当前解析结果
SmilChr07G001500| 统一新 Gene ID | SmilChr07G001500 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr07G001500 |
| 描述 | protein SABRE |
| 染色体 / SeqID | Chr07 / NC_080393.1 |
| 坐标与链方向 | 11928146 - 11963560 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130992534 |
|---|---|
| GeneID | 130992534 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130992534 |
| 原始查询 | LOC130992534 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | protein SABRE |
| 产物 | protein SABRE |
| Arabidopsis | AT1G58250 (SAB)HYPERSENSITIVE TO PI STARVATION 4 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842193] identity=65.5; qcov=0.994; evalue=0; confidence=high |
| Rice | Os03g0353600 (OsSTA99)- identity=59.2; qcov=0.254; evalue=0; confidence=weak |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF10344 (Hobbit) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130992534 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Endoplasmic reticulum | 内质网 | 0.80000 | XP_057773181.1 |
| 2 | Endoplasmic reticulum membrane | 内质网膜 | 0.80000 | XP_057773181.1 |
| 3 | Nucleus membrane | 核膜 | 0.60000 | XP_057773181.1 |
| 4 | Peroxisome | 过氧化物酶体 | 0.20000 | XP_057773181.1 |
| 5 | Lipid droplet | 脂滴 | 0.20000 | XP_057773181.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr7:11931818 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B131 |
Chr7:11936142 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B127 |
Chr7:11936826 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B119,C31 |
Chr7:11937443 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 1 | C87 |
Chr7:11937443 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C87 |
Chr7:11937478 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B100 |
Chr7:11939395 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | A18,B123,C34,C36,D3 |
Chr7:11939822 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B114 |
Chr7:11939890 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A2,B131 |
Chr7:11940107 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C46 |
Chr7:11940236 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C52 |
Chr7:11940702 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B122,B22 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057773181.1PF10344
Hobbit 5-2546 aa
XP_057773182.1PF10344
Hobbit 12-2254 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057773181.1 |
Pfam | PF10344 |
Hobbit | Repeat | 5 | 2546 | 0 | 2385.5 | Hobbit/FMP27/BTLP2 family |
XP_057773182.1 |
Pfam | PF10344 |
Hobbit | Repeat | 12 | 2254 | 0 | 2196.4 | Hobbit/FMP27/BTLP2 family |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
2 records
下载 cDNA FASTA2 records
下载 CDS FASTA2 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。