当前解析结果
SmilChr07G001262| 统一新 Gene ID | SmilChr07G001262 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr07G001262 |
| 描述 | acetylajmalan esterase-like |
| 染色体 / SeqID | Chr07 / NC_080393.1 |
| 坐标与链方向 | 9707670 - 9709350 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130992434 |
|---|---|
| GeneID | 130992434 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130992434 |
| 原始查询 | LOC130992434 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | acetylajmalan esterase-like |
| 产物 | acetylajmalan esterase-like |
| Arabidopsis | AT1G28590 (AT1G28590)GDSL-like Lipase/Acylhydrolase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:839759] identity=37.3; qcov=0.831; evalue=1.57e-67; confidence=medium |
| Rice | Os11g0521000 (OsGELP111)- identity=40.7; qcov=0.841; evalue=1.25e-78; confidence=medium |
| GO | GO:0016788 (hydrolase activity, acting on ester bonds) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00657 (Lipase_GDSL) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130992434 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Secreted | 分泌到胞外 | 0.60000 | XP_057773042.1 |
| 2 | Vacuole | 液泡 | 0.40000 | XP_057773042.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057773042.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057773042.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057773042.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr7:9707945 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B53,B77,C62 |
Chr7:9707955 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A1,A10,B123,B46 |
Chr7:9707962 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A13,C31,D7 |
Chr7:9708014 |
G |
GC |
1bp_insertion | frameshift_variant | 2 | B90,C56 |
Chr7:9708014 |
G |
GC |
1bp_insertion | CDS_variant | 2 | B90,C56 |
Chr7:9708265 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C72,C81 |
Chr7:9708338 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C15 |
Chr7:9708538 |
TC |
T |
1bp_deletion | frameshift_variant | 1 | B11 |
Chr7:9708538 |
TC |
T |
1bp_deletion | CDS_variant | 1 | B11 |
Chr7:9708753 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B136,B38,B39,B87,C5 |
Chr7:9709033 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B6 |
Chr7:9709082 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B117,B123,B131 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057773042.1PF00657
Lipase_GDSL 76-389 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057773042.1 |
Pfam | PF00657 |
Lipase_GDSL | Family | 76 | 389 | 6.8e-24 | 85.9 | GDSL-like Lipase/Acylhydrolase |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。