Red Sage Omics 丹参基因组信息平台
首页 基因查询 ID 对照表 功能注释 结构域预测 Pfam 基因组工具 蛋白互作 亚细胞定位 表达量 共表达 同源/共线性 GO/KEGG 注释 TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变 JBrowse BLAST 下载 关于 帮助
数据资源
ID 对照表 功能注释 功能检索 次生代谢专题 文献证据 结构域预测 Pfam 同源/共线性
分析工具
基因组工具 引物设计 同源重组引物设计 核酸翻译 BLAST 蛋白互作 亚细胞定位 共表达 GO/KEGG 注释 功能检索
调控/突变
TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变
帮助
关于 帮助 资源与版本
中文 EN

Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G003382

染色体: Chr01 坐标: 52512241-52516320 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G003382
名称SmilChr01G003382
描述protein LAZ1 homolog 1
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向52512241 - 52516320 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130992490
GeneID130992490
locus_tag-
NCBI NameLOC130992490
原始查询LOC130992490

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述protein LAZ1 homolog 1
产物protein LAZ1 homolog 1
ArabidopsisAT1G77220 (AT1G77220)
organic solute transporter ostalpha protein (DUF300) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:844058]
identity=69.6; qcov=1; evalue=0; confidence=high
RiceOs05g0516900
-
identity=61.9; qcov=0.983; evalue=0; confidence=high
GOGO:0005215 (transporter activity); GO:0006810 (transport)
KEGG-
PfamPF03619 (Solute_trans_a)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130992490

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Trans-golgi network Trans-golgi network 0.40000 XP_057773127.1
2 Cell membrane 细胞膜 0.20000 XP_057773127.1
3 Golgi apparatus 高尔基体 0.20000 XP_057773127.1
4 Vacuole membrane 液泡膜 0.20000 XP_057773127.1
5 Endosome 内体 0.20000 XP_057773127.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:52513267 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B68
Chr1:52514766 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B57,B81
Chr1:52514910 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B125,B90,B92
Chr1:52515030 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr1:52515466 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B123,B14
Chr1:52515481 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C22,D6
Chr1:52515669 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A9,B7,C45,C72,C73

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057773127.1
483 aa
N
1
242
483
Solute_trans_a
C
PF03619 Solute_trans_a 44-321 aa
XP_057773135.1
483 aa
N
1
242
483
Solute_trans_a
C
PF03619 Solute_trans_a 44-321 aa
XP_057773141.1
483 aa
N
1
242
483
Solute_trans_a
C
PF03619 Solute_trans_a 44-321 aa
XP_057773148.1
483 aa
N
1
242
483
Solute_trans_a
C
PF03619 Solute_trans_a 44-321 aa
XP_057773156.1
483 aa
N
1
242
483
Solute_trans_a
C
PF03619 Solute_trans_a 44-321 aa
XP_057773165.1
483 aa
N
1
242
483
Solute_trans_a
C
PF03619 Solute_trans_a 44-321 aa
XP_057773173.1
483 aa
N
1
242
483
Solute_trans_a
C
PF03619 Solute_trans_a 44-321 aa
XP_057773180.1
483 aa
N
1
242
483
Solute_trans_a
C
PF03619 Solute_trans_a 44-321 aa
XP_057773189.1
483 aa
N
1
242
483
Solute_trans_a
C
PF03619 Solute_trans_a 44-321 aa
XP_057773197.1
483 aa
N
1
242
483
Solute_trans_a
C
PF03619 Solute_trans_a 44-321 aa
XP_057773206.1
483 aa
N
1
242
483
Solute_trans_a
C
PF03619 Solute_trans_a 44-321 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057773127.1 Pfam PF03619 Solute_trans_a Family 44 321 7e-91 305.0 Organic solute transporter Ostalpha
XP_057773135.1 Pfam PF03619 Solute_trans_a Family 44 321 7e-91 305.0 Organic solute transporter Ostalpha
XP_057773141.1 Pfam PF03619 Solute_trans_a Family 44 321 7e-91 305.0 Organic solute transporter Ostalpha
XP_057773148.1 Pfam PF03619 Solute_trans_a Family 44 321 7e-91 305.0 Organic solute transporter Ostalpha
XP_057773156.1 Pfam PF03619 Solute_trans_a Family 44 321 7e-91 305.0 Organic solute transporter Ostalpha
XP_057773165.1 Pfam PF03619 Solute_trans_a Family 44 321 7e-91 305.0 Organic solute transporter Ostalpha
XP_057773173.1 Pfam PF03619 Solute_trans_a Family 44 321 7e-91 305.0 Organic solute transporter Ostalpha
XP_057773180.1 Pfam PF03619 Solute_trans_a Family 44 321 7e-91 305.0 Organic solute transporter Ostalpha
XP_057773189.1 Pfam PF03619 Solute_trans_a Family 44 321 7e-91 305.0 Organic solute transporter Ostalpha
XP_057773197.1 Pfam PF03619 Solute_trans_a Family 44 321 7e-91 305.0 Organic solute transporter Ostalpha
XP_057773206.1 Pfam PF03619 Solute_trans_a Family 44 321 7e-91 305.0 Organic solute transporter Ostalpha

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

11 records

下载 cDNA FASTA
XM_057917190.1
AAACAGCTAAAGAAAGGCTAAAACGACGGCCTCTCCAACAAGCCAGGGGCGACAGCGCACACAAATAACTCGCCACGTATTGAGACTGTGAGCTACTTGTGTGCCGTCACGGTGACACTAACATGATGGGTTTTCCTCAGTTCCCAACCGTCGAAGCAAAGGTCGATAGAGACGATCTCTCTCTCTCTCTCTCTGCCCCCCTCACACACACACACACACACACACACACATACAGATATACACACTCGGAGCTCGTGCGT...
XM_057917182.1
AAACAGCTAAAGAAAGGCTAAAACGACGGCCTCTCCAACAAGCCAGGGGCGACAGCGCACACAAATAACTCGCCACGTATTGAGACTGTGAGCTACTTGTGTGCCGTCACGGTGACACTAACATGATGGGTTTTCCTCAGTTCCCAACCGTCGAAGCAAAGGTCGATAGAGACGATCTCTCTCTCTCTCTCTCTGCCCCCCTCACACACACACACACACACACACACACATACAGATATACACACTCGGAGCTCGTGCGT...

CDS

11 records

下载 CDS FASTA
LOC130992490
ATGTGGTGGAGGGGGGTTTTAGTATTGTTACTCTGTTTTGCCACTTTAGGTGAATCAACAGACAGGTTCTCTAGATTTTTGTCTATCAATTTGGGTGCTGAGACGTCGTCCCTCTACAAATGGACGGTTGCCAGCGCGGGCATATTTGTGGCAGTGGCTCTTCTTCTGTCGACGTTTCTTATCTTTGAGCACTTAGCTGCATACAATAAGCCGGAGGAGCAGAAATTCCTGGTTGGGCTGATTCTAATGGTTCCTGTTTA...
LOC130992490
ATGTGGTGGAGGGGGGTTTTAGTATTGTTACTCTGTTTTGCCACTTTAGGTGAATCAACAGACAGGTTCTCTAGATTTTTGTCTATCAATTTGGGTGCTGAGACGTCGTCCCTCTACAAATGGACGGTTGCCAGCGCGGGCATATTTGTGGCAGTGGCTCTTCTTCTGTCGACGTTTCTTATCTTTGAGCACTTAGCTGCATACAATAAGCCGGAGGAGCAGAAATTCCTGGTTGGGCTGATTCTAATGGTTCCTGTTTA...

Protein

11 records

下载 Protein FASTA
XP_057773127.1
MWWRGVLVLLLCFATLGESTDRFSRFLSINLGAETSSLYKWTVASAGIFVAVALLLSTFLIFEHLAAYNKPEEQKFLVGLILMVPVYAVESFLSLLNAEAAFNCEVVRDCYEAFALYCFERYLIACLGGEESTIEFMENQNWITSSLPIIDETYAYGVVEHPFPLNCCLKDWKLGSDFYQGVKIGIVQYMILKLICAALAMLFQSLGVYGEGKFEWGYAYPYLAVVLNFSQTWALYCLVQFYSVTKNKLEPIKPLAKFLT...
XP_057773135.1
MWWRGVLVLLLCFATLGESTDRFSRFLSINLGAETSSLYKWTVASAGIFVAVALLLSTFLIFEHLAAYNKPEEQKFLVGLILMVPVYAVESFLSLLNAEAAFNCEVVRDCYEAFALYCFERYLIACLGGEESTIEFMENQNWITSSLPIIDETYAYGVVEHPFPLNCCLKDWKLGSDFYQGVKIGIVQYMILKLICAALAMLFQSLGVYGEGKFEWGYAYPYLAVVLNFSQTWALYCLVQFYSVTKNKLEPIKPLAKFLT...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器