Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr07G001489`

染色体: Chr07 坐标: 11725689-11744862 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr07G001489`
名称	SmilChr07G001489
描述	protein ALTERED SEED GERMINATION 2
染色体 / SeqID	Chr07 / NC_080393.1
坐标与链方向	11725689 - 11744862 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130992558`
GeneID	`130992558`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130992558`
原始查询	`LOC130992558`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	protein ALTERED SEED GERMINATION 2
产物	protein ALTERED SEED GERMINATION 2
Arabidopsis	`AT5G10940` (ASG2) transducin family protein / WD-40 repeat family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830961] identity=63; qcov=1; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os03g0187300` (OsWD40-64) - identity=74.1; qcov=0.356; evalue=8.82e-143; confidence=low
GO	GO:0005515 (protein binding); GO:0005737 (cytoplasm); GO:0045717 (negative regulation of fatty acid biosynthetic process); GO:0080008 (Cul4-RING E3 ubiquitin ligase complex)
KEGG	-
Pfam	PF00400 (WD40); PF12894 (ANAPC4_WD40)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130992558

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057773219.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.80000	`XP_057773219.1`
3	Cytosol	细胞质基质	0.80000	`XP_057773219.1`
4	Nucleoplasm	核质	0.20000	`XP_057773219.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057773219.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr7:11726293`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	C34,C50,C56,C60
`Chr7:11726744`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A21,B101
`Chr7:11728570`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B11,B47,B6,B66,C67
`Chr7:11729782`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr7:11729871`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B2,B33
`Chr7:11729872`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B140,C53
`Chr7:11731149`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104
`Chr7:11731651`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D6
`Chr7:11731698`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr7:11735207`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B98,C29,C43,C48,C82
`Chr7:11738307`	`G`	`GT`	1bp_insertion	frameshift_variant	187	A1,A14,A19,A2,A20,A21,A23,A24,A25,A3,A4,A5,A6,A7,A8,A9,B1,B10,B100,B101,B102,B103,B104,B105,B106,B107,B108,B109,B113,B114,B115,B117,B118,B119,B12,B124,B125,B126,B127,B130,B131,B133,B134,B135,B136,B139,B14,B140,B15,B16,B17,B18,B19,B22,B24,B25,B26,B28,B29,B3,B32,B34,B37,B38,B39,B41,B44,B45,B48,B5,B50,B51,B52,B53,B54,B55,B56,B57,B58,B6,B60,B61,B62,B63,B64,B67,B68,B69,B70,B71,B72,B74,B76,B77,B78,B80,B81,B82,B83,B84,B86,B87,B89,B9,B95,B96,B97,B98,B99,C1,C10,C11,C12,C13,C14,C16,C17,C19,C20,C22,C23,C25,C28,C29,C3,C30,C31,C32,C33,C34,C35,C38,C4,C40,C41,C43,C44,C45,C46,C47,C48,C5,C50,C51,C52,C53,C54,C55,C56,C57,C58,C59,C6,C60,C62,C63,C65,C67,C68,C69,C70,C71,C72,C73,C74,C75,C76,C77,C78,C79,C8,C80,C81,C83,C85,C86,C87,D1,D10,D11,D2,D3,D4,D5,D6,D7,D9
`Chr7:11738309`	`TC`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	186	A1,A14,A19,A2,A20,A21,A23,A24,A25,A3,A4,A5,A6,A7,A8,A9,B1,B10,B100,B101,B102,B103,B104,B105,B106,B107,B108,B109,B113,B114,B115,B117,B118,B119,B12,B124,B125,B126,B127,B130,B131,B133,B134,B135,B136,B139,B14,B140,B15,B16,B17,B18,B19,B22,B24,B25,B26,B28,B29,B3,B32,B34,B37,B38,B39,B41,B44,B45,B48,B5,B50,B51,B52,B53,B54,B55,B56,B57,B58,B6,B60,B61,B62,B63,B64,B67,B68,B69,B70,B71,B72,B74,B76,B77,B78,B80,B81,B82,B83,B84,B86,B87,B89,B9,B95,B96,B97,B98,B99,C1,C10,C11,C12,C13,C14,C16,C17,C19,C20,C22,C23,C25,C28,C29,C3,C30,C31,C32,C33,C34,C35,C4,C40,C41,C43,C44,C45,C46,C47,C48,C5,C50,C51,C52,C53,C54,C55,C56,C57,C58,C59,C6,C60,C62,C63,C65,C67,C68,C69,C70,C71,C72,C73,C74,C75,C76,C77,C78,C79,C8,C80,C81,C83,C85,C86,C87,D1,D10,D11,D2,D3,D4,D5,D6,D7,D9

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057773219.1

758 aa

379

758

ANAPC4_WD40

WD40

PF12894 ANAPC4_WD40 39-100 aa PF00400 WD40 44-79 aa PF00400 WD40 616-650 aa PF00400 WD40 656-692 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057773219.1`	Pfam	`PF12894`	ANAPC4_WD40	Repeat	39	100	7.9e-07	29.9	Anaphase-promoting complex subunit 4 WD40 domain
`XP_057773219.1`	Pfam	`PF00400`	WD40	Repeat	44	79	8.6e-28	96.3	WD domain, G-beta repeat
`XP_057773219.1`	Pfam	`PF00400`	WD40	Repeat	616	650	8.6e-28	96.3	WD domain, G-beta repeat
`XP_057773219.1`	Pfam	`PF00400`	WD40	Repeat	656	692	8.6e-28	96.3	WD domain, G-beta repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057917236.1
TGTAGATTGATTCGCACAGAAGACCAAATTAATAATTAAAAAAAGAAAAAAGTAATTGGGAGAAAATTGAGAGAGAGAAGAAAGGTGGTTCGTGAAACCGGCAAAGTCGAAGTTGGGCGGGACGATCTTCGCAGCGGTGGTCTGAAATGGACTACTCCATCTGCTTTCACGACGGCAGCATCACCGACTTGATTAACTCTCGCACACTCCACACTCATCATGATTTTAACCATGCTGTGCAGATGCACTCCTCACTTGTG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130992558
ATGGACTACTCCATCTGCTTTCACGACGGCAGCATCACCGACTTGATTAACTCTCGCACACTCCACACTCATCATGATTTTAACCATGCTGTGCAGATGCACTCCTCACTTGTGCGGAGGCTTTCACTGGAAAGAGAACTAGAGGGGCACCGTGGATGTGTAAATGCTATAGCTTGGAATTCAGAAGGCTCTATGCTGATTTCAGGATCTGATGATACGCGCGTTAACGTCTGGTCCTATTCAAGTCGAAAACTTATGCA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057773219.1
MDYSICFHDGSITDLINSRTLHTHHDFNHAVQMHSSLVRRLSLERELEGHRGCVNAIAWNSEGSMLISGSDDTRVNVWSYSSRKLMHSIETGHSANIFCTKFVPETSDELVVSGAADAEVRLFNLSRLGENGLEGSGISPSAVFQCHTRRVKKLAVEAGNPNLVWSASEDGTLRQHDFREGSSCPPAGSCHQECRNVLLDLRCGAKKSLADPPKQSLALKSCDISSTRPHLLLVGGSDAFARLYDRRMLPPLSSSQNKLP...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器