当前解析结果
SmilChr07G001341| 统一新 Gene ID | SmilChr07G001341 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr07G001341 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr07G001341 |
| 染色体 / SeqID | Chr07 / NC_080393.1 |
| 坐标与链方向 | 10376199 - 10379409 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130992506 |
|---|---|
| GeneID | 130992506 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130992506 |
| 原始查询 | LOC130992506 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | hit=Os01g0328500; species=rice; confidence=high |
| 产物 | hit=Os01g0328500; species=rice; confidence=high |
| Arabidopsis | AT5G30490 (AT5G30490)craniofacial development-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:833136] identity=50.2; qcov=0.898; evalue=5.45e-62; confidence=high |
| Rice | Os01g0328500- identity=52; qcov=0.98; evalue=5.89e-68; confidence=high |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF07572 (BCNT) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130992506 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057773144.1 |
| 2 | Nucleoplasm | 核质 | 1.00000 | XP_057773144.1 |
| 3 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.40000 | XP_057773144.1 |
| 4 | Nuclear body | 核内小体 | 0.20000 | XP_057773144.1 |
| 5 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.20000 | XP_057773144.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr7:10377858 |
GAA |
G |
2bp_deletion | frameshift_variant | 8 | A6,B111,B15,B56,B86,B96,C36,C4 |
Chr7:10377904 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A18,B90,B93 |
Chr7:10377931 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A18,B90,B92,B93 |
Chr7:10377939 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B74,C14 |
Chr7:10378182 |
TG |
T |
1bp_deletion | frameshift_variant | 1 | B36 |
Chr7:10378182 |
TG |
T |
1bp_deletion | CDS_variant | 1 | B36 |
Chr7:10378270 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B36 |
Chr7:10378279 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B131 |
Chr7:10378627 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B90,B92,B93 |
Chr7:10378633 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C72,C79 |
Chr7:10378642 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B25,C41,C84 |
Chr7:10378648 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | A25,B10,B130,C12,C18 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057773144.1PF07572
BCNT 170-242 aa
XP_057773145.1PF07572
BCNT 170-242 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057773144.1 |
Pfam | PF07572 |
BCNT | Family | 170 | 242 | 1.5e-26 | 93.1 | Bucentaur or craniofacial development |
XP_057773145.1 |
Pfam | PF07572 |
BCNT | Family | 170 | 242 | 1.5e-26 | 93.1 | Bucentaur or craniofacial development |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
2 records
下载 cDNA FASTA2 records
下载 CDS FASTA2 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。