Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr07G001317`

染色体: Chr07 坐标: 10121510-10127411 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr07G001317`
名称	SmilChr07G001317
描述	probable inactive ATP-dependent zinc metalloprotease FTSHI 2, chloroplastic
染色体 / SeqID	Chr07 / NC_080393.1
坐标与链方向	10121510 - 10127411 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130992479`
GeneID	`130992479`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130992479`
原始查询	`LOC130992479`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	probable inactive ATP-dependent zinc metalloprotease FTSHI 2, chloroplastic
产物	probable inactive ATP-dependent zinc metalloprotease FTSHI 2%2C chloroplastic
Arabidopsis	`AT3G16290` (EMB2083) AAA-type ATPase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820876] identity=74.3; qcov=0.944; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os06g0725900` (OsFtsH1) - identity=39.8; qcov=0.519; evalue=7.08e-96; confidence=medium
GO	GO:0004176 (ATP-dependent peptidase activity); GO:0004222 (metalloendopeptidase activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0006508 (proteolysis); GO:0009534 (chloroplast thylakoid); GO:0016887 (ATP hydrolysis activity)
KEGG	-
Pfam	PF00004 (AAA); PF01434 (Peptidase_M41); PF17862 (AAA_lid_3)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130992479

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Chloroplast	叶绿体	1.00000	`XP_057773113.1`
2	Chloroplast thylakoid	类囊体	1.00000	`XP_057773113.1`
3	Chloroplast stroma	叶绿体基质	0.40000	`XP_057773113.1`
4	Chloroplast thylakoid membrane	类囊体膜	0.40000	`XP_057773113.1`
5	Chloroplast membrane	叶绿体膜	0.20000	`XP_057773113.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr7:10122009`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B139,C73
`Chr7:10122060`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C31
`Chr7:10126560`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C49

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057773113.1

871 aa

436

871

AAA

AAA_lid_3

Peptidase_M41

PF00004 AAA 440-572 aa PF17862 AAA_lid_3 595-638 aa PF01434 Peptidase_M41 659-827 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057773113.1`	Pfam	`PF00004`	AAA	Domain	440	572	2.6e-42	145.1	ATPase family associated with various cellular activities (AAA)
`XP_057773113.1`	Pfam	`PF17862`	AAA_lid_3	Domain	595	638	5.7e-10	39.3	AAA+ lid domain
`XP_057773113.1`	Pfam	`PF01434`	Peptidase_M41	Domain	659	827	2.1e-15	57.8	Peptidase family M41

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057917130.1
TCCAAAGTAAATGGGCTCTCAGCTTTTGGTCCACTTCGAAATTATTGAAAGCTGGTGATGATAGCGTTTGAACCCACCCGTTTGGGCCATTGCCGCCGGTTAATCATCTCCTTCTCCAACACGCTGCCGCGCCGGCGCCGGCAATTTCGTAGAAATAATCGACTCATAGAACTTTGCTAATGTTCGATTGCTTGTTTCCCCTCACGCGATTAACTTAACCGATTCTCATGGCTTGTAATTCCAACTTCAATCCCTGGTTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130992479
ATGGCTTGTAATTCCAACTTCAATCCCTGGTTCTCGCGCTCAGTGCCTCTCCCAAAGCGCCATAAAGCCAGAACCCTAATTCCAATTTTATGCAGCTCGAGCGCTAACCCAGAGAATGCAGAAGAATCGAAGAAATTGAAGAGAACTCCACTGGAACTAGTCAAGTACTCAGTAACAATGACTGTGGTCTCGGCCTCAATTCCGCAGGCCGCTTCGGCCGCGGCGAAAGTCTCGGAGAAGAAGCGATTGGGGAAAAAAAC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057773113.1
MACNSNFNPWFSRSVPLPKRHKARTLIPILCSSSANPENAEESKKLKRTPLELVKYSVTMTVVSASIPQAASAAAKVSEKKRLGKKTESLTPEELLKWTKGLPVVSQRLPYSEVLDLKRENKVKHIVKPPSAALRQRPEVVLVVMEDNKVVRAVLPSAESDSKFWKEWDELKTDGICMNAYSPSLKKPDIPEPYLGFLSKIPIWMFSLVKQRPLSKKALELKRMREDFKRRKNEELARMRAERVTMEKAMKMQKKMEERE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器