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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G001535

染色体: Chr07 坐标: 12450503-12458543 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G001535
名称SmilChr07G001535
描述kinesin-like protein KIN-4C
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向12450503 - 12458543 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130992540
GeneID130992540
locus_tag-
NCBI NameLOC130992540
原始查询LOC130992540

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述kinesin-like protein KIN-4C
产物kinesin-like protein KIN-4C
ArabidopsisAT5G60930 (AT5G60930)
P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836214]
identity=58.7; qcov=1.03; evalue=0; confidence=high
RiceOs09g0114500 (BC12)
kinesin-like protein KIN-4A [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:4346402]
identity=53.1; qcov=0.772; evalue=0; confidence=high
GOGO:0003777 (microtubule motor activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0007018 (microtubule-based movement); GO:0007052 (mitotic spindle organization); GO:0008017 (microtubule binding)
KEGG-
PfamPF00225 (Kinesin); PF16796 (Microtub_bd); PF25764 (KIF21A_4th)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130992540

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoskeleton 细胞骨架 1.00000 XP_057773194.1
2 Spindle Spindle 1.00000 XP_057773194.1
3 Chromosome 染色体 0.80000 XP_057773194.1
4 Phragmoplast Phragmoplast 0.80000 XP_057773194.1
5 Spindle pole Spindle pole 0.80000 XP_057773194.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:12454865 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C62
Chr7:12455017 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B85,B90
Chr7:12455850 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B12,B55
Chr7:12456229 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C47
Chr7:12457403 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C39
Chr7:12457752 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A11,B8

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057773194.1
1252 aa
N
1
626
1252
Microtub_bd
Kinesin
KIF21A_4th
C
PF16796 Microtub_bd 10-151 aa PF00225 Kinesin 35-348 aa PF25764 KIF21A_4th 517-694 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057773194.1 Pfam PF16796 Microtub_bd Domain 10 151 1.1e-18 68.3 Microtubule binding
XP_057773194.1 Pfam PF00225 Kinesin Domain 35 348 3.7e-104 349.0 Kinesin motor domain
XP_057773194.1 Pfam PF25764 KIF21A_4th Domain 517 694 2.8e-57 194.1 KIF21A-like domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057917211.1
GTACCGTTCCAAGACCACTCCCAGTGCACGTGACATGTGAAATTTGAATTGTGGATATCAGATGCAACCGCTGTTTCTCCAATTCAATTTTTTGAATTCCATCATACCCTCTCTCTCTCAATTAAATTTTTTTGCATTTCCATAGTAACCTCACTCTTTCATAGATCTATCTGTCTCTCATTTCGAATGGAATAGCCGCCATCTATCTCGCTTACTCAACGCCGATTCTGACTCTCAGTTCACAACATTGTATGTAGGCA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130992540
ATGGAGAACTCCGAATCGTCGTCGCAGAGTGTGAGGGTCGCGGTCAATGTCAGACCGCTCGTCACCGCTGAGCTTCTTGCGAGCTGTACCGACTGCATTACCGTTTATCCCGCGCAGAAGCAGGTTCAAATTGGATCCCATTCGTTCACATTTGATTATGTCTATGGTAGCAAGGGATCCCCATCTTCAACAATCTTTGATGAATGTGTTGCTCCACTTGTGGATGCTTTATTTCATGGATATAATGGAACAGTCCTTGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057773194.1
MENSESSSQSVRVAVNVRPLVTAELLASCTDCITVYPAQKQVQIGSHSFTFDYVYGSKGSPSSTIFDECVAPLVDALFHGYNGTVLAYGQTGSGKTYTMGTNYNGEEHGDAILPKVMDTIFSKVETLKESTEFLIRVSFIEVFKEDVFDLLDPKTTGPARVPIQIRERVSGGITLAGVTESEVRTKEEMASYLLQGSLTRATGSTKMNSQSSRSHAIFTISMEQRRRTNALAEDDVGDDVLIAKLHLVDLAGSERAKRTG...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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