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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G001356

染色体: Chr07 坐标: 10520111-10523911 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G001356
名称SmilChr07G001356
描述uncharacterized SmilChr07G001356
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向10520111 - 10523911 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130992520
GeneID130992520
locus_tag-
NCBI NameLOC130992520
原始查询LOC130992520

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os01g0765500; species=rice; confidence=weak
产物hit=Os01g0765500; species=rice; confidence=weak
Arabidopsis-
-
RiceOs01g0765500
-
identity=45.2; qcov=0.107; evalue=6.6e-08; confidence=weak
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130992520

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 0.60000 XP_057773166.1
2 Endoplasmic reticulum 内质网 0.60000 XP_057773166.1
3 Nucleus membrane 核膜 0.40000 XP_057773166.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057773166.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057773166.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:10520272 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B29,B64,C59,C74
Chr7:10520285 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B109,B110,B120,B65,C64
Chr7:10520785 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B8
Chr7:10520943 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B95,D4
Chr7:10520995 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B95,D4
Chr7:10521127 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B34,B49
Chr7:10521156 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B95,D4
Chr7:10521178 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B134,B53
Chr7:10521304 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B27,B59,C47
Chr7:10522225 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B84
Chr7:10522307 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B84
Chr7:10522330 TG T 1bp_deletion frameshift_variant 10 B14,B54,B55,B80,C23,C35,C40,C44,C81,D9

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057917183.1
CTCAACATCTCCCATTTCCCTCCAATTTTGCCTCTTTCAATTTCGAGGGGAGTTTGCAGAATTCTCACTTCCTCTTTCTCTCGTTGAATAATAAGCACACGCACTGAAAAATCGAAAGATTTGAAGAAGCAAAGAAATGAATGGTTTTGAGAAGGGTTTGTCTCCGTCGAAATCGAATGCGAACCGCAATCTCCCGTCTTCTGGATCGGTGGAGAATGATGAAAATGATTCAAGTGTGGATAAATTGATTCCACAATTTG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130992520
ATGAATGGTTTTGAGAAGGGTTTGTCTCCGTCGAAATCGAATGCGAACCGCAATCTCCCGTCTTCTGGATCGGTGGAGAATGATGAAAATGATTCAAGTGTGGATAAATTGATTCCACAATTTGCAAACAACGAAATTGCATATGGCAAACATTTCATGTCTGGGGTTGCAAGAATGAAAATTCTTGCTGAGATAAAGGGAAATCCAAGCATTTGTGATGCTCAAGCTCACAAAAACTCCAATCTGGATTTGGAAAGTAG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057773166.1
MNGFEKGLSPSKSNANRNLPSSGSVENDENDSSVDKLIPQFANNEIAYGKHFMSGVARMKILAEIKGNPSICDAQAHKNSNLDLESSPPKRGICNSSVKVYDPLTNYLSPRPRYLRFNPNRRREILKRFEKELNSSLDSEEASDEEEIADSSLSPPKGSVVDGYEAVEEEIADSSRSPPKGNDVNQRNGVASDEGNGSVVDGYESEEEEMEEKGWCLRGISKLLFTLIACLLLTSYISPMSSPTDLSTQQAIWDFKDSGV...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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