Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr07G001396`

染色体: Chr07 坐标: 10842345-10852591 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr07G001396`
名称	SmilChr07G001396
描述	protein translocase subunit SECA2, chloroplastic
染色体 / SeqID	Chr07 / NC_080393.1
坐标与链方向	10842345 - 10852591 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130992547`
GeneID	`130992547`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130992547`
原始查询	`LOC130992547`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	protein translocase subunit SECA2, chloroplastic
产物	protein translocase subunit SECA2%2C chloroplastic
Arabidopsis	`AT1G21650` (SECA2) Preprotein translocase SecA family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838767] identity=72.1; qcov=1; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os11g0195100` - identity=70.7; qcov=0.988; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0005524 (ATP binding); GO:0006605 (protein targeting); GO:0009941 (chloroplast envelope); GO:0015462 (ABC-type protein transporter activity); GO:0016020 (membrane); GO:0017038 (protein import)
KEGG	smil03060 (Protein export - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF01043 (SecA_PP_bind); PF07516 (SecA_SW); PF07517 (SecA_DEAD); PF21090 (P-loop_SecA)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130992547

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Chloroplast	叶绿体	1.00000	`XP_057773204.1`
2	Chloroplast stroma	叶绿体基质	1.00000	`XP_057773204.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057773204.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057773204.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057773204.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr7:10843670`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C44
`Chr7:10843729`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B6,C67
`Chr7:10843771`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C48
`Chr7:10844162`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A13,B51,C31,C61
`Chr7:10844174`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B69
`Chr7:10844218`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B117
`Chr7:10844378`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B100
`Chr7:10844928`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B69
`Chr7:10846553`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B100
`Chr7:10846848`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B75,C11,C33,C46,C69
`Chr7:10846955`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B104,B131,C25,D10
`Chr7:10846988`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B100

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057773204.1

1057 aa

528

1057

SecA_DEAD

SecA_PP_bind

P-loop_SecA

SecA_SW

PF07517 SecA_DEAD 76-447 aa PF01043 SecA_PP_bind 303-404 aa PF21090 P-loop_SecA 465-750 aa PF07516 SecA_SW 767-1042 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057773204.1`	Pfam	`PF07517`	SecA_DEAD	Domain	76	447	1.7e-118	395.8	SecA DEAD-like domain
`XP_057773204.1`	Pfam	`PF01043`	SecA_PP_bind	Domain	303	404	6.3e-29	101.5	SecA preprotein cross-linking domain
`XP_057773204.1`	Pfam	`PF21090`	P-loop_SecA	Domain	465	750	5.4e-64	216.3	SecA P-loop domain
`XP_057773204.1`	Pfam	`PF07516`	SecA_SW	Family	767	1042	9e-42	144.1	SecA Wing and Scaffold domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA

XR_009091307.1
TACCAATCAACGGACCTAAATTAGAAAAAAAAAAAATGAAAGGTTATGAATCCTGAAGGGAAAAAAGAAAAGGAATAGGTGCAATTCCATAATTCAATAAAATATTTTGGATTTACATGTAATTAACCCCTCCTAAAGATAATCAATATTATCTCGATCCAAATTGCCTATACGATGTTGGTAAATAGGTAATTTACTGAAGAGAATTGTATCCATTTCGATTTTGGCTTATCGAATTCCACATAAACGAACAGTATCTC...

XR_009091308.1
TACCAATCAACGGACCTAAATTAGAAAAAAAAAAAATGAAAGGTTATGAATCCTGAAGGGAAAAAAGAAAAGGAATAGGTGCAATTCCATAATTCAATAAAATATTTTGGATTTACATGTAATTAACCCCTCCTAAAGATAATCAATATTATCTCGATCCAAATTGCCTATACGATGTTGGTAAATAGGTAATTTACTGAAGAGAATTGTATCCATTTCGATTTTGGCTTATCGAATTCCACATAAACGAACAGTATCTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130992547
ATGACCACCGCCACCACCTCCTCCTCCTCGCTCCTCCCACCGCCACAATTCCTCCGCCATGCAAGTACAACTCAACTATGCACCAAAACCACCTTGTTCCCTCCATTTCCCCTCTCTCCCCCCTCTCTCTTCACCAGCTACCACTTCAGTCGCTCGTGCATAGCTTCATCTTTGAAGGAAAAAATCGGTGGGGTTAAGAAAACATGGGATGAATTAAGCAGCTTAAATCACTGGGTCGTTAGAGATTATTACAGACTTGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057773204.1
MTTATTSSSSLLPPPQFLRHASTTQLCTKTTLFPPFPLSPPSLFTSYHFSRSCIASSLKEKIGGVKKTWDELSSLNHWVVRDYYRLVNSVNALEPHIQKLSDEQLRAKTEEFRQRLKQGATLADIQAEAFAVVREAAKRKLGMRHFDVQIIGGAVLHDGSIAEMKTGEGKTLVSTLAAYLNALSGEGVHVVTVNDYLAQRDAEWMGRVHRFLGLSVGLIQRDMKNQERRSNYRCDITYTNNTELGFDYLRDNLAGSSEQL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器