当前解析结果
SmilChr01G003365| 统一新 Gene ID | SmilChr01G003365 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr01G003365 |
| 描述 | auxin efflux carrier component 6 |
| 染色体 / SeqID | Chr01 / NC_080387.1 |
| 坐标与链方向 | 52389794 - 52397141 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130992462 |
|---|---|
| GeneID | 130992462 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130992462 |
| 原始查询 | LOC130992462 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | auxin efflux carrier component 6 |
| 产物 | auxin efflux carrier component 6 |
| Arabidopsis | AT1G77110 (PIN6)Auxin efflux carrier family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:844046] identity=63.5; qcov=1.12; evalue=0; confidence=high |
| Rice | Os06g0232300 (PIN1C)- identity=52; qcov=1.16; evalue=0; confidence=high |
| GO | GO:0005783 (endoplasmic reticulum); GO:0005886 (plasma membrane); GO:0009926 (auxin polar transport); GO:0010315 (auxin export across the plasma membrane); GO:0010329 (auxin efflux transmembrane transporter activity) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF03547 (Mem_trans) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130992462 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cell membrane | 细胞膜 | 1.00000 | XP_057773084.1 |
| 2 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057773084.1 |
| 3 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057773084.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057773084.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057773084.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr1:52391731 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B140,C48 |
Chr1:52395264 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B129,B65 |
Chr1:52395303 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B6 |
Chr1:52395462 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B16,B6 |
Chr1:52395717 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D10 |
Chr1:52396966 |
TTG |
T |
2bp_deletion | frameshift_variant | 1 | B86 |
Chr1:52396966 |
TTG |
T |
2bp_deletion | CDS_variant | 1 | B86 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057773084.1PF03547
Mem_trans 10-507 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057773084.1 |
Pfam | PF03547 |
Mem_trans | Family | 10 | 507 | 1.8e-113 | 379.4 | Membrane transport protein |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。