Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr07G001287`

染色体: Chr07 坐标: 9903378-9906398 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr07G001287`
名称	SmilChr07G001287
描述	uncharacterized SmilChr07G001287
染色体 / SeqID	Chr07 / NC_080393.1
坐标与链方向	9903378 - 9906398 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130992454`
GeneID	`130992454`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130992454`
原始查询	`LOC130992454`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os08g0208400; species=rice; confidence=low
产物	hit=Os08g0208400; species=rice; confidence=low
Arabidopsis	`-` -
Rice	`Os08g0208400` - identity=33.6; qcov=0.719; evalue=6.05e-112; confidence=low
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF02992 (Transposase_21); PF13952 (DUF4216); PF13963 (Transpos_assoc)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130992454

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057773074.1`
2	Telomere	端粒	0.20000	`XP_057773074.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057773074.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057773074.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057773074.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr7:9904024`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C45
`Chr7:9904316`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C56
`Chr7:9904488`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C4
`Chr7:9904503`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A24
`Chr7:9904544`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A8,B10,B109
`Chr7:9904558`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A7,B19
`Chr7:9904565`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C28,C48
`Chr7:9904590`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B100,B139
`Chr7:9904607`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	23	A24,A4,B101,B102,B125,B137,B140,B15,B17,B37,B52,B64,B73,B92,B93,B95,B99,C13,C39,C46,C51,C57,C65
`Chr7:9905108`	`GA`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	C68
`Chr7:9905108`	`GA`	`G`	1bp_deletion	CDS_variant	1	C68
`Chr7:9905267`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B110,C83,D2

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057773074.1

948 aa

474

948

Transpos_assoc

Transposase_21

DUF4216

PF13963 Transpos_assoc 5-81 aa PF02992 Transposase_21 291-503 aa PF13952 DUF4216 791-864 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057773074.1`	Pfam	`PF13963`	Transpos_assoc	Domain	5	81	4.1e-19	69.2	Transposase-associated domain
`XP_057773074.1`	Pfam	`PF02992`	Transposase_21	Family	291	503	4.7e-79	265.2	Transposase family tnp2
`XP_057773074.1`	Pfam	`PF13952`	DUF4216	Domain	791	864	3.7e-16	60.1	Domain of unknown function (DUF4216)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057917091.1
CAAGAATGAGTGATAATCGTACGTGGATGTACGCGAGATACAATGATCGTACCGCATTTGAAACGGGGCTTGAGTTTTTCCTTGAGTGGGCGTTCAATCAAACGGCGTACACAGATGGACAAGGTAACATTAGGTGCCCGTGTAAGAAGTGCAAGAATCAAGCGTATTTAGATGTACCTACGGTCAGAGAACATGTTAGTAGGCGTGGATTTGTCCTGAATTACAAAGTTTGGGTTTGTCACGGGGAAGCACCGCTGTCT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130992454
ATGAGTGATAATCGTACGTGGATGTACGCGAGATACAATGATCGTACCGCATTTGAAACGGGGCTTGAGTTTTTCCTTGAGTGGGCGTTCAATCAAACGGCGTACACAGATGGACAAGGTAACATTAGGTGCCCGTGTAAGAAGTGCAAGAATCAAGCGTATTTAGATGTACCTACGGTCAGAGAACATGTTAGTAGGCGTGGATTTGTCCTGAATTACAAAGTTTGGGTTTGTCACGGGGAAGCACCGCTGTCTATGCC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057773074.1
MSDNRTWMYARYNDRTAFETGLEFFLEWAFNQTAYTDGQGNIRCPCKKCKNQAYLDVPTVREHVSRRGFVLNYKVWVCHGEAPLSMPREHAIMNEDDGLYNNYERMVHDHAGPSNYQDPPNLEQPPNNDAQQIYNMLDAADTPLYAGCDTYSQLSWMTQFMSIKTESHMSERTYNQMSSMMKAALPEGNNCPEDFYSTKRNLRGLGLPVEKIDCCVNNCMLYWGETSELHTCMFCDQSRYKDSLRASGSRRKKQVPAKQM...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器