Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G003478`

染色体: Chr01 坐标: 53339505-53343594 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G003478`
名称	SmilChr01G003478
描述	sterol 3-beta-glucosyltransferase UGT80B1-like
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	53339505 - 53343594 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130992474`
GeneID	`130992474`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130992474`
原始查询	`LOC130992474`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	sterol 3-beta-glucosyltransferase UGT80B1-like
产物	sterol 3-beta-glucosyltransferase UGT80B1-like
Arabidopsis	`AT1G43620` (UGT80B1) UDP-Glycosyltransferase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:840946] identity=63.3; qcov=0.859; evalue=5.54e-142; confidence=high
Rice	`Os01g0867600` - identity=63.6; qcov=0.851; evalue=7.88e-139; confidence=high
GO	GO:0005975 (carbohydrate metabolic process); GO:0008194 (UDP-glycosyltransferase activity); GO:0016758 (hexosyltransferase activity); GO:0030259 (GO:0030259)
KEGG	-
Pfam	PF03033 (Glyco_transf_28); PF06722 (EryCIII-like_C)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130992474

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Endoplasmic reticulum	内质网	1.00000	`XP_057773111.1`
2	Peroxisome	过氧化物酶体	0.40000	`XP_057773117.1`
3	Cytosol	细胞质基质	0.20000	`XP_057773111.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057773111.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057773111.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:53339711`	`TG`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	55	A10,A14,A2,A3,A6,A7,B1,B102,B104,B108,B11,B114,B122,B127,B129,B131,B134,B139,B140,B18,B24,B28,B31,B32,B37,B46,B47,B63,B79,B8,B87,B95,B99,C15,C23,C33,C34,C39,C42,C5,C57,C58,C6,C61,C62,C63,C64,C66,C74,C82,D1,D10,D3,D6,D9
`Chr1:53339733`	`T`	`TC`	1bp_insertion	frameshift_variant	1	B61
`Chr1:53339733`	`T`	`TC`	1bp_insertion	CDS_variant	1	B61
`Chr1:53339734`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B61
`Chr1:53339771`	`TC`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B61
`Chr1:53339771`	`TC`	`T`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B61
`Chr1:53339795`	`C`	`CT`	1bp_insertion	frameshift_variant	1	B61
`Chr1:53339795`	`C`	`CT`	1bp_insertion	CDS_variant	1	B61
`Chr1:53340621`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B105,C23
`Chr1:53340753`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A4,B5,C40
`Chr1:53341697`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B100,C56
`Chr1:53341957`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C26

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057773111.1

492 aa

246

492

Glyco_transf_28

EryCIII-like_C

PF03033 Glyco_transf_28 16-160 aa PF06722 EryCIII-like_C 334-436 aa

XP_057773117.1

362 aa

181

362

Glyco_transf_28

PF03033 Glyco_transf_28 16-160 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057773111.1`	Pfam	`PF03033`	Glyco_transf_28	Family	16	160	7.6e-26	91.6	Glycosyltransferase family 28 N-terminal domain
`XP_057773111.1`	Pfam	`PF06722`	EryCIII-like_C	Domain	334	436	1.3e-11	45.4	Erythromycin biosynthesis protein CIII-like, C-terminal domain
`XP_057773117.1`	Pfam	`PF03033`	Glyco_transf_28	Family	16	160	4.7e-26	92.2	Glycosyltransferase family 28 N-terminal domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA

XM_057917128.1
TACACAATTAATCACAATTTAATATAATCATTTCATTTCTTCCGCTCTGCATGGCGCGCGTGTATACATACATACATACATATATGTTTGTGTTTCTTGAATTTCTTGTTCCAAATTTGAGCGGTTTGAATTATCTAAAGAATCTCATCAGTTTAGTTTGATCCATTATTAAGACCCGTTCATTTTATTTGATTTCTTTGGTGATATGTCAATGACTGAATATTGCAATGAATCAACCCCAAAGTTAAGCATTGCAATTC...

XM_057917134.1
CAATTAATCACAATTTAATATAATCATTTCATTTCTTCCGCTCTGCATGGCGCGCGTGTATACATACATACATACATATATGTTTGTGTTTCTTGAATTTCTTGTTCCAAATTTGAGCGGTTTGAATTATCTAAAGAATCTCATCAGTTTAGTTTGATCCATTATTAAGACCCGTTCATTTTATTTGATTTCTTTGGTGATATGTCAATGACTGAATATTGCAATGAATCAACCCCAAAGTTAAGCATTGCAATTCTTGC...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA

LOC130992474
ATGTCAATGACTGAATATTGCAATGAATCAACCCCAAAGTTAAGCATTGCAATTCTTGCAGTCGGAACGAGAGGCGACGTTCAACCTTTTCTGGCTGTCGCAAGGAGACTTCAGGAATACGGTCATCGTGTGAGGTTGGCAACTCACTCTCAATTCCATGGATTGGTGAAGTCGGCCGCTGTAGATTTTTACCCACTTGGTGGCGACCCTCGAGTTATAGTCCAAGGTTTCATGAAGACTCAAAACTTACTATTAACTAC...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA

XP_057773111.1
MSMTEYCNESTPKLSIAILAVGTRGDVQPFLAVARRLQEYGHRVRLATHSQFHGLVKSAAVDFYPLGGDPRVIVQGFMKTQNLLLTTRRDISTQLKQLKAVMESLLPACTQPDPITGEPFMAQAIIANPPTYGRVDVAEALGVPLHIFFTVPWTPTCAFPHPFIPYISHRAGYWLSYVVVDLVIWWGLRGYINKLRKNKLNLGPINGLFNTNHVSISHLPTTYMWSPCLLPKPNDWGPLVDVVGYCFLELGSTYEPPQEF...

XP_057773117.1
MSMTEYCNESTPKLSIAILAVGTRGDVQPFLAVARRLQEYGHRVRLATHSQFHGLVKSAAVDFYPLGGDPRVIVQGFMKTQNLLLTTRRDISTQLKQLKAVMESLLPACTQPDPITGEPFMAQAIIANPPTYGRVDVAEALGVPLHIFFTVPWTPTCAFPHPFIPYISHRAGYWLSYVVVDLVIWWGLRGYINKLRKNKLNLGPINGLFNTNHVSISHLPTTYMWSPCLLPKPNDWGPLVDVVGYCFLELGSTYEPPQEF...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器