Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G003365

染色体: Chr01 坐标: 52389794-52397141 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G003365
名称SmilChr01G003365
描述auxin efflux carrier component 6
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向52389794 - 52397141 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130992462
GeneID130992462
locus_tag-
NCBI NameLOC130992462
原始查询LOC130992462

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述auxin efflux carrier component 6
产物auxin efflux carrier component 6
ArabidopsisAT1G77110 (PIN6)
Auxin efflux carrier family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:844046]
identity=63.5; qcov=1.12; evalue=0; confidence=high
RiceOs06g0232300 (PIN1C)
-
identity=52; qcov=1.16; evalue=0; confidence=high
GOGO:0005783 (endoplasmic reticulum); GO:0005886 (plasma membrane); GO:0009926 (auxin polar transport); GO:0010315 (auxin export across the plasma membrane); GO:0010329 (auxin efflux transmembrane transporter activity)
KEGG-
PfamPF03547 (Mem_trans)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130992462

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057773084.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057773084.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057773084.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057773084.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057773084.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:52391731 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B140,C48
Chr1:52395264 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B129,B65
Chr1:52395303 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B6
Chr1:52395462 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B16,B6
Chr1:52395717 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr1:52396966 TTG T 2bp_deletion frameshift_variant 1 B86
Chr1:52396966 TTG T 2bp_deletion CDS_variant 1 B86

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057773084.1
512 aa
N
1
256
512
Mem_trans
C
PF03547 Mem_trans 10-507 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057773084.1 Pfam PF03547 Mem_trans Family 10 507 1.8e-113 379.4 Membrane transport protein

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057917101.1
ACTCAATCACTAGAAAACACCTATATAACACCCCCTCTCAATTCACACTAAAGAAAATCTCCATTGCAGTAGGGCACATCACACAACCACTCCTCCACTCCACATCAAGAGCGAGATGATAAGCGGCGGCGACTTATACAACGTGATGTGCGCGATGGTGCCGCTCTACTTCGCAATGCTGGTGGCGTACGCGTCGGTGAGGTGGTGGAAGATCTTCACGGCGGAGCAGTGCTCCGGGGTGAACCGGTTCGTGGCGGTGT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130992462
ATGATAAGCGGCGGCGACTTATACAACGTGATGTGCGCGATGGTGCCGCTCTACTTCGCAATGCTGGTGGCGTACGCGTCGGTGAGGTGGTGGAAGATCTTCACGGCGGAGCAGTGCTCCGGGGTGAACCGGTTCGTGGCGGTGTTCGCGGTGCCGGTGCTGTCGTTCCACTTCATCGCCCACAACAACCCTTACCAAATGGACACCAAGTTCATATTGGCCGACACCCTCTCCAAAGCCCTCGTCCTCGCCTCGCTCTC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057773084.1
MISGGDLYNVMCAMVPLYFAMLVAYASVRWWKIFTAEQCSGVNRFVAVFAVPVLSFHFIAHNNPYQMDTKFILADTLSKALVLASLSAWCCFCRRGRLDWLITLFSVSTLPNTLVMGIPLLRAMYGDFTQTLMVQLVVLQCIIWYTLLLFLFEYRAAKILIQTQFPGETAAAITKFQIDNDVISLDGRDPLCTDSEIDDNGRIHVRIRRSTSSAAPSSSMGLTPRASNLSNAEIFSINTPHEFGFGLRPVSPRLSGYASS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器