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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G001529

染色体: Chr07 坐标: 12359709-12363222 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G001529
名称SmilChr07G001529
描述receptor-like protein kinase 7
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向12359709 - 12363222 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130992550
GeneID130992550
locus_tag-
NCBI NameLOC130992550
原始查询LOC130992550

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述receptor-like protein kinase 7
产物receptor-like protein kinase 7
ArabidopsisAT1G09970 (LRR XI-23)
Leucine-rich receptor-like protein kinase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837531]
identity=60.8; qcov=0.996; evalue=0; confidence=high
RiceOs11g0232100
-
identity=42.1; qcov=0.991; evalue=0; confidence=medium
GOGO:0004672 (protein kinase activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0006468 (protein phosphorylation); GO:0033612 (receptor serine/threonine kinase binding)
KEGG-
PfamPF00069 (Pkinase); PF00560 (LRR_1); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr); PF08263 (LRRNT_2); PF13855 (LRR_8); PF23598 (LRR_14)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130992550

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057773208.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057773208.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057773208.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057773208.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057773208.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:12360063 ACT A 2bp_deletion frameshift_variant 4 B108,B137,B47,B66
Chr7:12360063 ACT A 2bp_deletion CDS_variant 4 B108,B137,B47,B66
Chr7:12360066 A ACG 2bp_insertion frameshift_variant 4 B108,B137,B47,B66
Chr7:12360066 A ACG 2bp_insertion CDS_variant 4 B108,B137,B47,B66
Chr7:12360153 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B12,B94
Chr7:12360177 G GGC 2bp_insertion frameshift_variant 39 A1,B100,B107,B108,B109,B12,B120,B133,B134,B137,B139,B140,B17,B26,B3,B47,B55,B63,B66,B69,B72,B81,B83,B94,C15,C17,C26,C30,C41,C43,C46,C5,C52,C56,C59,C79,D5,D8,D9
Chr7:12360390 TCC T 2bp_deletion frameshift_variant 6 B133,B137,B26,C26,C5,C79
Chr7:12360418 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B26,C26,C79
Chr7:12360456 AAT A 2bp_deletion frameshift_variant 1 C79
Chr7:12360456 AAT A 2bp_deletion CDS_variant 1 C79
Chr7:12360465 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C79
Chr7:12360496 AT A 1bp_deletion frameshift_variant 1 B33

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057773208.1
970 aa
N
1
485
970
LRRNT_2
LRR_14
LRR_1
LRR_1
LRR_8
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF08263 LRRNT_2 24-63 aa PF23598 LRR_14 184-297 aa PF00560 LRR_1 190-211 aa PF00560 LRR_1 452-474 aa PF13855 LRR_8 452-511 aa PF00560 LRR_1 476-498 aa PF00560 LRR_1 501-522 aa PF00560 LRR_1 525-546 aa PF00560 LRR_1 548-566 aa PF00069 Pkinase 664-947 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 714-949 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057773208.1 Pfam PF08263 LRRNT_2 Family 24 63 5e-10 40.2 Leucine rich repeat N-terminal domain
XP_057773208.1 Pfam PF23598 LRR_14 Repeat 184 297 3.6e-24 85.9 Leucine-rich repeat region
XP_057773208.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 190 211 8.5e-41 129.8 Leucine Rich Repeat
XP_057773208.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 452 474 8.5e-41 129.8 Leucine Rich Repeat
XP_057773208.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 452 511 1.2e-28 99.4 Leucine rich repeat
XP_057773208.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 476 498 8.5e-41 129.8 Leucine Rich Repeat
XP_057773208.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 501 522 8.5e-41 129.8 Leucine Rich Repeat
XP_057773208.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 525 546 8.5e-41 129.8 Leucine Rich Repeat
XP_057773208.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 548 566 8.5e-41 129.8 Leucine Rich Repeat
XP_057773208.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 664 947 8.3e-46 157.2 Protein kinase domain
XP_057773208.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 714 949 2.5e-40 139.1 Protein tyrosine and serine/threonine kinase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057917225.1
GCCACAAATACAAAATTAAAAAATAAAATACCCCAGCTTACAACCACCATATTCAAAGCACGGAGCCAAAAGCAAAATAAATCAATAGACTCACGGAGAATATTAAAATAAAAAAAGAAACAATCATTGTCTACTTCAACATTGAGAAAGCAGCAAGTCTGTTAAACATGGCACCCCCTCGATTCTTCCTTGCACGCTCGACTTCCTAACTACCCAAACACAAAAACAAATATGAAATCACCGGCGGGCGCCGCCACTCT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130992550
ATGAAATCACCGGCGGGCGCCGCCACTCTCCTCCTCCTCTCCACCGTCTGCCTCATTTCCCTCGCCGTCGCGGACGATCTCCAAACCCTCCTATCTGTAAAAGACGCCTTCCAAGATTCCAACACTAGAGTATTCGATTCCTGGGAATCCAATTCAAACGTATGCAACTTCGCAGGAATCACCTGCGATTCCAAAGGATTCGTCAAAGAAATCGAACTCTCCAAACAGAATCTTAGCGGCGCGATTCCTTTAACCGCCAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057773208.1
MKSPAGAATLLLLSTVCLISLAVADDLQTLLSVKDAFQDSNTRVFDSWESNSNVCNFAGITCDSKGFVKEIELSKQNLSGAIPLTAICSLTQLEKLSLGFNQLGGRVTEDLNKCSSLKYLDIGNNLFSGSFPDISSIHGLVYLYANCSRFSGAFPWDSLRNMSGLQVLSVGDNPFDRTPFPAAILNLTRLSWLYLSNCSIQGEIPEEIGSLVELVDLEISQNFLTGEIPAGITKLKNLWQLELYLNNLTGELPVGLRNLT...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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