线粒体膜	1.00000	`XP_057773035.1`
3	Mitochondrion inner membrane	线粒体内膜	1.00000	`XP_057773035.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057773035.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057773035.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr7:9692221`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B44,C71
`Chr7:9692245`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B44,B66,C32
`Chr7:9692298`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B78,B82
`Chr7:9692342`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C22
`Chr7:9692371`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A15,B133,B16,C29,C54
`Chr7:9692412`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11
`Chr7:9692413`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11
`Chr7:9692632`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B43
`Chr7:9692695`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11
`Chr7:9692764`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B2

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057773035.1

288 aa

144

288

Mito_carr

PF00153 Mito_carr 11-93 aa PF00153 Mito_carr 105-190 aa PF00153 Mito_carr 205-284 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057773035.1`	Pfam	`PF00153`	Mito_carr	Repeat	11	93	4.2e-63	209.8	Mitochondrial carrier protein
`XP_057773035.1`	Pfam	`PF00153`	Mito_carr	Repeat	105	190	4.2e-63	209.8	Mitochondrial carrier protein
`XP_057773035.1`	Pfam	`PF00153`	Mito_carr	Repeat	205	284	4.2e-63	209.8	Mitochondrial carrier protein

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057917052.1
TCCGAGGCTCCCGCTGTTTCTTCTCTTAACATCTCTGCACAAACCAAAATTCACATCATTCAATCTTCACACATTCAAAAAAATAAAAATAAACAGCCATAATCTTCTTTCTGCTCGATCTACGCATTAAGAGGATGTGTTGTATGTGTGAAGTCTGAAAATTTTGTATTCTAGAACAATAAAAAGAAAGTTCTATTGTAAAGTAAAAAGGAGAAGAAAAGGAGATTGTTTTTCTTTTTCTCCAATAAAATATATTTGAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130992429
ATGGATTTGTGGCGGGAGTTTGTGGCGAGCAATTGGGGAAGAGAATTTGTGGCCGGCGGAGTGGGCGGAACCGCCGGTGTTCTGGCCGGATACCCGCTCGACACGCTGAGAATCCGGCAGCAGCATTCGGCCGGAGAATCGGCTTTCGCCATCCTCCGCCGTGCCGTGGTGAAAGAGGGGCCGTGCAGCCTCTACCGAGGGATGTTTGCTCCCTTGGCTTCTGTAACTTTCCAGAACGCCCTTGCTTTCCAAACATACGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057773035.1
MDLWREFVASNWGREFVAGGVGGTAGVLAGYPLDTLRIRQQHSAGESAFAILRRAVVKEGPCSLYRGMFAPLASVTFQNALAFQTYAILSRALDGGDDPPSYKAVALGGIGTGATQSLLLSPVELLKIRLQLDQKGKTSESRRGPVDVARSIIRSQGWRGIYRGLGITVLRDAPSHGVYFWTYEYVREQLHPGCRKSGGETPRTMVVAGGLAGVASWICCYPLDVVKTRIQAQSTSCYTGMLDCFATSVRQEGYSVLWRG...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器