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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G001289

染色体: Chr07 坐标: 9924132-9926203 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G001289
名称SmilChr07G001289
描述uncharacterized SmilChr07G001289
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向9924132 - 9926203 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130992456
GeneID130992456
locus_tag-
NCBI NameLOC130992456
原始查询LOC130992456

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:841646]; symbol=AT1G52155; hit=AT1G52155; species=arabidopsis; confidence=high
产物uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:841646]; symbol=AT1G52155; hit=AT1G52155; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT1G52155 (AT1G52155)
uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:841646]
identity=65.3; qcov=0.957; evalue=1.24e-158; confidence=high
RiceOs11g0466300
-
identity=47.5; qcov=0.982; evalue=4.64e-113; confidence=high
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130992456

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Endosome 内体 0.80000 XP_057773076.1
2 Endosome membrane 内体膜 0.80000 XP_057773076.1
3 Golgi apparatus 高尔基体 0.60000 XP_057773076.1
4 Cytoplasmic vesicle 细胞质囊泡 0.40000 XP_057773076.1
5 Trans-golgi network Trans-golgi network 0.20000 XP_057773076.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:9924248 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C14,C5
Chr7:9924297 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B123,C39,C71
Chr7:9924920 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B34,C2
Chr7:9925083 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B34,C2
Chr7:9925451 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B123,C39,C43,C71
Chr7:9925473 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B8

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057917093.1
TGCATATATAGGCTGAACCACTCTCTACTCTCTACGTTACCACTTCCATTTTCTCATAACTGCTTCTCAAAATTCACATTTTCTTCAATAATTTATAATGGAGACCTCCGCCACCGCCGGCGACGGCGTCAGCGCCTGCTACAAGCCACTGCCGCCGCTCTACTTCGCTTTCATGCTCCTCTGGCTTCTCTCCGCCGTCTCTTGGACCTTCAACACCTACAGAAACCGCCACTTTCAGCCGAATAAATTACAATGGATGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130992456
ATGGAGACCTCCGCCACCGCCGGCGACGGCGTCAGCGCCTGCTACAAGCCACTGCCGCCGCTCTACTTCGCTTTCATGCTCCTCTGGCTTCTCTCCGCCGTCTCTTGGACCTTCAACACCTACAGAAACCGCCACTTTCAGCCGAATAAATTACAATGGATGCTAGCCTCTGTTCCCTGGATTAAATCCTTGCAACTCTCATTCTCTTTCCTCTTTTGGTACACATGTTTTTATTCAAATGTGTGCTCATTGTGGATGTC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057773076.1
METSATAGDGVSACYKPLPPLYFAFMLLWLLSAVSWTFNTYRNRHFQPNKLQWMLASVPWIKSLQLSFSFLFWYTCFYSNVCSLWMSFGVYIMGVLFQTFGLISFFLISHGYCITCHRLSLSERRTVAALGCVFYLTLVGYRASVPYFSVILLLNYVLVFYIIFNHVAHNITVLRDQLSFIDNQDVHAMYDAVYTKYIMFKKFQGAMHVVAVSEFAMFINLDNSLESYWIRLLVREWAQLFIFLYIGWIFRSQQLVPRFS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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