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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G001393

染色体: Chr07 坐标: 10793567-10806065 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G001393
名称SmilChr07G001393
描述histone-lysine N-methyltransferase ASHH2-like
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向10793567 - 10806065 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130992537
GeneID130992537
locus_tag-
NCBI NameLOC130992537
原始查询LOC130992537

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述histone-lysine N-methyltransferase ASHH2-like
产物histone-lysine N-methyltransferase ASHH2-like
ArabidopsisAT1G77300 (EFS)
histone-lysine N-methyltransferase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:844066]
identity=62.3; qcov=0.22; evalue=1.55e-145; confidence=weak
RiceOs02g0554000 (OsSDG725)
-
identity=63.9; qcov=0.204; evalue=2.07e-149; confidence=weak
GOGO:0000785 (chromatin); GO:0005515 (protein binding); GO:0005634 (nucleus); GO:0006355 (regulation of DNA-templated transcription); GO:0008270 (zinc ion binding); GO:0010452 (GO:0010452); GO:0046975 (histone H3K36 methyltransferase activity)
KEGG-
PfamPF00856 (SET); PF07496 (zf-CW); PF17907 (AWS)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130992537

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057773185.1
2 Nucleoplasm 核质 0.40000 XP_057773185.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057773185.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057773185.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057773185.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:10793992 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A13,B51
Chr7:10794062 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B97,C5,C71,C76
Chr7:10794105 GT G 1bp_deletion frameshift_variant 2 C13,C38
Chr7:10794105 GT G 1bp_deletion CDS_variant 2 C13,C38
Chr7:10794141 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B103,B48,B78,C87,D2
Chr7:10794145 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B125,B140,C18,C72,D7
Chr7:10794232 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B97,C5,C71,C76
Chr7:10795949 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B49,C11,C33,C46,C69
Chr7:10795970 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A13,B51,D11
Chr7:10795990 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B104,D10
Chr7:10797068 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B6,C67
Chr7:10797612 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B97,C5,C71,C76

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057773185.1
1643 aa
N
1
822
1643
zf-CW
AWS
SET
C
PF07496 zf-CW 623-669 aa PF17907 AWS 740-775 aa PF00856 SET 789-895 aa
XP_057773186.1
1643 aa
N
1
822
1643
zf-CW
AWS
SET
C
PF07496 zf-CW 623-669 aa PF17907 AWS 740-775 aa PF00856 SET 789-895 aa
XP_057773187.1
1643 aa
N
1
822
1643
zf-CW
AWS
SET
C
PF07496 zf-CW 623-669 aa PF17907 AWS 740-775 aa PF00856 SET 789-895 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057773185.1 Pfam PF07496 zf-CW Domain 623 669 8.1e-13 48.9 CW-type Zinc Finger
XP_057773185.1 Pfam PF17907 AWS Domain 740 775 2e-13 50.8 AWS domain
XP_057773185.1 Pfam PF00856 SET Family 789 895 2.4e-25 89.7 SET domain
XP_057773186.1 Pfam PF07496 zf-CW Domain 623 669 8.1e-13 48.9 CW-type Zinc Finger
XP_057773186.1 Pfam PF17907 AWS Domain 740 775 2e-13 50.8 AWS domain
XP_057773186.1 Pfam PF00856 SET Family 789 895 2.4e-25 89.7 SET domain
XP_057773187.1 Pfam PF07496 zf-CW Domain 623 669 8.1e-13 48.9 CW-type Zinc Finger
XP_057773187.1 Pfam PF17907 AWS Domain 740 775 2e-13 50.8 AWS domain
XP_057773187.1 Pfam PF00856 SET Family 789 895 2.4e-25 89.7 SET domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA
XM_057917203.1
ACGACAAGAACTTCATTATCCAGAGTAGCAACAAGAAAAGAGAAAAAGGGAAAATAATGAATCATTAAATTGTAAAATTCCCACGATACCCCCACTCGCCACGTGTGCAAGGCCCAAGATCCGTGCAAAGGCTGCTTGTACCTTGTCCTAGCAGCGTTGTACCTAAACTGCGTGTGTGGGAACAAGATGGATAAAAAGGCTCCATATTTTGGTAGGAAGACTCTCTCTCTCCTCTTCCCTTTTAACAACCGTTGCTGACA...
XM_057917204.1
ACGACAAGAACTTCATTATCCAGAGTAGCAACAAGAAAAGAGAAAAAGGGAAAATAATGAATCATTAAATTGTAAAATTCCCACGATACCCCCACTCGCCACGTGTGCAAGGCCCAAGATCCGTGCAAAGGCTGCTTGTACCTTGTCCTAGCAGCGTTGTACCTAAACTGCGTGTGTGGGAACAAGATGGATAAAAAGGCTCCATATTTTGGTAGGAAGACTCTCTCTCTCCTCTTCCCTTTTAACAACCGTTGCTGACA...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA
LOC130992537
ATGTTTACTGAGACGTCTTTTGGTGAAAATGCTGGTGAGATCAGGGCATCGTCATCTCTGGATGATCTTGATTTTGGCGTTGGAAAATTGTATGCGTCTCCCGCACCATATGAATCCACTCATGTGAGAGATGATGAATCATCTGCTGTAATGCTCAGATCAGATGTTTCAGCCGCTGATGGTCTTCTTTCACCTTTTGGTTCCATCAACTTTGCTGAGCAACCATTGCTGGGGAATGACATGGCAAATAGCCCTATCAA...
LOC130992537
ATGTTTACTGAGACGTCTTTTGGTGAAAATGCTGGTGAGATCAGGGCATCGTCATCTCTGGATGATCTTGATTTTGGCGTTGGAAAATTGTATGCGTCTCCCGCACCATATGAATCCACTCATGTGAGAGATGATGAATCATCTGCTGTAATGCTCAGATCAGATGTTTCAGCCGCTGATGGTCTTCTTTCACCTTTTGGTTCCATCAACTTTGCTGAGCAACCATTGCTGGGGAATGACATGGCAAATAGCCCTATCAA...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA
XP_057773185.1
MFTETSFGENAGEIRASSSLDDLDFGVGKLYASPAPYESTHVRDDESSAVMLRSDVSAADGLLSPFGSINFAEQPLLGNDMANSPIKSDSIGSISEANLQGQRPDEGQSYSTHYSSGSVMVQGPSRDGNGEAEVVDEIERTQKSNDLIVYTSSRRNSSRNTYANLSHNDDPKKPSRSCRVIAQKDSLSDLKSLQTSRRKRSLLSKRTKSSVWGFVGLPTFEENNVLNPCLGNGKTIGRVRGSQGKSNVFKDQTSQKAACK...
XP_057773186.1
MFTETSFGENAGEIRASSSLDDLDFGVGKLYASPAPYESTHVRDDESSAVMLRSDVSAADGLLSPFGSINFAEQPLLGNDMANSPIKSDSIGSISEANLQGQRPDEGQSYSTHYSSGSVMVQGPSRDGNGEAEVVDEIERTQKSNDLIVYTSSRRNSSRNTYANLSHNDDPKKPSRSCRVIAQKDSLSDLKSLQTSRRKRSLLSKRTKSSVWGFVGLPTFEENNVLNPCLGNGKTIGRVRGSQGKSNVFKDQTSQKAACK...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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