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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G001500

染色体: Chr07 坐标: 11928146-11963560 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G001500
名称SmilChr07G001500
描述protein SABRE
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向11928146 - 11963560 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130992534
GeneID130992534
locus_tag-
NCBI NameLOC130992534
原始查询LOC130992534

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述protein SABRE
产物protein SABRE
ArabidopsisAT1G58250 (SAB)
HYPERSENSITIVE TO PI STARVATION 4 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842193]
identity=65.5; qcov=0.994; evalue=0; confidence=high
RiceOs03g0353600 (OsSTA99)
-
identity=59.2; qcov=0.254; evalue=0; confidence=weak
GO-
KEGG-
PfamPF10344 (Hobbit)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130992534

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Endoplasmic reticulum 内质网 0.80000 XP_057773181.1
2 Endoplasmic reticulum membrane 内质网膜 0.80000 XP_057773181.1
3 Nucleus membrane 核膜 0.60000 XP_057773181.1
4 Peroxisome 过氧化物酶体 0.20000 XP_057773181.1
5 Lipid droplet 脂滴 0.20000 XP_057773181.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:11931818 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B131
Chr7:11936142 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B127
Chr7:11936826 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B119,C31
Chr7:11937443 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 1 C87
Chr7:11937443 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C87
Chr7:11937478 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B100
Chr7:11939395 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A18,B123,C34,C36,D3
Chr7:11939822 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B114
Chr7:11939890 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A2,B131
Chr7:11940107 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C46
Chr7:11940236 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C52
Chr7:11940702 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B122,B22

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057773181.1
2625 aa
N
1
1312
2625
Hobbit
C
PF10344 Hobbit 5-2546 aa
XP_057773182.1
2333 aa
N
1
1166
2333
Hobbit
C
PF10344 Hobbit 12-2254 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057773181.1 Pfam PF10344 Hobbit Repeat 5 2546 0 2385.5 Hobbit/FMP27/BTLP2 family
XP_057773182.1 Pfam PF10344 Hobbit Repeat 12 2254 0 2196.4 Hobbit/FMP27/BTLP2 family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057917198.1
GTGCTTCTGCACTCCAGTTTTACCTTTCCACGATTATTCAGAGCATACTTCACGGATCGAATCCCTCACCCCTTCCCCATTACTATTACTTTACTATATATAAAAAATGTTTTCATTTTCTCACTCCTACGTTCAGTGCTCCCCACATCTCTCACCTTCTCTCTCTAGACTTTGGTATTCTTCCGCCAAATTAAATGCTTGATCCTTCAGCTACTGCTATCGCAATTGTTTCCGAATCGGCACACATATGAAGGCATGCA...
XM_057917199.1
ATTGTGTGTAACTCAAAGGGAAGAATTCAAGAATAAGATATTGATTAATGAATGGTGTTAATTTTGCAGATGCCACATAAAATTTCAACTTCCTCTGAATTATATCAAGCTTACATTGCTGAAGAGGGGCAATATTTTTTAGTTTATTGTTACATTGGACCATCATTGGGACACTGCTGATAAGCCCGTAACTTTATCAAGGGCCTCTTAGTTAAAAAACAAATGTTTTTCTTCAAATTTCTTATTGCTTCTCTTGAGAC...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC130992534
ATGGGGGCTTCTCCGGCCAAGTTCCTATCCGGATTCCTCTTTGTCTCCGTCCTACTATGGATTGTATTCATGTTTGCTTCCAGGTTGCTGGCATGGATATTAAGTCGAGTTATGGGAGGTTCAGTTGGATTTCGGATTGGTGGATGGAAATGCTTGAGAGATGTTGTTCTGAAATTCAATAAGGGTGCTGTTGAATCTATCTCTGTTGGCGAGATCAGACTAAGCTTACGGCAATCCTTGGTTAAGCTTGGGGTAGGCTT...
LOC130992534
ATGTTTTTCTTCAAATTTCTTATTGCTTCTCTTGAGACAACCTTCACTCTGCCTAAACTTGATGTAAAGATTGGACATCGGGGTTATGGGCTTTTGGTTGAGAACAACATTAGGGGGATCCAATTGAAGTGCATGAAATCTCAAGCTGTTGAAGATCTGGGGGAAAGTGTGAGACTTGATGTTCAGATGGAATTTAGTGAGATATATCTGCTTAGAGAAACTGGCATCTCTATTGTGGATATACTGAAACTTGATGTTGT...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057773181.1
MGASPAKFLSGFLFVSVLLWIVFMFASRLLAWILSRVMGGSVGFRIGGWKCLRDVVLKFNKGAVESISVGEIRLSLRQSLVKLGVGFMSRDPKLQVLICDLEIVIRSSKKIPQKARSRKSRSSGRGKWMVLVNMARFLSVSISDLVLKTPKATLDIKELRVDISKDAGSEAGLFVKLQLFPITVHLGESRVASDQPVVSGGSFSANQLMDGVCAPFSCEEFSLLCELGHNREAGILIRNLDITSGEVRVNLNEDLLLKEK...
XP_057773182.1
MFFFKFLIASLETTFTLPKLDVKIGHRGYGLLVENNIRGIQLKCMKSQAVEDLGESVRLDVQMEFSEIYLLRETGISIVDILKLDVVSSIYIPLQPNCPVRSEVDVKLGGTQCNLILNRLEPWMSIRLPQKQKKEVLEKSPAKEKSHSSEQKRIMWTCTLSAPEMTVVLYSLSGCPLYHGCSQSSHIFANNISSTGATLHMELGELNLHMSDEYQECLKESLFGVETNTGSLMHIAKVSVDLGKKDMDSSDGLSCKMALG...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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